113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3028 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3028  F0F1 ATP synthase subunit B'  100 
 
 
174 aa  330  7.000000000000001e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.873378  normal  0.282628 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0192  F0F1 ATP synthase subunit B'  74.38 
 
 
180 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1036  F0F1 ATP synthase subunit B'  74.38 
 
 
180 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2697  F0F1 ATP synthase subunit B'  74.38 
 
 
180 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0607065 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2592  F0F1 ATP synthase subunit B'  70.55 
 
 
181 aa  211  5.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0769  F0F1 ATP synthase subunit B'  63.51 
 
 
193 aa  187  5e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.842135  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2877  F0F1 ATP synthase subunit B'  57.41 
 
 
215 aa  153  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.390438 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0912  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  45.14 
 
 
185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.287622  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0695  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  42.04 
 
 
187 aa  112  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.841203  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0828  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  41.1 
 
 
185 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.185146 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1977  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  37.42 
 
 
207 aa  101  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0985577 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4573  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  41.72 
 
 
185 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0267  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  38.73 
 
 
185 aa  92.4  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.303659  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0384  F0F1 ATP synthase subunit B'  39.41 
 
 
208 aa  92.4  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0396  F0F1 ATP synthase subunit B'  39.41 
 
 
208 aa  92.4  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4814  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  44.74 
 
 
188 aa  91.3  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.653502  normal  0.558791 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0502  F0F1 ATP synthase subunit B'  39.35 
 
 
205 aa  89.4  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0449  F0F1 ATP synthase subunit B'  39.73 
 
 
204 aa  88.6  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.257925 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0698  F0F1 ATP synthase subunit B'  39.16 
 
 
193 aa  86.3  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6946  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  35.06 
 
 
187 aa  85.1  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7659  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  35.06 
 
 
187 aa  84.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0943921  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3244  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  36.17 
 
 
161 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3820  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  36.3 
 
 
183 aa  81.6  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0300615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0844  ATP synthase subunit B', membrane-bound, F0 sector  42.26 
 
 
186 aa  80.5  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.354651 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0378  F0F1 ATP synthase subunit B'  30.99 
 
 
161 aa  79  0.00000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0556  F0F1 ATP synthase subunit B'  37.32 
 
 
207 aa  78.6  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3173  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  34.69 
 
 
201 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.420032  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3497  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  34.69 
 
 
201 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1891  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  37.87 
 
 
203 aa  76.6  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0110328 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0236  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  38.73 
 
 
185 aa  75.1  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4379  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  38.16 
 
 
199 aa  75.5  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.892877  normal  0.638974 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0395  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  33.77 
 
 
189 aa  75.1  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3368  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  34.69 
 
 
200 aa  73.6  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0841853  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0741  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  33.95 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.400515  normal  0.513866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0514  F0F1 ATP synthase subunit B'  35.92 
 
 
207 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350204  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0931  ATP synthase  35.23 
 
 
194 aa  72  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0712  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  32.65 
 
 
192 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0920845  normal  0.263062 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2203  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  35.71 
 
 
189 aa  67.4  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.202349 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3676  ATP synthase F0, B subunit  35.26 
 
 
189 aa  64.3  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000951735  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0874  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  25 
 
 
167 aa  62  0.000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1088  ATP synthase F0, B' subunit  25.49 
 
 
168 aa  60.1  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0398  ATP synthase F0, B' chain  30.59 
 
 
176 aa  57.8  0.00000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19170  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  37.89 
 
 
179 aa  57.4  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21440  ATP synthase, F0 subunit b  35.42 
 
 
203 aa  56.6  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1127  F0F1 ATP synthase subunit B  29.37 
 
 
172 aa  55.5  0.0000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0429  ATP synthase F0, B subunit, putative  31.11 
 
 
159 aa  55.1  0.0000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1078  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  39.73 
 
 
166 aa  52.4  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4485  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  39.33 
 
 
163 aa  52  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.399957 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4622  ATP synthase F0, B subunit  34.56 
 
 
194 aa  51.2  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1428  ATP synthase F0, B subunit  33.33 
 
 
163 aa  50.1  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.221942  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0144  ATP synthase F0, B subunit  28 
 
 
180 aa  49.7  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1231  ATP synthase F0, B subunit  34.09 
 
 
164 aa  48.9  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1068  ATP synthase F0, B subunit  35 
 
