291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4490 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4490  F0F1 ATP synthase subunit B  100 
 
 
156 aa  307  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  hitchhiker  0.00000569533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4902  F0F1 ATP synthase subunit B  98.72 
 
 
156 aa  302  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000735989  normal  0.257522 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3849  F0F1 ATP synthase subunit B  94.87 
 
 
156 aa  292  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28383  hitchhiker  0.0000250407 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3756  F0F1 ATP synthase subunit B  93.59 
 
 
156 aa  290  4e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289991  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4511  F0F1 ATP synthase subunit B  92.95 
 
 
156 aa  288  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00356652  normal  0.0257912 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4369  F0F1 ATP synthase subunit B  92.95 
 
 
156 aa  288  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.011989  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4314  F0F1 ATP synthase subunit B  92.95 
 
 
156 aa  288  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0812029  hitchhiker  0.0000000000716533 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4370  F0F1 ATP synthase subunit B  92.31 
 
 
156 aa  287  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000255144  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4751  F0F1 ATP synthase subunit B  92.31 
 
 
156 aa  286  9e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4244  F0F1 ATP synthase subunit B  89.1 
 
 
156 aa  276  6e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00033508  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4049  F0F1 ATP synthase subunit B  85.9 
 
 
156 aa  266  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4134  F0F1 ATP synthase subunit B  93.59 
 
 
156 aa  266  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000412529  hitchhiker  0.00502547 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3929  F0F1 ATP synthase subunit B  92.95 
 
 
156 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.016356  hitchhiker  0.00620185 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4021  F0F1 ATP synthase subunit B  92.95 
 
 
156 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.165729  normal  0.907421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3648  F0F1 ATP synthase subunit B  89.1 
 
 
156 aa  255  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000138088  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4543  F0F1 ATP synthase subunit B  76.92 
 
 
156 aa  240  6e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3960  F0F1 ATP synthase subunit B  83.33 
 
 
156 aa  240  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.399325  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4079  F0F1 ATP synthase subunit B  75 
 
 
156 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0615149  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4094  F0F1 ATP synthase subunit B  75 
 
 
156 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000422543  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4128  F0F1 ATP synthase subunit B  75 
 
 
156 aa  237  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00062325  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4150  F0F1 ATP synthase subunit B  75 
 
 
156 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.039629  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4259  F0F1 ATP synthase subunit B  75 
 
 
156 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0777142  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4200  F0F1 ATP synthase subunit B  75 
 
 
156 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.109353  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0004  F0F1 ATP synthase subunit B  75.64 
 
 
156 aa  236  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383011  hitchhiker  0.00333744 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03620  F0F1 ATP synthase subunit B  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00121932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4231  ATP synthase F0, B subunit  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00770304  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3952  F0F1 ATP synthase subunit B  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000175461  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4252  F0F1 ATP synthase subunit B  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515942  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3989  F0F1 ATP synthase subunit B  73.08 
 
 
156 aa  233  7e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4258  F0F1 ATP synthase subunit B  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00109237  normal  0.0337156 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03564  hypothetical protein  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000629937  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4185  F0F1 ATP synthase subunit B  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000709577  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5172  F0F1 ATP synthase subunit B  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000636069  hitchhiker  0.00809624 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4104  F0F1 ATP synthase subunit B  73.72 
 
 
156 aa  233  7e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000546623  normal  0.0856146 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4180  F0F1 ATP synthase subunit B  73.08 
 
 
156 aa  228  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000186765  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4222  F0F1 ATP synthase subunit B  73.08 
 
 
156 aa  228  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000120045  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4206  F0F1 ATP synthase subunit B  73.08 
 
 
156 aa  228  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000301032  normal  0.110777 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4299  F0F1 ATP synthase subunit B  73.72 
 
 
156 aa  227  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0127167  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4253  F0F1 ATP synthase subunit B  76.92 
 
 
156 aa  224  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0299011  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2524  F0F1 ATP synthase subunit B  69.23 
 
 
156 aa  224  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00056725  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3734  ATP synthase F0, B subunit  69.23 
 
 
156 aa  223  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.23986  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4190  F0F1 ATP synthase subunit B  75.64 
 
 
156 aa  220  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000644927  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3063  F0F1 ATP synthase subunit B  67.31 
 
 
156 aa  218  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0058  ATP synthase F0, B subunit  66.67 
 
 
156 aa  210  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00426  F0F1 ATP synthase subunit B  69.23 
 
 
156 aa  208  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6360  F0F1 ATP synthase subunit B  64.1 
 
 
156 aa  193  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5125  F0F1 ATP synthase subunit B  63.46 
 
