245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0144 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0144  ATP synthase F0, B subunit  100 
 
 
180 aa  359  1e-98  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1127  F0F1 ATP synthase subunit B  59.51 
 
 
172 aa  201  5e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09990  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  45.78 
 
 
194 aa  161  5.0000000000000005e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.763368  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1303  ATP synthase F0, B subunit  44.58 
 
 
200 aa  152  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100719  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19170  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  41.86 
 
 
179 aa  148  5e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1068  ATP synthase F0, B subunit  44.85 
 
 
193 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1778  ATP synthase F0, B subunit  39.39 
 
 
193 aa  131  3.9999999999999996e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2452  ATP synthase F0, B subunit  42.42 
 
 
194 aa  129  3e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1759  ATP synthase F0, B subunit  39.38 
 
 
189 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.483695  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0896  ATP synthase F0 subunit B  38.36 
 
 
181 aa  107  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2342  ATP synthase F0, B subunit  35.93 
 
 
184 aa  100  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000682315 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4140  ATP synthase F0, B subunit  31.25 
 
 
195 aa  97.4  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6140  ATP synthase F0, B subunit  34.18 
 
 
182 aa  96.7  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2609  ATP synthase F0, B subunit  35.03 
 
 
182 aa  96.3  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.303981  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29590  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  35.03 
 
 
182 aa  95.5  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08140  ATP synthase, F0 subunit b  36.77 
 
 
184 aa  92.4  3e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1020  F0F1 ATP synthase subunit B  28.74 
 
 
193 aa  92  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1312  ATP synthase F0 subunit B  34.36 
 
 
181 aa  90.9  8e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.541533  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18240  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  33.54 
 
 
192 aa  89  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.539535  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3920  ATP synthase F0, B subunit  32.2 
 
 
182 aa  85.5  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2411  ATP synthase F0, subunit B  33.71 
 
 
179 aa  82.4  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1266  ATP synthase F0, B subunit  30.29 
 
 
188 aa  82  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.140987 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1667  ATP synthase F0, B subunit  31.01 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4016  ATP synthase F0, B subunit  32.9 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000455541 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0332  ATP synthase F0, B subunit  32.05 
 
 
181 aa  77  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.389545 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2122  ATP synthase F0, B subunit  29.09 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00221721  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1277  ATP synthase F0, B subunit  29.03 
 
 
164 aa  75.9  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.279271  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1177  ATP synthase F0, B subunit  29.03 
 
 
164 aa  75.9  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.937871  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0329  ATP synthase F0, B subunit  36.36 
 
 
161 aa  75.9  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1041  ATP synthase F0, B subunit  28.48 
 
 
206 aa  74.7  0.0000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0637468 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3634  ATP synthase F0, B subunit  29.49 
 
 
175 aa  74.3  0.0000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213902  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03620  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00121932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4231  ATP synthase F0, B subunit  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00770304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4252  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515942  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4258  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00109237  normal  0.0337156 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03564  hypothetical protein  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000629937  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5172  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000636069  hitchhiker  0.00809624 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4104  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000546623  normal  0.0856146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4185  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000709577  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3952  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000175461  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1302  ATP synthase F0, B subunit  33.33 
 
 
203 aa  72.4  0.000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0209065  normal  0.277498 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2096  F0F1 ATP synthase subunit B  28.48 
 
 
175 aa  72.4  0.000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3711  F0F1 ATP synthase subunit B  31.41 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4150  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.039629  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3284  F0F1 ATP synthase subunit B  33.33 
 
 
156 aa  72  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294476  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4259  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0777142  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4079  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0615149  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4200  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.109353  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4094  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  72  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000422543  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4128  F0F1 ATP synthase subunit B  29.45 
 
 
156 aa  70.9  0.000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00062325  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4543  F0F1 ATP synthase subunit B  31.51 
 
 
156 aa  70.9  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0394  ATP synthase F0, B subunit  28.93 
 
 
165 aa  70.5  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.501074 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2953  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.043981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0118  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.100936  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0776663  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0268  ATP synthase F0, B subunit  28.03 
 
 
161 aa  69.7  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0367309  normal  0.480955 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0093  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0481406  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2953  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.193165  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2848  ATP synthase F0, B subunit  28.12 
 
 
162 aa  69.3  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.134419 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0183  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3312  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0288951  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3989  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3359  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.903463  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1591  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000339431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3972  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.993966  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4046  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3011  F0F1 ATP synthase subunit B  32.65 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209415  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2500  F0F1 ATP synthase subunit B  27.27 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  31.97 
 
 
156 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000584216  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0036  F0F1 ATP synthase subunit B  33.59 
 
 
156 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00144365  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3898  F0F1 ATP synthase subunit B  33.59 
 
 
156 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0180  F0F1 ATP synthase subunit B  29.41 
 
 
156 aa  67  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2144  F0F1 ATP synthase subunit B  29.41 
 
 
156 aa  67  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0004  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  67.4  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383011  hitchhiker  0.00333744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1231  ATP synthase F0, B subunit  30.41 
 
 
164 aa  66.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4180  F0F1 ATP synthase subunit B  27.81 
 
 
156 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000186765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4299  F0F1 ATP synthase subunit B  29.25 
 
 
156 aa  66.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0127167  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4206  F0F1 ATP synthase subunit B  27.81 
 
 
156 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000301032  normal  0.110777 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4222  F0F1 ATP synthase subunit B  27.81 
 
 
156 aa  66.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000120045  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1214  ATP synthase F0, B subunit  24.84 
 
 
191 aa  65.5  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3031  F0F1 ATP synthase subunit B  32.82 
 
 
156 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2524  F0F1 ATP synthase subunit B  31.34 
 
 
156 aa  64.7  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00056725  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2489  F0F1 ATP synthase subunit B  26.67 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000305387  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0193  F0F1 ATP synthase subunit B  34.13 
 
 
156 aa  64.7  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.882585 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2883  F0F1 ATP synthase subunit B  25.45 
 
 
175 aa  63.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000126633  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0476  F0F1 ATP synthase subunit B  34.62 
 
 
156 aa  63.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.219933  normal  0.615826 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12090  ATP synthase, F0 subunit b  28.3 
 
 
199 aa  62.8  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2245  F0F1 ATP synthase subunit B  29.75 
 
 
175 aa  63.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.26161  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4902  F0F1 ATP synthase subunit B  28.77 
 
 
156 aa  62.8  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000735989  normal  0.257522 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4049  F0F1 ATP synthase subunit B  28.77 
 
 
156 aa  62.4  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4874  F0F1 ATP synthase subunit B  32.31 
 
 
156 aa  62.4  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3530  F0F1 ATP synthase subunit B  31.3 
 
 
156 aa  62  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.037276 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4490  F0F1 ATP synthase subunit B  28.77 
 
 
156 aa  62.4  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  hitchhiker  0.00000569533 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3849  F0F1 ATP synthase subunit B  27.81 
 
 
156 aa  62.4  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28383  hitchhiker  0.0000250407 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2873  F0F1 ATP synthase subunit B  26.72 
 
 
146 aa  61.6  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.405678  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17840  ATP synthase F0, B subunit  28.49 
 
 
166 aa  61.6  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0323  F0F1 ATP synthase subunit B  32.31 
 
 
156 aa  61.2  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.601696 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3756  F0F1 ATP synthase subunit B  28.08 
 
 
156 aa  61.2  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289991  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4253  F0F1 ATP synthase subunit B  30.82 
 
 
156 aa  60.8  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0299011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>