 
193 aa  48.1  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1873  F0F1-type ATP synthase, subunit b  33.04 
 
 
167 aa  48.1  0.00006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1041  ATP synthase F0, B subunit  30.14 
 
 
206 aa  47.8  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0637468 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09990  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  33.33 
 
 
194 aa  47.4  0.00009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.763368  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2096  F0F1 ATP synthase subunit B  31.48 
 
 
175 aa  47  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2122  ATP synthase F0, B subunit  37.25 
 
 
181 aa  47  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00221721  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0268  ATP synthase F0, B subunit  28.89 
 
 
161 aa  47.4  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2342  ATP synthase F0, B subunit  35.67 
 
 
184 aa  46.6  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000682315 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11334  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.65 
 
 
446 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4169  ATP synthase F0, B subunit  30.19 
 
 
165 aa  45.8  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0813106  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3031  F0F1 ATP synthase subunit B  32.61 
 
 
156 aa  45.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6140  ATP synthase F0, B subunit  32.61 
 
 
182 aa  45.4  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0172  ATP synthase F0, B subunit  30.19 
 
 
238 aa  45.1  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.173699  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12090  ATP synthase, F0 subunit b  28.66 
 
 
199 aa  45.1  0.0005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3498  F0F1 ATP synthase subunit B  33.08 
 
 
156 aa  44.7  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00465631  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2386  F0F1-type ATP synthase subunit b-like protein  33.05 
 
 
173 aa  45.1  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0093  F0F1 ATP synthase subunit B  33.07 
 
 
156 aa  44.7  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0481406  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  33.07 
 
 
156 aa  44.7  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0367309  normal  0.480955 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0066  F0F1 ATP synthase subunit B  29.61 
 
 
175 aa  44.7  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.391852  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0896  ATP synthase F0 subunit B  36.36 
 
 
181 aa  44.7  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3284  F0F1 ATP synthase subunit B  33.07 
 
 
156 aa  44.3  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294476  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2707  F0F1 ATP synthase subunit B  35.8 
 
 
175 aa  44.3  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4140  ATP synthase F0, B subunit  33.98 
 
 
195 aa  44.3  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  31.54 
 
 
156 aa  44.3  0.0009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000584216  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2953  F0F1 ATP synthase subunit B  31.54 
 
 
156 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.043981  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2609  ATP synthase F0, B subunit  36.51 
 
 
182 aa  43.9  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.303981  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  31.54 
 
 
156 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0776663  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4332  F0F1 ATP synthase subunit B  30.7 
 
 
166 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.432219  normal  0.0619166 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0118  F0F1 ATP synthase subunit B  31.54 
 
 
156 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.100936  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2848  ATP synthase F0, B subunit  22 
 
 
162 aa  43.5  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.134419 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3350  F0F1 ATP synthase subunit B  32.31 
 
 
156 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0868788  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0694  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  27.89 
 
 
161 aa  42.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2883  F0F1 ATP synthase subunit B  27.92 
 
 
175 aa  43.5  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000126633  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29590  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  35.29 
 
 
182 aa  42.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18240  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  34.78 
 
 
192 aa  43.1  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.539535  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0036  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  42.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00144365  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17840  ATP synthase F0, B subunit  28.87 
 
 
166 aa  42.4  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1303  ATP synthase F0, B subunit  28.46 
 
 
200 aa  42.7  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100719  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1975  ATP synthase F0, B subunit  28.57 
 
 
166 aa  42  0.004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0171213  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2314  F0F1 ATP synthase subunit B  34.31 
 
 
171 aa  42  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0503  F0F1 ATP synthase subunit B  30 
 
 
159 aa  42.4  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0337888  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3898  F0F1 ATP synthase subunit B  32.35 
 
 
156 aa  42  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2245  F0F1 ATP synthase subunit B  31.17 
 
 
175 aa  42  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.26161  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3312  F0F1 ATP synthase subunit B  33.07 
 
 
156 aa  41.6  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0288951  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1591  F0F1 ATP synthase subunit B  33.07 
 
 
156 aa  41.6  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000339431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3972  F0F1 ATP synthase subunit B  33.07 
 
 
156 aa  41.6  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.993966  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4046  F0F1 ATP synthase subunit B  33.07 
 
 
156 aa  41.6  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3011  F0F1 ATP synthase subunit B  33.07 
 
 
156 aa  41.6  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>