More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0696 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0696  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 		 219 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5999  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  56.19 
 
 		 206 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00648667 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3760  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.58 
 
 		 210 aa  209  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3758  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 		 201 aa  167  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  46.6 
 
 		 201 aa  166  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 		 201 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  44.68 
 
 		 197 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 		 201 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.18 
 
 		 201 aa  164  6.9999999999999995e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0371  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 		 201 aa  164  9e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  45.55 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.16 
 
 		 201 aa  163  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 211 aa  162  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  45.55 
 
 		 201 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  45.55 
 
 		 201 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  45.55 
 
 		 201 aa  162  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 201 aa  162  4.0000000000000004e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2590  isopropylmalate isomerase small subunit  41.8 
 
 		 197 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000283256  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4547  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 201 aa  161  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258236  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 201 aa  161  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  45.69 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 201 aa  159  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 201 aa  159  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  45.36 
 
 		 201 aa  159  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0215  isopropylmalate isomerase small subunit  41.41 
 
 		 202 aa  159  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.20437 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  44.67 
 
 		 207 aa  158  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  44.95 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 209 aa  157  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  43.72 
 
 		 202 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  45.03 
 
 		 201 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3817  isopropylmalate isomerase small subunit  43.52 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  42.42 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 201 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2224  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.88 
 
 		 202 aa  154  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.724185  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  42.71 
 
 		 202 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 201 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.65 
 
 		 201 aa  153  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1670  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.5 
 
 		 204 aa  153  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00715412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  42.27 
 
 		 201 aa  152  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 201 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 200 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3271  isopropylmalate isomerase small subunit  42.63 
 
 		 208 aa  152  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 		 201 aa  151  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  43.43 
 
 		 201 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1167  isopropylmalate isomerase small subunit  40.43 
 
 		 196 aa  150  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000149275  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0396  isopropylmalate isomerase small subunit  44.27 
 
 		 201 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1939  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  48.99 
 
 		 200 aa  149  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.45 
 
 		 207 aa  149  5e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  41.67 
 
 		 200 aa  148  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  43.94 
 
 		 200 aa  148  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  41.67 
 
 		 200 aa  148  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  44.44 
 
 		 200 aa  148  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  40.57 
 
 		 214 aa  148  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  40.84 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  42.42 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  42.42 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  42.42 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  41.24 
 
 		 200 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  39.9 
 
 		 214 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.43 
 
 		 216 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2029  isopropylmalate isomerase small subunit  40.64 
 
 		 194 aa  145  4.0000000000000006e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  39.42 
 
 		 214 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  39.69 
 
 		 200 aa  144  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  41.15 
 
 		 200 aa  144  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  40.21 
 
 		 200 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1886  isopropylmalate isomerase small subunit  38.74 
 
 		 200 aa  144  1e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  40.21 
 
 		 200 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  41.24 
 
 		 200 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3568  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  40 
 
 		 203 aa  143  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2092  isopropylmalate isomerase small subunit  38.22 
 
 		 200 aa  143  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  41.8 
 
 		 200 aa  143  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  39.62 
 
 		 216 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  40.4 
 
 		 201 aa  143  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  39.42 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3888  isopropylmalate isomerase small subunit  38.46 
 
 		 193 aa  142  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0014  isopropylmalate isomerase small subunit  38.22 
 
 		 200 aa  142  3e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  41.8 
 
 		 200 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  40.91 
 
 		 201 aa  142  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1456  isopropylmalate isomerase small subunit  38.46 
 
 		 193 aa  142  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  41.8 
 
 		 200 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1494  isopropylmalate isomerase small subunit  37.77 
 
 		 193 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3281  isopropylmalate isomerase small subunit  41.62 
 
 		 207 aa  142  6e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.186191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 		 200 aa  141  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1314  isopropylmalate isomerase small subunit  37.77 
 
 		 193 aa  141  7e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1287  isopropylmalate isomerase small subunit  37.91 
 
 		 193 aa  141  7e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1423  isopropylmalate isomerase small subunit  37.77 
 
 		 193 aa  141  7e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  40.21 
 
 		 201 aa  141  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  39.06 
 
 		 200 aa  140  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1960  isopropylmalate isomerase small subunit  43.01 
 
 		 204 aa  140  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  40.91 
 
 		 201 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  41.75 
 
 		 201 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43.3 
 
 		 195 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.33 
 
 		 195 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  37.56 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1523  isopropylmalate isomerase small subunit  37.91 
 
 		 193 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  39.81 
 
 		 240 aa  139  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1726  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  38.38 
 
 		 195 aa  139  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  38.46 
 
 		 214 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1562  isopropylmalate isomerase small subunit  37.91 
 
 		 193 aa  138  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>