More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_3122 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
364 aa  735    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.55 
 
 
357 aa  522  1e-147  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.07 
 
 
366 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.03 
 
 
351 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.18 
 
 
351 aa  466  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.14 
 
 
354 aa  459  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.98 
 
 
361 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.93 
 
 
355 aa  455  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.74 
 
 
356 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.72 
 
 
354 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.22 
 
 
366 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.93 
 
 
360 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.05 
 
 
360 aa  449  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.5 
 
 
366 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  62.57 
 
 
352 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  62.57 
 
 
352 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.34 
 
 
353 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.69 
 
 
356 aa  442  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.46 
 
 
356 aa  442  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.77 
 
 
358 aa  444  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.89 
 
 
353 aa  444  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.76 
 
 
353 aa  444  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.99 
 
 
354 aa  441  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.05 
 
 
355 aa  443  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0195  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.72 
 
 
353 aa  438  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1618  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.26 
 
 
359 aa  437  1e-121  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0224  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.13 
 
 
353 aa  436  1e-121  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.724621  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  61.7 
 
 
354 aa  436  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
358 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.22 
 
 
353 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.28 
 
 
353 aa  436  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.82 
 
 
352 aa  435  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.39 
 
 
355 aa  435  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
353 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
400 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
400 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.82 
 
 
352 aa  431  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.7 
 
 
397 aa  433  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
353 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61 
 
 
350 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.7 
 
 
353 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
353 aa  431  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
400 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.7 
 
 
353 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
353 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  56.62 
 
 
363 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.23 
 
 
354 aa  428  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
353 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61 
 
 
353 aa  430  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
353 aa  428  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.7 
 
 
353 aa  428  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.99 
 
 
351 aa  428  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
353 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.29 
 
 
353 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  56.62 
 
 
363 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
353 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
353 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.6 
 
 
355 aa  427  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.41 
 
 
355 aa  427  1e-118  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.12 
 
 
353 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
355 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.4 
 
 
355 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.53 
 
 
367 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.29 
 
 
354 aa  425  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
355 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
355 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.65 
 
 
357 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.86 
 
 
360 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.94 
 
 
358 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.57 
 
 
360 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
355 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.65 
 
 
358 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.17 
 
 
352 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
355 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.23 
 
 
367 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  60.11 
 
 
355 aa  424  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.43 
 
 
355 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0628  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.88 
 
 
357 aa  418  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.65 
 
 
362 aa  418  1e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.793551  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61 
 
 
355 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.7 
 
 
367 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.65 
 
 
352 aa  420  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.51 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  55.27 
 
 
356 aa  415  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.91 
 
 
350 aa  414  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.88 
 
 
358 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.52 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.17 
 
 
353 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0540  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.81 
 
 
355 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.87 
 
 
345 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.52 
 
 
355 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.62 
 
 
356 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.24 
 
 
355 aa  411  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.18 
 
 
360 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.27 
 
 
359 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.51 
 
 
351 aa  411  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.24 
 
 
355 aa  414  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.99 
 
 
359 aa  411  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.24 
 
 
355 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>