103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_124 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0115  ABC transporter, permease protein, putative  96.88 
 
 		 352 aa  682    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0254  ABC-2 type transporter  91.19 
 
 		 352 aa  652    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_124  ABC transporter, type 2, permease protein  100 
 
 		 352 aa  694    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0521  ABC-2 type transporter  39.94 
 
 		 352 aa  256  5e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.203171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0520  ABC-2 type transporter  25.36 
 
 		 349 aa  88.6  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0114  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.88 
 
 		 357 aa  70.5  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0255  ABC-2 type transporter  26.92 
 
 		 357 aa  68.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_701  ABC transporter, permease protein  24.13 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.222918  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0795  ABC transporter, permease protein  26.69 
 
 		 339 aa  62  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0125503  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_123  ABC transporter, type 2, substrate-binding protein  26.39 
 
 		 357 aa  62  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03710  ABC-2 type transporter  22.37 
 
 		 348 aa  60.8  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0721  ABC-2 type transporter  24.6 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00179914  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001402  ABC-type multidrug transport system permease component  27.16 
 
 		 366 aa  60.1  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3587  ABC transporter, permease protein, putative  26.14 
 
 		 375 aa  58.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_460  ABC-type transport system, permease component  26.21 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.185192  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0495  ABC-2 type transporter  25.75 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1131  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.315475  hitchhiker  0.00237195 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06359  hypothetical protein  27 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0585  ABC-2 type transporter  26.26 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000556211 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1326  ABC-2 type transporter  24.91 
 
 		 368 aa  54.7  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4063  ABC-2 type transporter  21.38 
 
 		 375 aa  54.3  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0613  ABC-2 type transporter  22.25 
 
 		 369 aa  53.9  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1518  ABC-2 type transporter  25.45 
 
 		 378 aa  52.8  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0910  ABC transporter permease  25.12 
 
 		 368 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4363  ABC-2 type transporter  25.34 
 
 		 367 aa  51.2  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2945  ABC-2 type transporter  27.98 
 
 		 378 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.485374  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0856  ABC-2 type transporter, permease protein  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00759  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0601  putative ABC-2 type transport system permease protein  21.58 
 
 		 347 aa  50.4  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0737  ABC-type multidrug transport system, permease component  31.43 
 
 		 377 aa  50.4  0.00005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00484474  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5055  ABC-2 type transporter  23.31 
 
 		 371 aa  50.4  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.863659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2815  ABC transporter, permease protein  26.64 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0846  ABC-2 type transporter, permease protein  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2903  ABC-2 type transporter  26.64 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.751562  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2851  ABC-2 type transporter  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0878  ABC-2 type transporter, permease protein  25.12 
 
 		 368 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0942  ABC-2 type transporter, permease  25.12 
 
 		 368 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0820172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0963  ABC-2 type transporter permease  25.12 
 
 		 368 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0850  ABC-2 type transporter, permease protein  25.12 
 
 		 368 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0939  ABC-2 type transporter, permease protein  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00776  hypothetical protein  25.12 
 
 		 368 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2514  ABC-2 type transporter  23.96 
 
 		 374 aa  50.4  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.936785  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0519  ABC transporter, permease protein, putative  25.25 
 
 		 365 aa  50.1  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.180275  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  22.3 
 
 		 370 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3574  ABC-2 type transporter  28.12 
 
 		 443 aa  50.1  0.00006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473143  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1419  hypothetical protein  28.79 
 
 		 369 aa  49.3  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.779934  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1548  ABC-2 type transporter  25.65 
 
 		 366 aa  49.3  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.299648  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0489  ABC-2 type transporter  23.53 
 
 		 429 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1265  ABC-type multidrug transport system, permease component  26.04 
 
 		 365 aa  48.5  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000431089  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1340  ABC-2 type transporter  24.42 
 
 		 378 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4064  ABC-2 type transporter  23.89 
 
 		 371 aa  48.1  0.0002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2671  ABC-2 type transporter  30.6 
 
 		 372 aa  48.5  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000231405  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1707  ABC transporter, permease protein, putative  23.67 
 
 		 373 aa  47.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1746  ABC efflux pump, inner membrane subunit  24.16 
 
 		 384 aa  47.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0249268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0348  multidrug ABC transporter permease component  24.16 
 
 		 384 aa  47.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3539  ABC-2 type transporter  23.63 
 
 		 369 aa  47.8  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2449  ABC-type multidrug transport system permease component  23.1 
 
 		 369 aa  47.8  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4663  ABC-2 type transporter  25.43 
 
 		 390 aa  47.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.000515456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0504  ABC-2 type transporter  26.49 
 
 		 368 aa  47.4  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0820778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0404  ABC transporter, permease protein  23.65 
 
 		 377 aa  47.4  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0092  transporter, putative  25.81 
 
 		 379 aa  47  0.0005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0602598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1248  ABC transporter, permease protein  23.95 
 
 		 382 aa  47  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0465  ABC transporter, permease protein  24.07 
 
 		 377 aa  47  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03700  ABC-2 type transporter  23.14 
 
 		 333 aa  47  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3638  ABC-2 type transporter  22.91 
 
 		 431 aa  46.6  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4162  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 384 aa  46.2  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80712  normal  0.28462 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1268  multidrug ABC transporter permease component  25.36 
 
 		 372 aa  46.2  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0273495  normal  0.0243743 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3462  ABC-2 type transporter  22.91 
 
 		 429 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3689  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 384 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.093618  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1283  ABC-2 type transporter  24.77 
 
 		 368 aa  45.8  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1422  ABC-2 type transporter  23.61 
 
 		 373 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0873  ABC-2 type transporter  24.43 
 
 		 380 aa  45.8  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.344098 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3802  ABC-2 type transporter  32 
 
 		 235 aa  45.4  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.589167  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  27.04 
 
 		 375 aa  46.2  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  22.87 
 
 		 381 aa  44.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  24.46 
 
 		 381 aa  45.4  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1037  hypothetical protein  24.41 
 
 		 382 aa  45.4  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.209314  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0131  ABC-2 type transporter  25 
 
 		 378 aa  45.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.110874  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1589  ABC-2 type transporter  24.09 
 
 		 369 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548124  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2156  ABC transporter related  27.27 
 
 		 1106 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4088  hypothetical protein  23.05 
 
 		 435 aa  44.7  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1524  ABC-2 type transporter  24.48 
 
 		 373 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0425  ABC-2 type transporter  25.26 
 
 		 366 aa  44.3  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0277  ABC-2 type transporter  21.56 
 
 		 380 aa  44.3  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2423  ABC-2 type transporter  27.84 
 
 		 366 aa  44.3  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0514426  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4575  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  23.57 
 
 		 370 aa  43.5  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.745541  normal  0.326628 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1515  ABC-2 type transporter  24.14 
 
 		 373 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2927  ABC-2 type transporter  23.73 
 
 		 378 aa  43.5  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1551  ABC-2 type transporter  24.14 
 
 		 373 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2831  ABC-2 type transporter  24.14 
 
 		 373 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.335891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5546  ABC-2 type transporter  22.37 
 
 		 235 aa  43.1  0.007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000580029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1269  multidrug ABC transporter permease component  22.51 
 
 		 389 aa  42.7  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0236284  normal  0.0534093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1017  ABC-2 type transporter  25.36 
 
 		 372 aa  43.1  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2573  ABC-2 type transporter  22.92 
 
 		 373 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2640  ABC-2 type transporter  22.92 
 
 		 373 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2748  ABC-2 type transporter  22.92 
 
 		 373 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2155  ABC-2 type transporter  30.32 
 
 		 435 aa  42.7  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>