More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1344 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_2284  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  49.51 
 
 		 716 aa  720    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0529541  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0910  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.14 
 
 		 726 aa  660    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.746196  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1433  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.55 
 
 		 743 aa  687    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0005  GTP pyrophosphokinase  43.75 
 
 		 728 aa  647    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2236  GTP pyrophosphokinase  50.91 
 
 		 716 aa  741    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1999  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.54 
 
 		 790 aa  675    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.062239 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1288  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  52.01 
 
 		 729 aa  771    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0314087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1196  GTP pyrophosphokinase  52.64 
 
 		 729 aa  764    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0487271  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2287  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  54.83 
 
 		 727 aa  795    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.421652  hitchhiker  0.000000120051 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4491  GTP pyrophosphokinase  53.33 
 
 		 727 aa  806    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1344  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  100 
 
 		 724 aa  1490    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000566061  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1940  GTP pyrophosphokinase family protein  46.12 
 
 		 738 aa  670    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.891198  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1311  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.02 
 
 		 738 aa  676    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0901  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  54.81 
 
 		 712 aa  792    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0988529  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1400  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.38 
 
 		 746 aa  676    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.112475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4302  GTP pyrophosphokinase  53.19 
 
 		 727 aa  805    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4140  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  53.33 
 
 		 727 aa  806    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4151  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  53.47 
 
 		 727 aa  813    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1363  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.16 
 
 		 804 aa  704    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.401853  normal  0.596174 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1951  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  73 
 
 		 726 aa  1132    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3812  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.41 
 
 		 790 aa  677    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.225283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3123  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  53.41 
 
 		 727 aa  814    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00942759  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1724  GTP pyrophosphokinase  52.36 
 
 		 729 aa  781    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.15412  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0308  Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  44.38 
 
 		 774 aa  650    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00325244  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2090  RelA/SpoT protein  49.1 
 
 		 814 aa  733    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14010  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  45.27 
 
 		 809 aa  676    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.698973  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0733  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  54.89 
 
 		 721 aa  823    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000178164  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2510  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  56.28 
 
 		 732 aa  834    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00123268  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4989  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  45.82 
 
 		 751 aa  650    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2057  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.69 
 
 		 716 aa  647    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250061  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4829  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.71 
 
 		 749 aa  682    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.401142 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2097  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  56.07 
 
 		 725 aa  858    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1287  (p)ppGpp synthetase II/guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  44.94 
 
 		 718 aa  658    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000134256  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0431  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.85 
 
 		 715 aa  652    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0885  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.1 
 
 		 733 aa  687    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15130  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  47.34 
 
 		 812 aa  706    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0120895  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3211  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  50.69 
 
 		 716 aa  738    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00108978  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1459  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.55 
 
 		 743 aa  687    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2325  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  50.63 
 
 		 716 aa  732    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000013827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1569  metal dependent phosphohydrolase  45.95 
 
 		 715 aa  662    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04010  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  46.43 
 
 		 856 aa  677    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.710721 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4637  GTP pyrophosphokinase  53.19 
 
 		 727 aa  805    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0520  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.76 
 
 		 781 aa  637    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0839645  hitchhiker  0.0000697847 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1377  metal dependent phosphohydrolase  47.16 
 
 		 779 aa  677    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.790837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3048  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.54 
 
 		 815 aa  661    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1698  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.16 
 
 		 766 aa  700    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0971  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.95 
 
 		 727 aa  706    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000148672  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1680  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  57.18 
 
 		 717 aa  854    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0127021 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0379  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  52.22 
 
 		 710 aa  767    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2550  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  46.38 
 
 		 746 aa  674    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1376  (p)ppGpp synthetase I  43.95 
 
 		 862 aa  670    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.640463  normal  0.0959859 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1219  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.45 
 
 		 771 aa  669    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3380  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.71 
 
 		 822 aa  680    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000200325  hitchhiker  0.00033219 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1815  RelA/SpoT family protein  46.05 
 
 		 815 aa  688    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.093472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2319  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.83 
 
 		 806 aa  690    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.528198  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3609  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  57.08 
 
 		 726 aa  840    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00130344  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5139  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.07 
 
 		 879 aa  660    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258236 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1691  GTP pyrophosphokinase  52.36 
 
 		 729 aa  781    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.599497  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0175  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  45.01 
 
 		 740 aa  666    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.249358 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2359  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.19 
 
 		 793 aa  709    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3042  (p)ppGpp synthetase I  46.97 
 
 		 758 aa  662    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2280  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.83 
 
 		 801 aa  690    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.753689  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1338  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.19 
 
 		 742 aa  695    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4541  GTP diphosphokinase  53.33 
 
 		 727 aa  806    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2193  GTP pyrophosphokinase  60.08 
 
 		 726 aa  889    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1904  GTP pyrophosphokinase  59.67 
 
 		 726 aa  882    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12840  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  43.07 
 
 		 759 aa  639    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00420725  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4122  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.45 
 
 		 774 aa  657    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2653  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.47 
 
 		 750 aa  693    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.552873 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1805  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.32 
 
 		 827 aa  691    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.388708  decreased coverage  0.00000728185 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2027  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.71 
 
 		 763 aa  678    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000174552 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0947  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.89 
 
 		 721 aa  636    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.452547  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0721  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.78 
 
 		 745 aa  706    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000459955  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1299  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.38 
 
 		 746 aa  676    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.202283  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0806  GTP diphosphokinase  52.44 
 
 		 734 aa  791    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000171798  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0005  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.02 
 
 		 728 aa  649    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  50.14 
 
 		 716 aa  734    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000106243 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0709  GTP diphosphokinase  53.33 
 
 		 727 aa  806    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.348241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0092  guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  47.86 
 
 		 740 aa  687    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0587  guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  49.24 
 
 		 748 aa  699    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00257021  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0857  guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  47.59 
 
 		 750 aa  710    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1367  guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  44.58 
 
 		 731 aa  667    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.709372  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0200  (p)ppGpp synthetase  47.34 
 
 		 739 aa  679    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.546884  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2297  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.4 
 
 		 797 aa  696    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149438  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3160  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  51.05 
 
 		 716 aa  748    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000534468  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21900  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  48.15 
 
 		 789 aa  711    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0098703 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12603  GTP pyrophosphokinase relA  44.41 
 
 		 790 aa  681    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00000342988  normal  0.752099 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1338  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.19 
 
 		 820 aa  732    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.865833  normal  0.439631 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2399  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  49.79 
 
 		 717 aa  723    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.088294  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4487  GTP diphosphokinase  53.33 
 
 		 727 aa  806    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000280159 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2392  RelA/SpoT family protein  45.58 
 
 		 743 aa  701    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.997464  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4254  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  53.06 
 
 		 727 aa  804    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00950275  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4526  GTP diphosphokinase  53.33 
 
 		 727 aa  806    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2327  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.83 
 
 		 801 aa  690    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0335883  normal  0.296201 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0548  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  55.59 
 
 		 813 aa  840    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.237562  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2587  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.55 
 
 		 788 aa  681    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613367 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1951  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  64.36 
 
 		 726 aa  973    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000567155  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.38 
 
 		 717 aa  635    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144176  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2720  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.4 
 
 		 802 aa  673    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.865135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2572  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.24 
 
 		 748 aa  655    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>