218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3711 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3711  F0F1 ATP synthase subunit B  100 
 
 
196 aa  379  1e-104  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1020  F0F1 ATP synthase subunit B  61.26 
 
 
193 aa  226  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4140  ATP synthase F0, B subunit  50.3 
 
 
195 aa  153  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0896  ATP synthase F0 subunit B  50.3 
 
 
181 aa  135  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2122  ATP synthase F0, B subunit  44.63 
 
 
181 aa  134  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00221721  hitchhiker  0.00491611 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3920  ATP synthase F0, B subunit  52.47 
 
 
182 aa  127  8.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1312  ATP synthase F0 subunit B  41.53 
 
 
181 aa  124  7e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.541533  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3634  ATP synthase F0, B subunit  46.02 
 
 
175 aa  124  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.213902  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29590  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  44.19 
 
 
182 aa  122  4e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1667  ATP synthase F0, B subunit  46.93 
 
 
182 aa  121  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09990  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  44.71 
 
 
194 aa  120  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.763368  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1303  ATP synthase F0, B subunit  42.86 
 
 
200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.100719  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1266  ATP synthase F0, B subunit  44.91 
 
 
188 aa  119  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.140987 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4016  ATP synthase F0, B subunit  41.81 
 
 
179 aa  118  4.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000455541 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2342  ATP synthase F0, B subunit  43.02 
 
 
184 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000682315 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1759  ATP synthase F0, B subunit  43.56 
 
 
189 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.483695  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2609  ATP synthase F0, B subunit  43.82 
 
 
182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.303981  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6140  ATP synthase F0, B subunit  47.46 
 
 
182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1778  ATP synthase F0, B subunit  38.65 
 
 
193 aa  105  3e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08140  ATP synthase, F0 subunit b  45.81 
 
 
184 aa  103  1e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1214  ATP synthase F0, B subunit  41.21 
 
 
191 aa  98.2  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18240  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  39.13 
 
 
192 aa  97.8  9e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.539535  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2452  ATP synthase F0, B subunit  34.2 
 
 
194 aa  93.6  2e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1127  F0F1 ATP synthase subunit B  32.92 
 
 
172 aa  92.4  4e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19170  ATP synthase F0 subcomplex B subunit  38.27 
 
 
179 aa  92  4e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1068  ATP synthase F0, B subunit  41.98 
 
 
193 aa  91.7  6e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0332  ATP synthase F0, B subunit  37.35 
 
 
181 aa  88.2  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.389545 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0144  ATP synthase F0, B subunit  31.41 
 
 
180 aa  85.1  7e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2411  ATP synthase F0, subunit B  37.72 
 
 
179 aa  84.3  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0649  ATP synthase F0, B subunit  42.86 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.123411  normal  0.231739 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2314  F0F1 ATP synthase subunit B  33.33 
 
 
171 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4332  F0F1 ATP synthase subunit B  30.41 
 
 
166 aa  68.6  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.432219  normal  0.0619166 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1252  ATP synthase F1, delta subunit  31.33 
 
 
448 aa  66.6  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.849245  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1937  F0F1 ATP synthase subunit B  31.69 
 
 
168 aa  65.9  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.385177  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1799  ATP synthase F0, B subunit  36.94 
 
 
173 aa  63.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.402009  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11333  F0F1 ATP synthase subunit B  28.21 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0517  F0F1 ATP synthase subunit B  30.46 
 
 
165 aa  61.2  0.000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0641052  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12090  ATP synthase, F0 subunit b  27.85 
 
 
199 aa  60.5  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1642  ATP synthase F0, B subunit  30.06 
 
 
174 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1302  ATP synthase F0, B subunit  29.07 
 
 
203 aa  59.3  0.00000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0209065  normal  0.277498 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4622  ATP synthase F0, B subunit  31.87 
 
 
194 aa  59.3  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6066  H+transporting two-sector ATPase B/B' subunit  30.82 
 
 
264 aa  58.5  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5603  ATP synthase F0, B subunit  31.16 
 
 
156 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5125  F0F1 ATP synthase subunit B  31.88 
 
 
156 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0727464  normal  0.577364 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1918  ATP synthase F1, delta subunit  31.79 
 
 
449 aa  57.4  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21440  ATP synthase, F0 subunit b  29.86 
 
 
203 aa  56.6  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3880  F0F1 ATP synthase subunit B  29.78 
 
 
169 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.147131  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3954  F0F1 ATP synthase subunit B  29.78 
 
