More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_0904 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02629  (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase  100 
 
 		 744 aa  1539    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000829976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0904  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  100 
 
 		 744 aa  1539    Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000660798  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  96.1 
 
 		 744 aa  1484    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1656  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.67 
 
 		 746 aa  711    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.764333  normal  0.672411 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0928  GDP/GTP pyrophosphokinase  100 
 
 		 744 aa  1539    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000382583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1225  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.52 
 
 		 736 aa  900    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000385822  hitchhiker  0.0000000464674 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4115  GTP pyrophosphokinase  53.99 
 
 		 737 aa  827    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3144  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.38 
 
 		 735 aa  894    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000386215  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3455  GTP pyrophosphokinase  59.95 
 
 		 735 aa  895    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1694  GTP pyrophosphokinase  50.15 
 
 		 744 aa  709    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2518  GTP pyrophosphokinase  62.73 
 
 		 745 aa  990    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.326663  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0849  GDP/GTP pyrophosphokinase  84.72 
 
 		 746 aa  1322    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.0000221192  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1413  GTP pyrophosphokinase  45.1 
 
 		 734 aa  658    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1217  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.16 
 
 		 746 aa  705    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.212214  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1571  GTP pyrophosphokinase  44.85 
 
 		 734 aa  659    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02591  hypothetical protein  100 
 
 		 744 aa  1539    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000104096  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3695  RelA/SpoT protein  47.81 
 
 		 747 aa  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120676  hitchhiker  0.00160014 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2922  GDP/GTP pyrophosphokinase  99.87 
 
 		 744 aa  1536    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000016084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1182  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  58.57 
 
 		 735 aa  864    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000045957  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4044  GDP/GTP pyrophosphokinase  100 
 
 		 744 aa  1539    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000409177  normal  0.332873 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  95.96 
 
 		 744 aa  1483    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4217  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  48.01 
 
 		 747 aa  719    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.630753  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03528  GTP pyrophosphokinase  64.74 
 
 		 739 aa  1011    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1202  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.62 
 
 		 734 aa  886    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000141345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  96.1 
 
 		 744 aa  1486    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000040075  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1257  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.4 
 
 		 746 aa  705    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648227  normal  0.0100627 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002504  GTP pyrophosphokinase (p)ppGpp synthetase I  64.2 
 
 		 739 aa  1003    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000545051  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0815  GDP/GTP pyrophosphokinase  85.39 
 
 		 745 aa  1346    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3319  GDP/GTP pyrophosphokinase  84.7 
 
 		 744 aa  1306    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000026158  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  96.1 
 
 		 744 aa  1486    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3236  GDP/GTP pyrophosphokinase  92.19 
 
 		 743 aa  1433    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000465507  normal  0.0411901 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3088  GDP/GTP pyrophosphokinase  100 
 
 		 744 aa  1539    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000221392  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3089  GDP/GTP pyrophosphokinase  99.73 
 
 		 744 aa  1534    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000014869  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2765  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.38 
 
 		 735 aa  898    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000517482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0983  GDP/GTP pyrophosphokinase  84.56 
 
 		 744 aa  1305    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000424886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1287  GTP diphosphokinase  59.57 
 
 		 735 aa  912    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000126799  unclonable  0.000000000190177 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2238  GTP diphosphokinase  47.03 
 
 		 746 aa  683    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.338893  hitchhiker  0.000119577 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3548  GDP/GTP pyrophosphokinase  85.66 
 
 		 745 aa  1333    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000488354  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1193  RelA/SpoT family protein  59.11 
 
 		 735 aa  898    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000349735  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1638  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  46.42 
 
 		 750 aa  680    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3449  GDP/GTP pyrophosphokinase  84.7 
 
 		 744 aa  1306    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000378764  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2029  GTP pyrophosphokinase  67.12 
 
 		 738 aa  1032    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37060  RelA/SpoT protein  47.4 
 
 		 749 aa  697    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00582579  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3389  GDP/GTP pyrophosphokinase  85.37 
 
 		 744 aa  1328    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000633248  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3707  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  56.72 
 
 		 720 aa  845    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000687808  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2238  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.7 
 
 		 745 aa  696    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0095  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  62.67 
 
 		 745 aa  996    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000291848  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2928  GDP/GTP pyrophosphokinase  99.87 
 
