More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1612 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 
712 aa  663    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 
701 aa  668    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.8 
 
 
710 aa  672    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 
712 aa  663    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 
717 aa  646    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 
712 aa  656    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 
712 aa  657    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 
712 aa  657    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0392  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.83 
 
 
693 aa  1002    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2017  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.86 
 
 
718 aa  659    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000536157  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.65 
 
 
723 aa  663    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.72 
 
 
736 aa  660    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52 
 
 
705 aa  717    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.44 
 
 
701 aa  673    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.5 
 
 
746 aa  655    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.35 
 
 
712 aa  656    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.5 
 
 
740 aa  659    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.06 
 
 
712 aa  656    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.13 
 
 
747 aa  680    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.44 
 
 
700 aa  696    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 
698 aa  677    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0719  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.3 
 
 
752 aa  684    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000106259  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.22 
 
 
718 aa  690    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.52 
 
 
712 aa  683    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.53 
 
 
708 aa  983    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000113293  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0569  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.97 
 
 
695 aa  794    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.13 
 
 
703 aa  669    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1146  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.27 
 
 
693 aa  667    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 
698 aa  677    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1612  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
699 aa  1397    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.322426  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 
723 aa  669    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.7 
 
 
735 aa  654    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.67 
 
 
708 aa  985    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0201008  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.72 
 
 
703 aa  662    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 
712 aa  657    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 
696 aa  636    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.92 
 
 
712 aa  654    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1005  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.72 
 
 
718 aa  633  1e-180  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00579665 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.15 
 
 
700 aa  635  1e-180  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.28 
 
 
772 aa  630  1e-179  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.54 
 
 
697 aa  630  1e-179  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.27 
 
 
699 aa  629  1e-179  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.07 
 
 
710 aa  627  1e-178  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0398  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.25 
 
 
732 aa  626  1e-178  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.12 
 
 
697 aa  625  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.99 
 
 
699 aa  624  1e-177  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.92 
 
 
698 aa  620  1e-176  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.72 
 
 
703 aa  620  1e-176  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1822  3' exoribonuclease  48.07 
 
 
714 aa  619  1e-176  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000787127  normal  0.140023 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.18 
 
 
715 aa  620  1e-176  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.50852 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1541  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.38 
 
 
717 aa  620  1e-176  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2047  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 
769 aa  619  1e-176  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0512862  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.52 
 
 
696 aa  618  1e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.68 
 
 
706 aa  617  1e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.91 
 
 
733 aa  613  9.999999999999999e-175  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0256  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.28 
 
 
718 aa  615  9.999999999999999e-175  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.9 
 
 
749 aa  612  9.999999999999999e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.28 
 
 
718 aa  615  9.999999999999999e-175  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.98 
 
 
721 aa  613  9.999999999999999e-175  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.92 
 
 
777 aa  614  9.999999999999999e-175  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0934  3' exoribonuclease  47.39 
 
 
741 aa  611  1e-173  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00161965  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.76 
 
 
721 aa  610  1e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.18 
 
 
722 aa  610  1e-173  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.61 
 
 
721 aa  610  1e-173  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.23 
 
 
696 aa  610  1e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.08 
 
 
690 aa  608  1e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.55 
 
 
701 aa  610  1e-173  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0835  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.34 
 
 
722 aa  606  9.999999999999999e-173  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.79 
 
 
695 aa  608  9.999999999999999e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.08 
 
 
692 aa  608  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.85 
 
 
747 aa  606  9.999999999999999e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.14 
 
 
703 aa  608  9.999999999999999e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
742 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.64 
 
 
711 aa  606  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0114  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.85 
 
 
741 aa  605  9.999999999999999e-173  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.613671  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.41 
 
 
761 aa  603  1.0000000000000001e-171  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0203  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.38 
 
 
709 aa  605  1.0000000000000001e-171  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0380  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.44 
 
 
703 aa  603  1.0000000000000001e-171  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00000345435  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.07 
 
 
718 aa  603  1.0000000000000001e-171  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.48 
 
 
736 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.52 
 
 
716 aa  605  1.0000000000000001e-171  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2763  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.4 
 
 
698 aa  603  1.0000000000000001e-171  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.92 
 
 
686 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.06 
 
 
721 aa  599  1e-170  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.34 
 
 
718 aa  599  1e-170  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0143  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.53 
 
 
703 aa  602  1e-170  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000102458  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.23 
 
 
696 aa  600  1e-170  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.23 
 
 
696 aa  600  1e-170  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.31 
 
 
717 aa  598  1e-169  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.84 
 
 
714 aa  597  1e-169  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.21 
 
 
720 aa  596  1e-169  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  43.37 
 
 
720 aa  595  1e-168  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.06 
 
 
815 aa  592  1e-168  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.73 
 
 
714 aa  592  1e-168  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_002936  DET0970  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.51 
 
 
720 aa  590  1e-167  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.66 
 
 
715 aa  589  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.28 
 
 
729 aa  591  1e-167  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.13 
 
 
729 aa  588  1e-167  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.56 
 
 
715 aa  590  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.57 
 
 
713 aa  589  1e-167  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>