More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1904 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011726  PCC8801_1433  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.19 
 
 
743 aa  657    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2720  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.32 
 
 
802 aa  645    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.865135  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3042  (p)ppGpp synthetase I  42.52 
 
 
758 aa  639    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1724  GTP pyrophosphokinase  49.45 
 
 
729 aa  732    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.15412  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17580  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  43.84 
 
 
775 aa  696    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.091974 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2236  GTP pyrophosphokinase  47.25 
 
 
716 aa  695    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12190  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  50.62 
 
 
716 aa  745    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000855141  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3123  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  52.32 
 
 
727 aa  795    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00942759  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1196  GTP pyrophosphokinase  49.72 
 
 
729 aa  716    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0487271  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4487  GTP diphosphokinase  52.54 
 
 
727 aa  788    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000280159 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4491  GTP pyrophosphokinase  52.54 
 
 
727 aa  788    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1940  GTP pyrophosphokinase family protein  44.76 
 
 
738 aa  652    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.891198  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1213  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.6 
 
 
756 aa  644    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.167676  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0721  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.68 
 
 
745 aa  705    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000459955  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1288  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  49.51 
 
 
729 aa  735    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0314087  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4302  GTP pyrophosphokinase  52.39 
 
 
727 aa  788    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4140  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  52.54 
 
 
727 aa  788    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4151  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  52.68 
 
 
727 aa  796    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0709  GTP diphosphokinase  51.66 
 
 
727 aa  786    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.348241  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2284  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.87 
 
 
716 aa  680    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0529541  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0548  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  50.82 
 
 
813 aa  777    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.237562  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0971  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.64 
 
 
727 aa  708    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000148672  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2090  RelA/SpoT protein  46.24 
 
 
814 aa  703    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1363  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.49 
 
 
804 aa  712    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.401853  normal  0.596174 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2359  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.08 
 
 
793 aa  716    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3211  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.59 
 
 
716 aa  687    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00108978  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4989  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  44.43 
 
 
751 aa  647    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1815  RelA/SpoT family protein  45.33 
 
 
815 aa  701    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.093472  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2510  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  53.16 
 
 
732 aa  815    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00123268  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12840  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  42.1 
 
 
759 aa  655    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00420725  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2319  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.84 
 
 
806 aa  702    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.528198  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0885  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.03 
 
 
733 aa  661    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2308  RelA/SpoT family protein  44.73 
 
 
790 aa  694    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0636363  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1951  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  56.28 
 
 
726 aa  851    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000567155  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0947  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.56 
 
 
721 aa  659    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.452547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.92 
 
 
716 aa  690    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000106243 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1459  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.19 
 
 
743 aa  657    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2325  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  46.9 
 
 
716 aa  682    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000013827  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1569  metal dependent phosphohydrolase  43.07 
 
 
715 aa  636    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4637  GTP pyrophosphokinase  52.39 
 
 
727 aa  788    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2287  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  49.25 
 
 
727 aa  738    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.421652  hitchhiker  0.000000120051 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1377  metal dependent phosphohydrolase  42.78 
 
 
779 aa  649    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.790837  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3812  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.91 
 
 
790 aa  708    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.225283  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1680  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  53.25 
 
 
717 aa  812    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0127021 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4122  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.01 
 
 
774 aa  668    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2550  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  42.17 
 
 
746 aa  638    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1376  (p)ppGpp synthetase I  43.3 
 
 
862 aa  682    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.640463  normal  0.0959859 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0733  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  51.8 
 
 
721 aa  788    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000178164  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1698  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.1 
 
 
766 aa  724    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2027  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.84 
 
 
763 aa  682    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000174552 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1805  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.47 
 
 
827 aa  702    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.388708  decreased coverage  0.00000728185 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0379  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  50.27 
 
 
710 aa  760    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3609  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  54.52 
 
 
726 aa  815    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00130344  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.28 
 
 
721 aa  645    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2097  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  51.87 
 
 
725 aa  815    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1344  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.67 
 
 
724 aa  882    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000566061  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2280  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.84 
 
 
801 aa  702    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.753689  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1338  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.18 
 
 
742 aa  700    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3048  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.66 
 
 
815 aa  671    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2116  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  46.44 
 
 
807 aa  706    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0339196  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2193  GTP pyrophosphokinase  97.66 
 
 
726 aa  1464    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1904  GTP pyrophosphokinase  100 
 
 
726 aa  1488    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4526  GTP diphosphokinase  51.66 
 
 
727 aa  786    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2653  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.7 
 
 
750 aa  651    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.552873 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0005  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.38 
 
 
728 aa  637    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04010  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  43.8 
 
 
856 aa  676    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.710721 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4475  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.69 
 
 
751 aa  649    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3160  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.92 
 
 
716 aa  692    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000534468  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0520  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.72 
 
 
781 aa  641    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0839645  hitchhiker  0.0000697847 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0939  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  53.16 
 
 
732 aa  810    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5139  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.29 
 
 
879 aa  685    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00258236 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4254  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  51.38 
 
 
727 aa  787    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00950275  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0806  GTP diphosphokinase  50.97 
 
 
734 aa  765    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000171798  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1691  GTP pyrophosphokinase  49.45 
 
 
729 aa  732    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.599497  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4829  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.6 
 
 
749 aa  660    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.401142 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15130  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  45.59 
 
 
812 aa  711    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0120895  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0092  guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  47.65 
 
 
740 aa  680    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0587  guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  46.69 
 
 
748 aa  668    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.00257021  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0857  guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  46.63 
 
 
750 aa  702    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1367  guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  47.09 
 
 
731 aa  680    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.709372  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0200  (p)ppGpp synthetase  45.48 
 
 
739 aa  651    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.546884  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2297  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.99 
 
 
797 aa  698    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149438  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14010  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  44.49 
 
 
809 aa  700    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.698973  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0308  Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolase/synthetase  42.23 
 
 
774 aa  644    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.00325244  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1311  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.39 
 
 
738 aa  640    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0901  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  50.9 
 
 
712 aa  758    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0988529  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1338  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.27 
 
 
820 aa  726    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.865833  normal  0.439631 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2399  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.47 
 
 
717 aa  656    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.088294  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1999  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.68 
 
 
790 aa  668    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.062239 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2392  RelA/SpoT family protein  44.81 
 
 
743 aa  702    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.997464  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4541  GTP diphosphokinase  52.54 
 
 
727 aa  788    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1951  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  56.65 
 
 
726 aa  852    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2327  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.84 
 
 
801 aa  702    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0335883  normal  0.296201 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2587  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.5 
 
 
788 aa  705    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.613367 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3380  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.19 
 
 
822 aa  701    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000200325  hitchhiker  0.00033219 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.19 
 
 
717 aa  642    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144176  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5841  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.72 
 
 
728 aa  639    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12603  GTP pyrophosphokinase relA  44.13 
 
 
790 aa  702    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00000342988  normal  0.752099 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1219  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.15 
 
 
771 aa  668    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21900  (p)ppGpp synthetase, RelA/SpoT family  44.41 
 
 
789 aa  676    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0098703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>