 		 744 aa  1537    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000188713  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60.05 
 
 		 735 aa  904    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000170035  normal  0.84646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1177  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60.05 
 
 		 735 aa  904    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000122235  normal  0.0382614 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1097  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.04 
 
 		 735 aa  667    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00537939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1049  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.06 
 
 		 756 aa  896    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000145818  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  96.23 
 
 		 744 aa  1487    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52180  GTP pyrophosphokinase  46.49 
 
 		 747 aa  701    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00224344  normal  0.0200902 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0792  GDP/GTP pyrophosphokinase  85.48 
 
 		 743 aa  1313    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000258134  normal  0.259843 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3289  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.52 
 
 		 736 aa  899    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000182723  hitchhiker  0.000963897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4062  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.54 
 
 		 746 aa  709    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733474  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03401  GTP pyrophosphokinase  52.95 
 
 		 727 aa  810    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00113456  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.52 
 
 		 736 aa  899    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000043894  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60.05 
 
 		 735 aa  903    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000524023  normal  0.850048 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3353  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.43 
 
 		 735 aa  906    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000634706  hitchhiker  0.000162185 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1735  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.14 
 
 		 747 aa  721    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1253  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.16 
 
 		 749 aa  659    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000616192  normal  0.537629 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1033  GTP diphosphokinase  59.33 
 
 		 734 aa  900    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0530  (p)ppGpp synthetase I and guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  57.99 
 
 		 737 aa  912    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.000055023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4576  GTP pyrophosphokinase  46.62 
 
 		 747 aa  705    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2113  GTP diphosphokinase  44.3 
 
 		 770 aa  620  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.978919  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1533  RelA/SpoT family protein  43.13 
 
 		 714 aa  618  1e-175  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000577209  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1462  GTP pyrophosphokinase  43.13 
 
 		 714 aa  615  1e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00122903  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1298  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  42.97 
 
 		 740 aa  590  1e-167  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000189131  hitchhiker  0.0061753 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1740  metal dependent phosphohydrolase  46.64 
 
 		 736 aa  590  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2505  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  42.8 
 
 		 729 aa  587  1e-166  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2827  RelA/SpoT protein  43.56 
 
 		 740 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00393712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.84 
 
 		 733 aa  578  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1300  RelA/SpoT protein  40.08 
 
 		 714 aa  578  1.0000000000000001e-163  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00320424  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_5  relA/spoT protein, GTP pyrophosphokinase  42.04 
 
 		 728 aa  566  1e-160  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.71 
 
 		 721 aa  568  1e-160  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1920  GTP pyrophosphokinase  43.38 
 
 		 718 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.682982  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1274  RelA/SpoT protein  41.84 
 
 		 741 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.266642  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2280  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.96 
 
 		 734 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122723  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0005  GTP pyrophosphokinase  41.98 
 
 		 728 aa  562  1e-158  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0939  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.09 
 
 		 732 aa  561  1e-158  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2510  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.09 
 
 		 732 aa  560  1e-158  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00123268  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3099  RelA/SpoT family protein  43.71 
 
 		 718 aa  560  1e-158  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1159  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  40.47 
 
 		 742 aa  561  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1758  GTP diphosphokinase, RelA/SpoT protein  43.17 
 
 		 722 aa  558  1e-157  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.76617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0005  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.31 
 
 		 728 aa  557  1e-157  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1576  GTP pyrophosphokinase  40.85 
 
 		 746 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1951  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  37.35 
 
 		 726 aa  553  1e-156  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1951  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  39.48 
 
 		 726 aa  554  1e-156  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000567155  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1978  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.17 
 
 		 741 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.699321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1648  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.03 
 
 		 741 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0787569 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2597  GTP pyrophosphokinase  40.42 
 
 		 725 aa  550  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3609  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.18 
 
 		 726 aa  550  1e-155  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00130344  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1559  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.99 
 
 		 746 aa  550  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1344  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  37.98 
 
 		 724 aa  546  1e-154  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000566061  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1288  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.38 
 
 		 729 aa  546  1e-154  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0314087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2193  GTP pyrophosphokinase  38.06 
 
 		 726 aa  547  1e-154  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1904  GTP pyrophosphokinase  38.64 
 
 		 726 aa  548  1e-154  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1219  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.61 
 
 		 771 aa  546  1e-154  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>