More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0392 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.01 
 
 
736 aa  664    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.54 
 
 
712 aa  638    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.73 
 
 
746 aa  643    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0392  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
693 aa  1404    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.43 
 
 
705 aa  683    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 
723 aa  667    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.62 
 
 
710 aa  657    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1146  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.07 
 
 
693 aa  639    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1612  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.83 
 
 
699 aa  973    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.322426  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.52 
 
 
708 aa  950    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000113293  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.67 
 
 
708 aa  951    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0201008  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.54 
 
 
712 aa  637    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
747 aa  665    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.86 
 
 
718 aa  665    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.39 
 
 
703 aa  657    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2017  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.91 
 
 
718 aa  644    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000536157  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.79 
 
 
740 aa  656    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 
703 aa  652    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0719  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.9 
 
 
752 aa  635    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000106259  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.52 
 
 
700 aa  682    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0569  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.68 
 
 
695 aa  798    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.57 
 
 
701 aa  652    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.28 
 
 
712 aa  648    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.76 
 
 
735 aa  649    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.46 
 
 
701 aa  634  1e-180  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.11 
 
 
712 aa  632  1e-180  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.11 
 
 
712 aa  632  1e-180  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.11 
 
 
712 aa  632  1e-180  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.57 
 
 
772 aa  632  1e-180  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.11 
 
 
712 aa  632  1e-180  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.88 
 
 
712 aa  632  1e-180  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.17 
 
 
717 aa  632  1e-180  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.08 
 
 
698 aa  631  1e-179  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.62 
 
 
723 aa  628  1e-179  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.11 
 
 
712 aa  629  1e-179  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
712 aa  629  1e-179  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.08 
 
 
698 aa  631  1e-179  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.84 
 
 
698 aa  626  1e-178  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1005  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.53 
 
 
718 aa  619  1e-176  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00579665 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.33 
 
 
722 aa  620  1e-176  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.32 
 
 
777 aa  620  1e-176  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.33 
 
 
749 aa  619  1e-176  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.01 
 
 
710 aa  620  1e-176  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.67 
 
 
699 aa  619  1e-176  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0256  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.82 
 
 
718 aa  617  1e-175  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.82 
 
 
718 aa  617  1e-175  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 
747 aa  617  1e-175  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.9 
 
 
721 aa  617  1e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.9 
 
 
721 aa  617  1e-175  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0143  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.89 
 
 
703 aa  614  9.999999999999999e-175  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102458  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.16 
 
 
699 aa  613  9.999999999999999e-175  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.87 
 
 
697 aa  609  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.16 
 
 
696 aa  609  1e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.35 
 
 
703 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.77 
 
 
695 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.56 
 
 
721 aa  606  9.999999999999999e-173  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.64 
 
 
715 aa  606  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.50852 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.44 
 
 
700 aa  606  9.999999999999999e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  43.81 
 
 
720 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.33 
 
 
718 aa  603  1.0000000000000001e-171  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.31 
 
 
716 aa  603  1.0000000000000001e-171  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0934  3' exoribonuclease  46.59 
 
 
741 aa  604  1.0000000000000001e-171  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00161965  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1541  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.4 
 
 
717 aa  602  1.0000000000000001e-171  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.64 
 
 
720 aa  600  1e-170  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
696 aa  600  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.13 
 
 
746 aa  599  1e-170  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.07 
 
 
697 aa  597  1e-169  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.31 
 
 
718 aa  595  1e-169  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.51 
 
 
711 aa  595  1e-169  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.75 
 
 
755 aa  597  1e-169  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.98 
 
 
686 aa  597  1e-169  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.16 
 
 
715 aa  595  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_002936  DET0970  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.67 
 
 
720 aa  595  1e-168  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1822  3' exoribonuclease  45.35 
 
 
714 aa  593  1e-168  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000787127  normal  0.140023 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.35 
 
 
690 aa  593  1e-168  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.29 
 
 
734 aa  594  1e-168  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.79 
 
 
733 aa  593  1e-168  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.44 
 
 
706 aa  593  1e-168  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.35 
 
 
692 aa  594  1e-168  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.88 
 
 
742 aa  590  1e-167  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.26 
 
 
714 aa  592  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.88 
 
 
717 aa  588  1e-167  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.01 
 
 
696 aa  587  1e-166  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.24 
 
 
761 aa  586  1e-166  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0615  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.68 
 
 
711 aa  586  1e-166  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0835  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.95 
 
 
722 aa  587  1e-166  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.99 
 
 
714 aa  585  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.8 
 
 
722 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.85 
 
 
720 aa  588  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0203  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.08 
 
 
709 aa  583  1.0000000000000001e-165  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.88 
 
 
736 aa  585  1.0000000000000001e-165  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.21 
 
 
718 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.91 
 
 
715 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.09 
 
 
722 aa  585  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1934  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.57 
 
 
702 aa  583  1.0000000000000001e-165  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1652  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.57 
 
 
702 aa  583  1.0000000000000001e-165  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0398  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.8 
 
 
732 aa  583  1.0000000000000001e-165  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.06 
 
 
701 aa  585  1.0000000000000001e-165  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.02 
 
 
691 aa  579  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.15 
 
 
700 aa  579  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>