More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1418 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.78 
 
 		 692 aa  649    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.19 
 
 		 755 aa  645    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.98 
 
 		 701 aa  669    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.28 
 
 		 698 aa  667    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.28 
 
 		 698 aa  667    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.16 
 
 		 712 aa  661    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1189  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.42 
 
 		 729 aa  639    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.266903 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.49 
 
 		 705 aa  660    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.87 
 
 		 712 aa  657    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.87 
 
 		 712 aa  657    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.87 
 
 		 712 aa  657    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.44 
 
 		 761 aa  677    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.68 
 
 		 710 aa  668    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 		 712 aa  658    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.19 
 
 		 736 aa  662    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.44 
 
 		 700 aa  687    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 		 712 aa  659    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.51 
 
 		 699 aa  639    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.73 
 
 		 712 aa  654    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.32 
 
 		 777 aa  646    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.72 
 
 		 723 aa  682    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  47.74 
 
 		 720 aa  635    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.19 
 
 		 702 aa  643    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.87 
 
 		 712 aa  657    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.41 
 
 		 747 aa  636    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.87 
 
 		 716 aa  635    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07600  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  53.39 
 
 		 742 aa  656    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.722392 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  53.01 
 
 		 741 aa  671    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.54 
 
 		 747 aa  668    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3555  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 		 729 aa  635    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.50127 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.73 
 
 		 717 aa  659    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.78 
 
 		 690 aa  648    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.25 
 
 		 700 aa  671    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.88 
 
 		 718 aa  663    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0934  3' exoribonuclease  50.43 
 
 		 741 aa  639    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00161965  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 703 aa  657    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.46 
 
 		 815 aa  653    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 720 aa  640    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 		 702 aa  642    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 		 740 aa  649    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 		 686 aa  1366    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.62 
 
 		 710 aa  642    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.02 
 
 		 701 aa  686    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.98 
 
 		 712 aa  692    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10960  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  52.42 
 
 		 743 aa  666    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000522629  unclonable  0.00000000397306 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.02 
 
 		 723 aa  668    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.32 
 
 		 732 aa  665    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 703 aa  650    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 		 701 aa  641    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.82 
 
 		 735 aa  673    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.16 
 
 		 712 aa  661    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.78 
 
 		 746 aa  679    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2017  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.51 
 
 		 718 aa  648    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000536157  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 		 698 aa  632  1e-180  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.97 
 
 		 704 aa  634  1e-180  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 		 695 aa  632  1e-180  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 		 725 aa  632  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0114  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.41 
 
 		 741 aa  632  1e-180  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.613671  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.34 
 
 		 700 aa  631  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 700 aa  630  1e-179  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.07 
 
 		 745 aa  629  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.3 
 
 		 786 aa  629  1e-179  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133995  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.13 
 
 		 699 aa  631  1e-179  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1381  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.42 
 
 		 785 aa  629  1e-179  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.491374  normal  0.832187 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.03 
 
 		 700 aa  627  1e-178  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0203  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.34 
 
 		 709 aa  626  1e-178  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.76 
 
 		 702 aa  625  1e-178  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.84 
 
 		 725 aa  628  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3954  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.65 
 
 		 762 aa  628  1e-178  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0796905  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 699 aa  625  1e-178  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.91 
 
 		 745 aa  622  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_002936  DET0970  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 720 aa  624  1e-177  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5112  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.59 
 
 		 825 aa  622  1e-177  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191033  normal  0.121153 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.49 
 
 		 739 aa  624  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.81 
 
 		 701 aa  624  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.72 
 
 		 729 aa  625  1e-177  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 		 722 aa  623  1e-177  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 		 693 aa  623  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.37 
 
 		 707 aa  624  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.22 
 
 		 711 aa  623  1e-177  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.67 
 
 		 701 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2047  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.05 
 
 		 769 aa  623  1e-177  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0512862  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.98 
 
 		 733 aa  622  1e-177  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 704 aa  624  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.91 
 
 		 752 aa  623  1e-177  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1005  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.99 
 
 		 718 aa  619  1e-176  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00579665 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.84 
 
 		 714 aa  620  1e-176  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0719  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.36 
 
 		 752 aa  619  1e-176  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000106259  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.45 
 
 		 725 aa  622  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 		 715 aa  620  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.52 
 
 		 713 aa  620  1e-176  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0615  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.89 
 
 		 711 aa  620  1e-176  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.35 
 
 		 718 aa  621  1e-176  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.53 
 
 		 715 aa  621  1e-176  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 		 718 aa  616  1e-175  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.46 
 
 		 699 aa  615  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 		 715 aa  618  1e-175  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.50852 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.75 
 
 		 704 aa  617  1e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.91 
 
 		 722 aa  615  1e-175  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.61 
 
 		 722 aa  616  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>