256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4874 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4874  F0F1 ATP synthase subunit B  100 
 
 
156 aa  298  2e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0323  F0F1 ATP synthase subunit B  80.77 
 
 
156 aa  243  4.9999999999999997e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.601696 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0368  F0F1 ATP synthase subunit B  84.62 
 
 
156 aa  237  4e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.685642  normal  0.393865 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0416  F0F1 ATP synthase subunit B  83.33 
 
 
156 aa  234  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.489173  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0110  F0F1 ATP synthase subunit B  76.92 
 
 
156 aa  234  4e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000261662  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0193  F0F1 ATP synthase subunit B  73.08 
 
 
156 aa  229  9e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.882585 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0476  F0F1 ATP synthase subunit B  82.69 
 
 
156 aa  229  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.219933  normal  0.615826 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0299  F0F1 ATP synthase subunit B  81.41 
 
 
156 aa  225  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0251  F0F1 ATP synthase subunit B  76.92 
 
 
156 aa  222  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3530  F0F1 ATP synthase subunit B  72.44 
 
 
156 aa  222  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.037276 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0304  F0F1 ATP synthase subunit B  80.77 
 
 
156 aa  221  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00801796 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2953  F0F1 ATP synthase subunit B  62.82 
 
 
156 aa  190  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.043981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0118  F0F1 ATP synthase subunit B  62.82 
 
 
156 aa  190  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.100936  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  62.82 
 
 
156 aa  190  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0776663  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  62.82 
 
 
156 aa  190  7e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000584216  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3191  F0F1 ATP synthase subunit B  62.18 
 
 
156 aa  189  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0093  F0F1 ATP synthase subunit B  62.18 
 
 
156 aa  189  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0481406  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3031  F0F1 ATP synthase subunit B  62.18 
 
 
156 aa  189  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0102  F0F1 ATP synthase subunit B  62.18 
 
 
156 aa  189  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0367309  normal  0.480955 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3284  F0F1 ATP synthase subunit B  60.9 
 
 
156 aa  187  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294476  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3516  F0F1 ATP synthase subunit B  60.9 
 
 
156 aa  187  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.346164  hitchhiker  0.000127019 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3321  F0F1 ATP synthase subunit B  61.54 
 
 
156 aa  186  8e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00311324  normal  0.130575 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3898  F0F1 ATP synthase subunit B  60.26 
 
 
156 aa  186  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0036  F0F1 ATP synthase subunit B  60.26 
 
 
156 aa  186  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00144365  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2953  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  183  9e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.193165  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0183  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  183  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3312  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  183  9e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0288951  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3011  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  183  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209415  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3359  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  183  9e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.903463  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1591  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  183  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000339431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3972  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  183  9e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.993966  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4046  F0F1 ATP synthase subunit B  59.62 
 
 
156 aa  183  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3350  F0F1 ATP synthase subunit B  58.33 
 
 
156 aa  179  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0868788  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3498  F0F1 ATP synthase subunit B  58.33 
 
 
156 aa  178  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00465631  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2801  F-type H+-transporting ATP synthase, subunit B  55.13 
 
 
156 aa  158  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0112017  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0022  ATP synthase F0, B subunit  51.92 
 
 
156 aa  154  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0311887  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4110  ATP synthase F0, subunit B  53.21 
 
 
156 aa  150  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000255147  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2748  F0F1 ATP synthase subunit B  50.64 
 
 
156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000265032  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0018  ATP synthase F0, B subunit  51.28 
 
 
156 aa  144  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000000004073  hitchhiker  0.000421111 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0008  ATP synthase F0, B subunit  48.08 
 
 
157 aa  141  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.320711  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2169  F0F1 ATP synthase subunit B  46.71 
 
 
156 aa  137  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000388738  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4611  ATP synthase F0, B subunit  48.08 
 
 
156 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2811  ATP synthase F0, B subunit  43.59 
 
 
159 aa  134  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.182804  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3207  ATP synthase F0, B subunit  43.59 
 
 
159 aa  134  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0472132  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2434  F0F1 ATP synthase subunit B  47.95 
 
