More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1934 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0970  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 
720 aa  679    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2763  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.74 
 
 
698 aa  721    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.8 
 
 
701 aa  702    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.49 
 
 
712 aa  775    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0203  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.75 
 
 
709 aa  638    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.2 
 
 
712 aa  771    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.2 
 
 
712 aa  772    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.2 
 
 
712 aa  772    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.22 
 
 
746 aa  637    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1005  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 
718 aa  691    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00579665 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 
720 aa  695    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  55.01 
 
 
735 aa  779    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1146  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.2 
 
 
693 aa  657    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 
718 aa  674    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.2 
 
 
712 aa  773    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.65 
 
 
698 aa  703    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  53.3 
 
 
718 aa  739    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1794  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.81 
 
 
721 aa  638    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.864889  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.65 
 
 
698 aa  703    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0570  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.01 
 
 
721 aa  644    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.94 
 
 
755 aa  653    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.01 
 
 
723 aa  757    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.2 
 
 
712 aa  771    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.09 
 
 
716 aa  704    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.64 
 
 
710 aa  787    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.76 
 
 
747 aa  770    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.74 
 
 
703 aa  834    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.08 
 
 
777 aa  707    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.34 
 
 
717 aa  778    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.13 
 
 
723 aa  807    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.12 
 
 
740 aa  722    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 
718 aa  677    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.48 
 
 
701 aa  820    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0615  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.33 
 
 
711 aa  691    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.34 
 
 
712 aa  775    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.78 
 
 
718 aa  667    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.43 
 
 
815 aa  635    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.84 
 
 
733 aa  690    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.43 
 
 
712 aa  791    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.22 
 
 
747 aa  656    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.05 
 
 
700 aa  828    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0934  3' exoribonuclease  51.71 
 
 
741 aa  697    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00161965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1934  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
702 aa  1417    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1652  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  99.43 
 
 
702 aa  1412    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  50.87 
 
 
720 aa  697    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1541  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.78 
 
 
717 aa  672    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0719  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.14 
 
 
752 aa  671    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000106259  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 
715 aa  679    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.50852 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.34 
 
 
712 aa  774    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.26 
 
 
703 aa  771    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0256  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 
718 aa  677    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12781  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.37 
 
 
722 aa  643    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.245247  normal  0.0375904 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.16 
 
 
746 aa  729    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0114  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.93 
 
 
741 aa  640    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.613671  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  53.94 
 
 
705 aa  759    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.78 
 
 
699 aa  686    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.64 
 
 
712 aa  777    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.03 
 
 
736 aa  724    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.09 
 
 
700 aa  863    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13631  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.17 
 
 
721 aa  632  1e-180  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06021  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.69 
 
 
721 aa  633  1e-180  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.293037 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13921  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.61 
 
 
721 aa  634  1e-180  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.92 
 
 
703 aa  635  1e-180  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.78 
 
 
697 aa  629  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.13 
 
 
699 aa  631  1e-179  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.21 
 
 
722 aa  625  1e-178  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1292  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.41 
 
 
721 aa  628  1e-178  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
686 aa  626  1e-178  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16651  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.21 
 
 
722 aa  625  1e-177  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.409727  normal  0.910712 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2047  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.34 
 
 
769 aa  624  1e-177  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0512862  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.39 
 
 
708 aa  619  1e-176  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000113293  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.16 
 
 
721 aa  620  1e-176  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.53 
 
 
703 aa  620  1e-176  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.97 
 
 
710 aa  618  1e-175  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46 
 
 
714 aa  618  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.49 
 
 
695 aa  618  1e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.93 
 
 
697 aa  617  1e-175  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.66 
 
 
715 aa  615  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.39 
 
 
708 aa  618  1e-175  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0201008  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.32 
 
 
696 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2017  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.64 
 
 
718 aa  613  9.999999999999999e-175  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000536157  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
725 aa  610  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.66 
 
 
696 aa  610  1e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.6 
 
 
720 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.24 
 
 
721 aa  609  1e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 
725 aa  610  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.64 
 
 
711 aa  606  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.71 
 
 
711 aa  605  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.82 
 
 
714 aa  608  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.96 
 
 
749 aa  606  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.7 
 
 
722 aa  605  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.47 
 
 
712 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.11 
 
 
715 aa  606  9.999999999999999e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.49 
 
 
711 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.51 
 
 
706 aa  605  9.999999999999999e-173  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.1 
 
 
721 aa  607  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.49 
 
 
711 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.49 
 
 
711 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.49 
 
 
711 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.82 
 
 
722 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>