More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2527 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2527  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 292 aa  591  1e-168  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.464027  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1370  porphobilinogen deaminase  60.99 
 
 		 295 aa  345  4e-94  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1277  porphobilinogen deaminase  57.49 
 
 		 293 aa  329  4e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000211617  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1786  porphobilinogen deaminase  52.05 
 
 		 301 aa  311  1e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000138949  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  44.11 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  42.23 
 
 		 351 aa  229  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  42.27 
 
 		 312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  42.41 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  43.1 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2377  porphobilinogen deaminase  40.14 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  42.3 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  43.2 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  42.11 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2890  porphobilinogen deaminase  40.14 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  42.23 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  41.75 
 
 		 313 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  40.21 
 
 		 314 aa  215  5.9999999999999996e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  41.81 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  41.64 
 
 		 313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  40.54 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  41.91 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  40.74 
 
 		 317 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  40.21 
 
 		 310 aa  212  4.9999999999999996e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  42.23 
 
 		 317 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0318  porphobilinogen deaminase  43.87 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  41.91 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  41.02 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  41.02 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  41.02 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3063  porphobilinogen deaminase  39.66 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  39.59 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  41.58 
 
 		 313 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  40.79 
 
 		 313 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  41.69 
 
 		 310 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  40.6 
 
 		 311 aa  208  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  41.69 
 
 		 310 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  41.69 
 
 		 310 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  40.68 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  43.17 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  41.69 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  43.17 
 
 		 313 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1374  porphobilinogen deaminase  40.83 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212718  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  40.47 
 
 		 322 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  40.69 
 
 		 326 aa  207  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  40.61 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  42.37 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  41.25 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1838  porphobilinogen deaminase  40.55 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  41.16 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  41.03 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  41.67 
 
 		 316 aa  206  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1437  porphobilinogen deaminase  40.94 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  42.28 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3202  porphobilinogen deaminase  39.31 
 
 		 309 aa  205  6e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  39.1 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  39.39 
 
 		 313 aa  205  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05591  porphobilinogen deaminase  40.86 
 
 		 316 aa  205  7e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1999  porphobilinogen deaminase  39.12 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  decreased coverage  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  38.8 
 
 		 334 aa  205  8e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  40.82 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  41.35 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05521  porphobilinogen deaminase  40.14 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.132832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  41.24 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2898  porphobilinogen deaminase  42.44 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.101786  normal  0.0803505 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3300  porphobilinogen deaminase  42.44 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.999911  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  40.4 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0496  porphobilinogen deaminase  39.87 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1715  porphobilinogen deaminase  40.75 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  41.55 
 
 		 308 aa  203  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  40 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  37.59 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3664  porphobilinogen deaminase  43.27 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2232  porphobilinogen deaminase  41.51 
 
 		 312 aa  202  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.495959  normal  0.0113482 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0035  porphobilinogen deaminase  41.16 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0685  hydroxymethylbilane synthase  40.68 
 
 		 306 aa  202  7e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.161676  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  41.3 
 
 		 320 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6800  porphobilinogen deaminase  40.07 
 
 		 320 aa  201  9e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.25436 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  41.1 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  41.1 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05221  porphobilinogen deaminase  39.66 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  41.1 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  41.1 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  41.1 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3090  porphobilinogen deaminase  42.28 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2284  porphobilinogen deaminase  43.7 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0359  porphobilinogen deaminase  39.06 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0730  porphobilinogen deaminase  43.7 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1229  porphobilinogen deaminase  43.7 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1363  porphobilinogen deaminase  39.86 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2429  porphobilinogen deaminase  43.54 
 
 		 334 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.237637 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1077  porphobilinogen deaminase  43.7 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  40.34 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3000  porphobilinogen deaminase  43.7 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1460  porphobilinogen deaminase  39.86 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1597  porphobilinogen deaminase  43.7 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.588858  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1813  porphobilinogen deaminase  43.54 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.57316  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1071  porphobilinogen deaminase  43.7 
 
 		 329 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2425  porphobilinogen deaminase  43.54 
 
 		 403 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>