More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1370 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1370  porphobilinogen deaminase  100 
 
 		 295 aa  599  1e-170  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2527  porphobilinogen deaminase  60.99 
 
 		 292 aa  345  4e-94  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.464027  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1277  porphobilinogen deaminase  57.43 
 
 		 293 aa  331  8e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000211617  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1786  porphobilinogen deaminase  55.78 
 
 		 301 aa  326  3e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000138949  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002106  porphobilinogen deaminase  42.91 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.632133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00314  porphobilinogen deaminase  43.24 
 
 		 312 aa  229  4e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0220b  porphobilinogen deaminase  42.91 
 
 		 311 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.824174  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3254  porphobilinogen deaminase  42.42 
 
 		 326 aa  228  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.290134 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2398  porphobilinogen deaminase  42.47 
 
 		 317 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0564467  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0318  porphobilinogen deaminase  41.08 
 
 		 317 aa  226  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0483  porphobilinogen deaminase  41.75 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4313  porphobilinogen deaminase  42.23 
 
 		 310 aa  222  7e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0388  porphobilinogen deaminase  41.61 
 
 		 315 aa  221  8e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.895145  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4133  porphobilinogen deaminase  41.08 
 
 		 309 aa  221  8e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0440  porphobilinogen deaminase  41.75 
 
 		 309 aa  221  8e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0373  porphobilinogen deaminase  41.08 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03680  porphobilinogen deaminase  42.42 
 
 		 313 aa  219  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184348  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4174  porphobilinogen deaminase  42.42 
 
 		 320 aa  220  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.31528  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4170  porphobilinogen deaminase  42.42 
 
 		 318 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.473943 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0690  porphobilinogen deaminase  42.76 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4025  porphobilinogen deaminase  42.42 
 
 		 320 aa  220  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0228  porphobilinogen deaminase  41.03 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4202  porphobilinogen deaminase  42.42 
 
 		 320 aa  220  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0530592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03629  hypothetical protein  42.42 
 
 		 313 aa  219  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.193331  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4016  porphobilinogen deaminase  41.61 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.602391  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0388  porphobilinogen deaminase  41.89 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.571998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3638  porphobilinogen deaminase  41.89 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.51216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0386  porphobilinogen deaminase  41.89 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00551577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3587  porphobilinogen deaminase  41.89 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0179  porphobilinogen deaminase  41.78 
 
 		 322 aa  219  5e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00121296  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5243  porphobilinogen deaminase  42.09 
 
 		 318 aa  219  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0536  porphobilinogen deaminase  41.28 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4264  porphobilinogen deaminase  42.09 
 
 		 320 aa  219  6e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3980  porphobilinogen deaminase  42.09 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0198  porphobilinogen deaminase  41.28 
 
 		 313 aa  219  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00764984  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2161  porphobilinogen deaminase  39.4 
 
 		 319 aa  218  7e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4094  porphobilinogen deaminase  41.89 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3642  porphobilinogen deaminase  41.55 
 
 		 310 aa  218  7e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3060  porphobilinogen deaminase  41.52 
 
 		 351 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4171  porphobilinogen deaminase  41.75 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00534991  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3978  porphobilinogen deaminase  41.55 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4320  porphobilinogen deaminase  41.75 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.365174  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3901  porphobilinogen deaminase  41.55 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4000  porphobilinogen deaminase  41.55 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.799289  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2749  porphobilinogen deaminase  42.76 
 
 		 334 aa  216  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2568  porphobilinogen deaminase  41.44 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0824843 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0208  porphobilinogen deaminase  40.26 
 
 		 320 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.492293 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2032  porphobilinogen deaminase  41.41 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.759518 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2007  porphobilinogen deaminase  41.41 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4621  porphobilinogen deaminase  42.91 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0256  porphobilinogen deaminase  40.94 
 
 		 313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0737  hydroxymethylbilane synthase  40.27 
 
 		 314 aa  212  4.9999999999999996e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4968  porphobilinogen deaminase  40.8 
 
 		 322 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0280  porphobilinogen deaminase  40.94 
 
 		 312 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0496  porphobilinogen deaminase  39.86 
 
 		 316 aa  211  9e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3548  porphobilinogen deaminase  41.1 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0062  porphobilinogen deaminase  39.93 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0029  Hydroxymethylbilane synthase  41.98 
 
 		 316 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.943678  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0211  porphobilinogen deaminase  40.2 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.204763  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0128  porphobilinogen deaminase  39.93 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6006  porphobilinogen deaminase  40.6 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.254392  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3987  porphobilinogen deaminase  40.4 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.293614  normal  0.143088 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0700  porphobilinogen deaminase  44.75 
 
 		 334 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3667  hydroxymethylbilane synthase  41.84 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135779  normal  0.514748 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2377  porphobilinogen deaminase  41.81 
 
 		 310 aa  209  6e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69450  porphobilinogen deaminase  40.94 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4220  porphobilinogen deaminase  39.73 
 
 		 320 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.782422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4268  porphobilinogen deaminase  39.73 
 
 		 318 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4166  porphobilinogen deaminase  39.73 
 
 		 320 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000281942  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3591  porphobilinogen deaminase  40.88 
 
 		 326 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0178  porphobilinogen deaminase  39.93 
 
 		 313 aa  208  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0266595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2890  porphobilinogen deaminase  41.81 
 
 		 320 aa  208  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4327  porphobilinogen deaminase  39.73 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0074  porphobilinogen deaminase  39.6 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4774  porphobilinogen deaminase  39.93 
 
 		 336 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05521  porphobilinogen deaminase  39.53 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.132832  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4151  porphobilinogen deaminase  39.73 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0487  porphobilinogen deaminase  44.4 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3664  porphobilinogen deaminase  40.69 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05221  porphobilinogen deaminase  39.19 
 
 		 316 aa  205  6e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3090  porphobilinogen deaminase  39.74 
 
 		 331 aa  205  8e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0186  porphobilinogen deaminase  42.48 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5487  porphobilinogen deaminase  39.53 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0208  porphobilinogen deaminase  42.48 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3674  porphobilinogen deaminase  39.8 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04951  porphobilinogen deaminase  38.26 
 
 		 316 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.334606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0967  porphobilinogen deaminase  40.55 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.219304  normal  0.534039 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5131  porphobilinogen deaminase  40.34 
 
 		 322 aa  203  3e-51  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04137  porphobilinogen deaminase  40.47 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.870517  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0502  porphobilinogen deaminase  39.86 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1374  porphobilinogen deaminase  44.44 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212718  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1715  porphobilinogen deaminase  41.85 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1999  porphobilinogen deaminase  42.52 
 
 		 318 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  decreased coverage  0.0000671123 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47600  porphobilinogen deaminase  40.33 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00150  porphobilinogen deaminase  37.58 
 
 		 312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.413704  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0061  porphobilinogen deaminase  38.05 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2030  porphobilinogen deaminase  41.18 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.550332  normal  0.807952 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0764  porphobilinogen deaminase  46.4 
 
 		 322 aa  198  7e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000120999 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0012  porphobilinogen deaminase  38.93 
 
 		 315 aa  198  7.999999999999999e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.625024 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05591  porphobilinogen deaminase  37.95 
 
 		 316 aa  198  9e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>