 
146 aa  134  6.0000000000000005e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0912679  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2591  ATP synthase F0, B subunit  44.87 
 
 
156 aa  133  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165312  normal  0.0791897 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2331  F0F1 ATP synthase subunit B  47.44 
 
 
156 aa  130  7.999999999999999e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0000933375  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2028  F0F1 ATP synthase subunit B  47.44 
 
 
156 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000104833  normal  0.0240886 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3309  F0F1 ATP synthase subunit B  46.15 
 
 
156 aa  128  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.384998  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0306  F0F1 ATP synthase subunit B  46.15 
 
 
156 aa  127  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000623248  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52200  F0 sector of membrane-bound ATP synthase, subunit B  43.71 
 
 
152 aa  127  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3879  ATP synthase F0, B subunit  46.15 
 
 
156 aa  127  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000993244  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0211  F0F1 ATP synthase subunit B  53.85 
 
 
157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2144  F0F1 ATP synthase subunit B  41.03 
 
 
156 aa  124  5e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0180  F0F1 ATP synthase subunit B  41.03 
 
 
156 aa  124  5e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3288  F0F1 ATP synthase subunit B  41.67 
 
 
156 aa  122  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160099  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0058  ATP synthase F0, B subunit  41.03 
 
 
156 aa  121  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0189  F0F1 ATP synthase subunit B  46.15 
 
 
156 aa  121  5e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73290  F0F1 ATP synthase subunit B  42.31 
 
 
156 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2873  F0F1 ATP synthase subunit B  42.47 
 
 
146 aa  120  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.405678  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3057  F0F1 ATP synthase subunit B  48.72 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2914  F0F1 ATP synthase subunit B  48.72 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6360  F0F1 ATP synthase subunit B  41.67 
 
 
156 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3849  F0F1 ATP synthase subunit B  40.38 
 
 
156 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28383  hitchhiker  0.0000250407 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4222  F0F1 ATP synthase subunit B  41.03 
 
 
156 aa  117  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000120045  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4206  F0F1 ATP synthase subunit B  41.03 
 
 
156 aa  117  6e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000301032  normal  0.110777 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4299  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  117  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0127167  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4490  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  117  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  hitchhiker  0.00000569533 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4180  F0F1 ATP synthase subunit B  41.03 
 
 
156 aa  117  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000186765  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3756  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  117  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289991  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4370  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  117  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000255144  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0004  F0F1 ATP synthase subunit B  41.03 
 
 
156 aa  116  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383011  hitchhiker  0.00333744 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4128  F0F1 ATP synthase subunit B  41.03 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00062325  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4511  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00356652  normal  0.0257912 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4369  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.011989  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4314  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0812029  hitchhiker  0.0000000000716533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4902  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000735989  normal  0.257522 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5435  F0F1 ATP synthase subunit B  41.67 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2524  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00056725  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5299  F0F1 ATP synthase subunit B  41.67 
 
 
156 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329705  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5204  F0F1 ATP synthase subunit B  41.67 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.228088  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5417  F0F1 ATP synthase subunit B  41.03 
 
 
156 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.496413  hitchhiker  0.000678034 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4751  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4244  F0F1 ATP synthase subunit B  40.38 
 
 
156 aa  114  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00033508  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4543  F0F1 ATP synthase subunit B  40.38 
 
 
156 aa  114  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5603  ATP synthase F0, B subunit  39.74 
 
 
156 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3989  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5125  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0727464  normal  0.577364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4466  ATP synthase F0, B subunit  38.46 
 
 
156 aa  111  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000198914  hitchhiker  0.0000000113501 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03620  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00121932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4231  ATP synthase F0, B subunit  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00770304  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03564  hypothetical protein  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000629937  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3952  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000175461  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4252  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515942  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4185  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000709577  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4104  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000546623  normal  0.0856146 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5172  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000636069  hitchhiker  0.00809624 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4258  F0F1 ATP synthase subunit B  39.74 
 
 
156 aa  110  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00109237  normal  0.0337156 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4150  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.039629  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4079  F0F1 ATP synthase subunit B  39.1 
 
 
156 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0615149  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>