More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1939 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1939  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 
200 aa  395  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.24 
 
 
216 aa  204  6e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  50.48 
 
 
213 aa  198  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 
201 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
201 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
201 aa  197  7.999999999999999e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  52 
 
 
201 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51 
 
 
201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
201 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  49.52 
 
 
214 aa  196  3e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 
201 aa  194  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 
201 aa  194  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 
201 aa  192  2e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  47.5 
 
 
201 aa  192  3e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  49.5 
 
 
201 aa  192  4e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  51.27 
 
 
200 aa  191  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.25 
 
 
201 aa  191  7e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 
201 aa  190  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.74 
 
 
207 aa  189  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  50 
 
 
201 aa  189  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.5 
 
 
201 aa  188  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3281  isopropylmalate isomerase small subunit  50.25 
 
 
207 aa  187  9e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.186191  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  47.5 
 
 
201 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.89 
 
 
212 aa  186  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  47.5 
 
 
201 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  47.44 
 
 
215 aa  185  3e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  48 
 
 
209 aa  185  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 
216 aa  185  4e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2260  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  49.23 
 
 
198 aa  185  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  47.44 
 
 
215 aa  184  5e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  45.93 
 
 
214 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 
212 aa  184  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  46.5 
 
 
201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 
215 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  45.45 
 
 
214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
214 aa  182  3e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  50.75 
 
 
200 aa  182  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 
214 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1670  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.27 
 
 
204 aa  182  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00715412  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 
212 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 
211 aa  181  5.0000000000000004e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  47.14 
 
 
215 aa  181  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 
201 aa  181  6e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.71 
 
 
240 aa  181  6e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
215 aa  181  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 
218 aa  181  9.000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 
216 aa  180  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 
214 aa  180  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  48.5 
 
 
207 aa  179  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  47.5 
 
 
202 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 
200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  47.5 
 
 
202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.33 
 
 
216 aa  178  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  46.5 
 
 
201 aa  178  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4274  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 
212 aa  178  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123411  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  48.5 
 
 
200 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  44.02 
 
 
216 aa  177  7e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  46.41 
 
 
216 aa  177  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2315  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.85 
 
 
205 aa  177  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.566047  normal  0.0819697 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
213 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  46.5 
 
 
201 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  45.71 
 
 
214 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.71 
 
 
215 aa  177  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  45.71 
 
 
216 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  45.71 
 
 
216 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2801  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  50.77 
 
 
195 aa  176  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0658509  normal  0.244209 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  47.62 
 
 
215 aa  176  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  46.67 
 
 
217 aa  175  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
215 aa  175  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  44.98 
 
 
216 aa  174  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  46.31 
 
 
201 aa  174  7e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  44.98 
 
 
216 aa  174  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  48.74 
 
 
201 aa  174  8e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  45.71 
 
 
214 aa  174  9e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  46.89 
 
 
212 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  48.04 
 
 
201 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  45.24 
 
 
216 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  48.21 
 
 
201 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  46.31 
 
 
201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  47.14 
 
 
212 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  46.31 
 
 
201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  46.31 
 
 
201 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  45.71 
 
 
215 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2731  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.98 
 
 
212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.413417  normal  0.151931 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.76 
 
 
215 aa  172  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.29 
 
 
213 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
217 aa  171  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  48.24 
 
 
201 aa  171  9e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.447651 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  48.24 
 
 
201 aa  171  9e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 
201 aa  170  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1446  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.71 
 
 
215 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00452839  normal  0.703119 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1382  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.71 
 
 
215 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal  0.419844 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
212 aa  170  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  44.02 
 
 
216 aa  169  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.12 
 
 
195 aa  169  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  46.15 
 
 
200 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.5 
 
 
216 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5021  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.08 
 
 
214 aa  168  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.447275  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  45.64 
 
 
200 aa  168  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3568  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.63 
 
 
203 aa  168  4e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>