More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0290 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0290  response regulator receiver modulated serine phosphatase  100 
 
 
390 aa  748    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.639758  normal  0.494925 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6523  response regulator receiver modulated serine phosphatase  82.98 
 
 
422 aa  593  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.98735  normal  0.0636909 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1126  response regulator receiver modulated serine phosphatase  55.29 
 
 
451 aa  363  3e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5033  response regulator receiver modulated serine phosphatase  52.25 
 
 
389 aa  337  2.9999999999999997e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2344  response regulator receiver:protein phosphatase 2C-like  49.47 
 
 
409 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8460  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  51.46 
 
 
394 aa  311  1e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5361  response regulator receiver modulated serine phosphatase  51.04 
 
 
392 aa  310  2.9999999999999997e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.155785  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0442  response regulator receiver modulated serine phosphatase  48.94 
 
 
421 aa  290  3e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.723738  normal  0.440975 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1576  response regulator receiver modulated serine phosphatase  50.52 
 
 
406 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0296276 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2718  response regulator receiver protein  49.22 
 
 
407 aa  276  5e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453118  normal  0.333299 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2688  response regulator receiver modulated serine phosphatase  49.22 
 
 
407 aa  276  5e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2732  response regulator receiver protein  49.22 
 
 
407 aa  276  5e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.276002  normal  0.519614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3484  response regulator receiver modulated serine phosphatase  45.5 
 
 
395 aa  273  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0056  response regulator receiver modulated serine phosphatase  46.95 
 
 
418 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.287626  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22970  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  45.78 
 
 
423 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.376006 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1263  response regulator receiver modulated serine phosphatase  46.58 
 
 
425 aa  263  4.999999999999999e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.799731  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3268  response regulator receiver protein  47.66 
 
 
391 aa  260  4e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2987  response regulator receiver protein  46.12 
 
 
391 aa  252  9.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.143541  normal  0.900637 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0788  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.65 
 
 
634 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4343  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.95 
 
 
759 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.77937  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  42.75 
 
 
746 aa  97.1  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1495  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.47 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1522  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.47 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2816  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.29 
 
 
682 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0864703 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 
357 aa  94  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3854  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  45.97 
 
 
386 aa  93.2  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4921  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.97 
 
 
549 aa  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.923256  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.47 
 
 
653 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.697975  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1145  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.52 
 
 
490 aa  90.1  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.894172  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3015  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.9 
 
 
500 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 
553 aa  88.6  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  35.71 
 
 
847 aa  88.6  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2643  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.58 
 
 
688 aa  87.8  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000425716  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1518  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.2 
 
 
769 aa  87.8  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3357  response regulator receiver protein  43.05 
 
 
283 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  32.77 
 
 
700 aa  87  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4150  response regulator receiver protein  45.78 
 
 
291 aa  87  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0666389 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0128  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  40.27 
 
 
728 aa  86.7  6e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0905  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.1 
 
 
380 aa  86.3  8e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  43.54 
 
 
492 aa  86.3  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2643  putative PAS/PAC sensor protein  34.02 
 
 
456 aa  86.3  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.351947 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  43.54 
 
 
492 aa  86.3  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  43.54 
 
 
492 aa  86.3  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  43.54 
 
 
492 aa  86.3  9e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  43.54 
 
 
492 aa  86.3  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2692  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  38.19 
 
 
637 aa  85.5  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.5 
 
 
479 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1035  response regulator  23.49 
 
 
380 aa  82.8  0.000000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4268  response regulator  23.49 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568873 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1869  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.28 
 
 
553 aa  82  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  23.19 
 
 
380 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0915  sigma factor sigB regulation protein  23.72 
 
 
380 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116334  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0898  sigma factor sigB regulation protein  23.72 
 
 
380 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.503671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1070  response regulator  23.72 
 
 
358 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.209800000000002e-41 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1161  response regulator  23.72 
 
 
380 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.72 
 
 
1711 aa  81.6  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1522  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.71 
 
 
378 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1653  guanylate cyclase  46.72 
 
 
433 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.181095  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  26.91 
 
 
394 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  31.31 
 
 
817 aa  80.9  0.00000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0619  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
391 aa  80.9  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0037  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.42 
 
 
387 aa  80.9  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0731  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.85 
 
 
396 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4645  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
644 aa  80.5  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224961  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  26.47 
 
 
394 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3698  Stage II sporulation E family protein  32.74 
 
 
570 aa  80.1  0.00000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0288597  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0930  response regulator  24.18 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0994  response regulator  24.18 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2541  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.51 
 
 
874 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.95 
 
 
728 aa  79.7  0.00000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.39 
 
 
738 aa  79.3  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  32.81 
 
 
437 aa  79.3  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.48 
 
 
385 aa  79  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2082  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.03 
 
 
566 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.29 
 
 
549 aa  78.6  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3089  putative PAS/PAC sensor protein  32.19 
 
 
676 aa  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  29.1 
 
 
399 aa  77.8  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0665  protein serine/threonine phosphatase  30.94 
 
 
800 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0583  response regulator receiver protein  24.26 
 
 
394 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  29.35 
 
 
743 aa  77  0.0000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.91 
 
 
616 aa  77  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  48 
 
 
463 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  35.52 
 
 
260 aa  77  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  48 
 
 
463 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  49.46 
 
 
463 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
647 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 
827 aa  76.3  0.0000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.93 
 
 
529 aa  76.3  0.0000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0468  protein serine/threonine phosphatase  27.87 
 
 
445 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0376  putative PAS/PAC sensor protein  36.03 
 
 
408 aa  75.5  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000066026  normal  0.449331 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  28.79 
 
 
697 aa  75.1  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  36.54 
 
 
723 aa  75.5  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.36 
 
 
371 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0709  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  40 
 
 
564 aa  75.5  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.63 
 
 
412 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  36.84 
 
 
797 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  32.74 
 
 
693 aa  74.3  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.09 
 
 
393 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3802  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.09 
 
 
393 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.477794  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  26.25 
 
 
394 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>