 
169 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.745097  normal  0.0175719 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4370  F0F1 ATP synthase subunit B  30.61 
 
 
156 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000255144  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3866  F0F1 ATP synthase subunit B  29.78 
 
 
169 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.822675  normal  0.0736112 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4369  F0F1 ATP synthase subunit B  30.61 
 
 
156 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.011989  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4511  F0F1 ATP synthase subunit B  30.61 
 
 
156 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00356652  normal  0.0257912 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3734  ATP synthase F0, B subunit  28.48 
 
 
156 aa  55.8  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.23986  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4314  F0F1 ATP synthase subunit B  30.61 
 
 
156 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0812029  hitchhiker  0.0000000000716533 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3989  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  55.8  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4490  F0F1 ATP synthase subunit B  28.48 
 
 
156 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  hitchhiker  0.00000569533 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4299  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  55.5  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0127167  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6360  F0F1 ATP synthase subunit B  31.88 
 
 
156 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73290  F0F1 ATP synthase subunit B  31.88 
 
 
156 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3849  F0F1 ATP synthase subunit B  30.61 
 
 
156 aa  55.8  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.28383  hitchhiker  0.0000250407 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2873  F0F1 ATP synthase subunit B  29.45 
 
 
146 aa  55.5  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.405678  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11334  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.33 
 
 
446 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03620  F0F1 ATP synthase subunit B  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00121932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4231  ATP synthase F0, B subunit  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00770304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4252  F0F1 ATP synthase subunit B  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515942  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03564  hypothetical protein  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000629937  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3952  F0F1 ATP synthase subunit B  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000175461  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5172  F0F1 ATP synthase subunit B  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000636069  hitchhiker  0.00809624 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4185  F0F1 ATP synthase subunit B  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000709577  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4258  F0F1 ATP synthase subunit B  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00109237  normal  0.0337156 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4902  F0F1 ATP synthase subunit B  28.48 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000735989  normal  0.257522 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4104  F0F1 ATP synthase subunit B  29.68 
 
 
156 aa  55.1  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000546623  normal  0.0856146 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4751  F0F1 ATP synthase subunit B  30.61 
 
 
156 aa  55.1  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3756  F0F1 ATP synthase subunit B  29.93 
 
 
156 aa  55.1  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289991  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2524  F0F1 ATP synthase subunit B  29.14 
 
 
156 aa  55.1  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00056725  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4206  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  54.7  0.0000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000301032  normal  0.110777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5734  F0F1 ATP synthase subunit B  31.16 
 
 
156 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0047382  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0004  F0F1 ATP synthase subunit B  29.68 
 
 
156 aa  54.7  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000383011  hitchhiker  0.00333744 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4222  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  54.7  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000120045  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4180  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  54.7  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000186765  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4128  F0F1 ATP synthase subunit B  30.14 
 
 
156 aa  54.7  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00062325  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3214  ATP synthase F0, B subunit  27.84 
 
 
164 aa  54.7  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.169914 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0989  F0F1 ATP synthase subunit B  30.52 
 
 
164 aa  54.3  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.644569 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03050  ATP synthase F0, subunit B  27.85 
 
 
164 aa  54.3  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2144  F0F1 ATP synthase subunit B  26.49 
 
 
156 aa  53.5  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3879  F0F1 ATP synthase subunit delta  26.32 
 
 
443 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2500  F0F1 ATP synthase subunit B  27.16 
 
 
175 aa  53.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3953  F0F1 ATP synthase subunit delta  26.32 
 
 
443 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0109284 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3309  F0F1 ATP synthase subunit B  30.52 
 
 
156 aa  53.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.384998  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3865  F0F1 ATP synthase subunit delta  26.32 
 
 
443 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0308391 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0180  F0F1 ATP synthase subunit B  26.49 
 
 
156 aa  53.5  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4795  ATP synthase F0, B subunit  31.13 
 
 
164 aa  52.8  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0163867  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4094  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000422543  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2169  F0F1 ATP synthase subunit B  25.83 
 
 
156 aa  52.4  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000388738  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4200  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.109353  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0267  H+-transporting two-sector ATPase, B/B' subunit  31.36 
 
 
185 aa  52.4  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.303659  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4150  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.039629  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4049  F0F1 ATP synthase subunit B  32.81 
 
 
156 aa  52.4  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4079  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0615149  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4259  F0F1 ATP synthase subunit B  29.03 
 
 
156 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0777142  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>