More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1899 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1899  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
304 aa  627  1e-179  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  86.51 
 
 
304 aa  558  1e-158  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.29 
 
 
304 aa  510  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3686  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  70 
 
 
307 aa  448  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.38956  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0427  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.25 
 
 
309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159089  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.56 
 
 
294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.574819  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6671  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.15 
 
 
327 aa  152  5e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1547  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
312 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.121163  normal  0.417102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.52 
 
 
359 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.68 
 
 
310 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  29.96 
 
 
302 aa  112  5e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 
310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.68 
 
 
292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 
310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.3 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 
296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.46 
 
 
292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.59 
 
 
309 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 
328 aa  109  7.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.43 
 
 
314 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 
317 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
309 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
305 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
310 aa  105  6e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.67 
 
 
331 aa  105  9e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.68 
 
 
292 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.71 
 
 
324 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
312 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.35 
 
 
318 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
309 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
309 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
312 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.64 
 
 
311 aa  102  1e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
353 aa  102  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
302 aa  101  1e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0169  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  29.82 
 
 
319 aa  100  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.28 
 
 
308 aa  101  2e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.41 
 
 
327 aa  100  3e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
313 aa  100  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
333 aa  100  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
321 aa  98.2  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.11 
 
 
306 aa  99  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
327 aa  98.6  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.15 
 
 
330 aa  97.1  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
313 aa  96.7  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.33 
 
 
314 aa  96.3  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
315 aa  95.5  9e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 
328 aa  95.1  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.84 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.55 
 
 
303 aa  94  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.39 
 
 
304 aa  94  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3907  UDP-glucose 4-epimerase  30.89 
 
 
336 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.179551 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
319 aa  93.2  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.28 
 
 
336 aa  93.2  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0652  UDP-galactose 4-epimerase  30.77 
 
 
328 aa  93.2  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
311 aa  93.2  5e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.54 
 
 
309 aa  92.8  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2305  UDP-glucose 4-epimerase  30.77 
 
 
328 aa  92.8  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.738706  normal  0.125833 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.46 
 
 
328 aa  92.4  7e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.69 
 
 
321 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
354 aa  92.4  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.873323  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  31.91 
 
 
309 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  27.92 
 
 
326 aa  92  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.76 
 
 
307 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3558  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
334 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.97 
 
 
312 aa  91.3  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
328 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4020  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.2 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.63 
 
 
321 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0632  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.13 
 
 
340 aa  91.3  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  31.74 
 
 
334 aa  91.7  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
311 aa  90.9  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
314 aa  90.5  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.02 
 
 
321 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.83 
 
 
344 aa  90.1  4e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.15 
 
 
314 aa  90.1  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
335 aa  90.1  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  25.83 
 
 
345 aa  90.1  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 
309 aa  90.1  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
343 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0337048 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 
360 aa  89.7  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26434  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.96 
 
 
330 aa  89.7  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0580  UDP-glucose 4-epimerase  29.82 
 
 
328 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.127614  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  26.97 
 
 
321 aa  89.7  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0707  nucleotide sugar epimerase  27.04 
 
 
323 aa  89.7  6e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.15214  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  32.75 
 
 
324 aa  89.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  26.97 
 
 
321 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.62 
 
 
321 aa  89.4  8e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.62 
 
 
321 aa  89.4  8e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  27.62 
 
 
321 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.73 
 
 
330 aa  89  9e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.13 
 
 
313 aa  89  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.48 
 
 
312 aa  88.6  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  30.74 
 
 
324 aa  88.2  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
313 aa  89  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101003  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
311 aa  88.6  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>