More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0558 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0558  response regulator receiver protein  100 
 
 
366 aa  752    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000515131  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2838  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
860 aa  103  6e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.88 
 
 
1005 aa  92.8  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 
835 aa  92  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.47 
 
 
1333 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.26 
 
 
1691 aa  91.7  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
1407 aa  90.9  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1614  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 
873 aa  89.7  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.499982  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3099  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.72 
 
 
918 aa  89.7  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.528607  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3180  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.72 
 
 
918 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.359202 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3164  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.72 
 
 
918 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0703153 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3117  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.72 
 
 
918 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.306406  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  26.61 
 
 
1560 aa  89.4  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3278  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.72 
 
 
918 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.225719 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2784  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.14 
 
 
1222 aa  89.4  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0520121 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02631  hybrid sensory histidine kinase, in two-component regulatory system with UvrY  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228632  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0902  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.594186  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02593  hypothetical protein  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.252422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2930  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577629  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4046  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0239535  normal  0.782421 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2924  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.301465  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3090  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000398111  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3087  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000144797  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0926  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.69 
 
 
918 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0352487  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  40.77 
 
 
1653 aa  87.4  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
1193 aa  86.7  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 
643 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  28.7 
 
 
1214 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4173  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 
643 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  27.14 
 
 
932 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.57 
 
 
1692 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0987  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 
846 aa  83.2  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.594505  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3496  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 
643 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.43 
 
 
957 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  32.52 
 
 
727 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.27 
 
 
1165 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3872  PAS  33.61 
 
 
853 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3238  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.67 
 
 
918 aa  80.9  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.943664  normal  0.0194611 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
1110 aa  81.3  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000219546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2646  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.64 
 
 
1163 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.898724 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3744  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
643 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.31 
 
 
1045 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.51 
 
 
1611 aa  79.7  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.66 
 
 
763 aa  79.3  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 
781 aa  79  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2694  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
1118 aa  78.6  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  29.13 
 
 
929 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1437  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
785 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  30.17 
 
 
755 aa  78.2  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.82 
 
 
932 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 
1040 aa  78.2  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3761  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1155 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.358181  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2002  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1155 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00831305 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4211  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 
633 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79688  normal  0.233659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
1119 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2370  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 
899 aa  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.382891  normal  0.337313 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2520  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.77 
 
 
929 aa  77.4  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.314221  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2941  putative PAS/PAC sensor protein  35.04 
 
 
1169 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.725686  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.64 
 
 
817 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0057  histidine kinase  34.11 
 
 
588 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000185994 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  27.45 
 
 
968 aa  77  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2241  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.93 
 
 
956 aa  77  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87793  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  32 
 
 
647 aa  77  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2142  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1149 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.694825  hitchhiker  0.00121197 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1155 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2468  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 
631 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.633599  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 
1363 aa  76.6  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2587  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
1158 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1497  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.88 
 
 
880 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0393  histidine kinase  36.97 
 
 
1200 aa  76.6  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.564913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 
899 aa  76.6  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.618287  normal  0.57938 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2525  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
785 aa  76.6  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.985854  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.33 
 
 
927 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
865 aa  76.3  0.0000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1639  histidine kinase  31.58 
 
 
676 aa  76.3  0.0000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576569  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
1713 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1704  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
1168 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.19 
 
 
921 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  32.81 
 
 
955 aa  75.9  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000914767  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5346  PAS  24.17 
 
 
1060 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  35.54 
 
 
785 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0844  PAS/histidine kinase/ATPase domain-containing protein  34.71 
 
 
669 aa  75.5  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.644717  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1187  two component system histidine kinase  34.71 
 
 
683 aa  75.5  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.572633  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.71 
 
 
1240 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1381  Signal transduction histidine kinase-like protein  38.71 
 
 
1468 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.770562  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 
1275 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  34.78 
 
 
1028 aa  75.1  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  36.75 
 
 
772 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1062  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.74 
 
 
695 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4809  response regulator receiver protein  34.48 
 
 
134 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1911  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
787 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0413731  normal  0.503462 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1073  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.35 
 
 
1158 aa  75.1  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00830683  normal  0.406928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  35.54 
 
 
785 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1135  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
1142 aa  74.7  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0522922  normal  0.044499 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2712  sensor histidine kinase/response regulator  35.88 
 
 
1170 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  27.8 
 
 
1763 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2257  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
1162 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3852  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.59 
 
 
879 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0452097  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  35.54 
 
 
785 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
1326 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.129878 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>