More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0540 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0540  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
363 aa  748    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.46 
 
 
355 aa  471  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.31 
 
 
367 aa  465  9.999999999999999e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.74 
 
 
355 aa  463  1e-129  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.25 
 
 
354 aa  458  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.78 
 
 
356 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.51 
 
 
360 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.61 
 
 
353 aa  456  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.89 
 
 
366 aa  457  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.17 
 
 
361 aa  454  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.07 
 
 
360 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.11 
 
 
353 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.11 
 
 
353 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.82 
 
 
353 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
400 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
353 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  63.61 
 
 
352 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
400 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.43 
 
 
351 aa  449  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
353 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
353 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.43 
 
 
356 aa  450  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.82 
 
 
353 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  63.61 
 
 
352 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
400 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
353 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.14 
 
 
362 aa  449  1e-125  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.793551  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.29 
 
 
353 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62 
 
 
353 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.86 
 
 
353 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.93 
 
 
356 aa  447  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.86 
 
 
397 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.91 
 
 
354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.14 
 
 
353 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.07 
 
 
353 aa  443  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.29 
 
 
353 aa  443  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.07 
 
 
355 aa  442  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.46 
 
 
354 aa  444  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.46 
 
 
352 aa  441  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.07 
 
 
351 aa  441  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.27 
 
 
351 aa  444  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  60.23 
 
 
354 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.33 
 
 
366 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.14 
 
 
353 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.43 
 
 
355 aa  440  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
353 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.77 
 
 
354 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.03 
 
 
352 aa  435  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60 
 
 
353 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.81 
 
 
350 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60 
 
 
353 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.78 
 
 
366 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.89 
 
 
357 aa  429  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.9 
 
 
358 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.26 
 
 
358 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.7 
 
 
357 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0628  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.69 
 
 
357 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0195  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.5 
 
 
353 aa  418  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.7 
 
 
358 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0224  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.61 
 
 
353 aa  416  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.724621  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
364 aa  417  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.77 
 
 
355 aa  414  1e-114  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.19 
 
 
353 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.12 
 
 
358 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6725  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.24 
 
 
353 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.66 
 
 
354 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.59 
 
 
351 aa  408  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.76 
 
 
372 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.89 
 
 
354 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5507  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.77 
 
 
349 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4335  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.47 
 
 
349 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.796314  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6255  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.31 
 
 
353 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849165  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5836  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
350 aa  401  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.33 
 
 
360 aa  404  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  53.35 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.63 
 
 
361 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.33 
 
 
361 aa  398  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  53.35 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.73 
 
 
353 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2352  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.29 
 
 
352 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.567424  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.35 
 
 
361 aa  395  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.35 
 
 
361 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.35 
 
 
361 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.35 
 
 
361 aa  395  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.97 
 
 
360 aa  395  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1618  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.82 
 
 
359 aa  396  1e-109  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.35 
 
 
361 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.35 
 
 
361 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.11 
 
 
352 aa  392  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  53.71 
 
 
360 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3691  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.82 
 
 
352 aa  391  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.139305  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2393  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.82 
 
 
352 aa  391  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.711425  normal  0.462988 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  54.65 
 
 
362 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2631  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.35 
 
 
360 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  53.07 
 
 
361 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.97 
 
 
360 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.93 
 
 
356 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2670  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.82 
 
 
352 aa  391  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.27766  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  54.39 
 
 
363 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4003  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.82 
 
 
352 aa  391  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>