More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1005 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 		 355 aa  741    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.610294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.04 
 
 		 356 aa  490  1e-137  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.449381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0482  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.44 
 
 		 349 aa  456  1e-127  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0600  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.62 
 
 		 349 aa  456  1e-127  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0365968  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.82 
 
 		 352 aa  443  1e-123  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0512  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.16 
 
 		 339 aa  428  1e-119  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.86 
 
 		 348 aa  425  1e-118  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1749  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.78 
 
 		 354 aa  416  9.999999999999999e-116  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.4 
 
 		 337 aa  412  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2401  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.51 
 
 		 398 aa  413  1e-114  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.7 
 
 		 352 aa  412  1e-114  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.71 
 
 		 351 aa  409  1e-113  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.611799  normal  0.380858 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.42 
 
 		 362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.84 
 
 		 342 aa  394  1e-109  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.11 
 
 		 342 aa  391  1e-108  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  58.05 
 
 		 360 aa  392  1e-108  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0516  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 		 349 aa  385  1e-106  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2098  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.94 
 
 		 356 aa  382  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2631  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.42 
 
 		 360 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  52.23 
 
 		 361 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  51.96 
 
 		 361 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  52.23 
 
 		 361 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  52.23 
 
 		 361 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  51.96 
 
 		 361 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  51.4 
 
 		 361 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  51.4 
 
 		 361 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.04 
 
 		 366 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_002950  PG1560  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 		 354 aa  377  1e-103  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.73 
 
 		 366 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  51.52 
 
 		 361 aa  377  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  51.25 
 
 		 361 aa  376  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.92 
 
 		 350 aa  376  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.11 
 
 		 356 aa  375  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.09 
 
 		 356 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.82 
 
 		 353 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.54 
 
 		 359 aa  375  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  52.38 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  51.12 
 
 		 361 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.94 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.26 
 
 		 353 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.07 
 
 		 357 aa  374  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.39 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.83 
 
 		 354 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.31 
 
 		 330 aa  374  1e-102  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.26 
 
 		 353 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.251448 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.69 
 
 		 361 aa  370  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2895  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.81 
 
 		 351 aa  369  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.105937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.26 
 
 		 357 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.01 
 
 		 351 aa  369  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.26 
 
 		 354 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 400 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.56 
 
 		 352 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.15 
 
 		 355 aa  368  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.65 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.66 
 
 		 358 aa  369  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.69 
 
 		 360 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.86 
 
 		 350 aa  368  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 400 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.97 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 400 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.26 
 
 		 353 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.69 
 
 		 367 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.26 
 
 		 353 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.28 
 
 		 352 aa  370  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.97 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.56 
 
 		 360 aa  371  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.26 
 
 		 353 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.84 
 
 		 360 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.26 
 
 		 358 aa  367  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.32 
 
 		 318 aa  367  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0540  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.82 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13118  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.27 
 
 		 350 aa  367  1e-100  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.399683  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3680  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.85 
 
 		 341 aa  365  1e-100  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00834015  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.39 
 
 		 350 aa  367  1e-100  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.28 
 
 		 358 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.11 
 
 		 328 aa  367  1e-100  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.226707  normal  0.106215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.26 
 
 		 353 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.54 
 
 		 353 aa  368  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.83 
 
 		 366 aa  366  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.69 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.69 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1778  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.98 
 
 		 349 aa  365  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00040311  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.85 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0354  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.12 
 
 		 348 aa  365  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.24 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.69 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.99 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.54 
 
 		 355 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.3 
 
 		 351 aa  367  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.17 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1441  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.83 
 
 		 362 aa  364  1e-99  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2291  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.83 
 
 		 349 aa  364  1e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.494545  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  52.72 
 
 		 363 aa  364  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.26 
 
 		 355 aa  364  2e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.41 
 
 		 353 aa  363  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  52.72 
 
 		 363 aa  364  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.97 
 
 		 397 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>