 
156 aa  193  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0727464  normal  0.577364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5417  F0F1 ATP synthase subunit B  61.54 
 
 
156 aa  191  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.496413  hitchhiker  0.000678034 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5603  ATP synthase F0, B subunit  62.18 
 
 
156 aa  190  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5734  F0F1 ATP synthase subunit B  63.92 
 
 
156 aa  190  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0047382  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73290  F0F1 ATP synthase subunit B  62.82 
 
 
156 aa  189  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5435  F0F1 ATP synthase subunit B  60.9 
 
 
156 aa  189  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5299  F0F1 ATP synthase subunit B  60.9 
 
 
156 aa  189  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329705  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3288  F0F1 ATP synthase subunit B  58.97 
 
 
156 aa  189  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160099  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5204  F0F1 ATP synthase subunit B  60.9 
 
 
156 aa  189  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.228088  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3879  ATP synthase F0, B subunit  59.62 
 
 
156 aa  184  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000993244  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2801  F-type H+-transporting ATP synthase, subunit B  58.97 
 
 
156 aa  184  5e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0112017  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4611  ATP synthase F0, B subunit  57.69 
 
 
156 aa  181  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4466  ATP synthase F0, B subunit  58.33 
 
 
156 aa  177  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000198914  hitchhiker  0.0000000113501 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52200  F0 sector of membrane-bound ATP synthase, subunit B  56.29 
 
 
152 aa  176  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002026  ATP synthase B chain  71.11 
 
 
135 aa  171  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000124653  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2591  ATP synthase F0, B subunit  53.85 
 
 
156 aa  170  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165312  normal  0.0791897 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1700  F0F1 ATP synthase subunit B  57.05 
 
 
156 aa  165  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.169268  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2748  F0F1 ATP synthase subunit B  53.85 
 
 
156 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000265032  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04087  membrane-bound ATP synthase, F0 sector, subunit b  70.08 
 
 
127 aa  159  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0260334  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3515  F0F1 ATP synthase subunit B  53.85 
 
 
156 aa  159  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3970  F0F1 ATP synthase subunit B  58.33 
 
 
156 aa  159  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00376909  normal  0.28656 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0008  ATP synthase F0, B subunit  51.28 
 
 
157 aa  159  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.320711  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0145  ATP synthase F0, B subunit  52.56 
 
 
156 aa  159  2e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  hitchhiker  0.00203214  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3309  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  155  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.384998  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3898  F0F1 ATP synthase subunit B  49.36 
 
 
156 aa  154  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0036  F0F1 ATP synthase subunit B  48.72 
 
 
156 aa  154  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00144365  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2169  F0F1 ATP synthase subunit B  49.67 
 
 
156 aa  152  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000388738  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0306  F0F1 ATP synthase subunit B  53.85 
 
 
156 aa  152  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000623248  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2331  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  152  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000933375  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3031  F0F1 ATP synthase subunit B  48.72 
 
 
156 aa  152  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2028  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  151  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000104833  normal  0.0240886 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06108  ATP synthase B chain  42.31 
 
 
156 aa  151  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0180  F0F1 ATP synthase subunit B  48.72 
 
 
156 aa  150  5.9999999999999996e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2144  F0F1 ATP synthase subunit B  48.72 
 
 
156 aa  150  5.9999999999999996e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0189  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  150  7e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046503 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2953  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.193165  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0183  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  150  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1591  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000339431  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3011  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209415  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4046  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  150  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3312  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  150  8e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0288951  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3972  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  150  8e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.993966  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3359  F0F1 ATP synthase subunit B  48.08 
 
 
156 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.903463  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  47.44 
 
 
156 aa  148  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000584216  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3284  F0F1 ATP synthase subunit B  47.44 
 
 
156 aa  148  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294476  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4110  ATP synthase F0, subunit B  48.08 
 
 
156 aa  147  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000255147  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0093  F0F1 ATP synthase subunit B  46.79 
 
 
156 aa  147  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0481406  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  46.79 
 
 
156 aa  147  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0367309  normal  0.480955 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2953  F0F1 ATP synthase subunit B  46.79 
 
 
156 aa  147  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.043981  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  46.79 
 
 
156 aa  147  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0776663  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0118  F0F1 ATP synthase subunit B  46.79 
 
 
156 aa  147  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.100936  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2434  F0F1 ATP synthase subunit B  46.21 
 
 
146 aa  145  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0912679  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03109  F0F1 ATP synthase subunit B  49.36 
 
 
156 aa  145  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3078  F0F1 ATP synthase subunit B  50 
 
 
156 aa  143  9e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0404416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>