More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0052 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009475  BBta_p0052  general L-amino acid-binding periplasmic protein  100 
 
 		 339 aa  695    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4430  extracellular solute-binding protein  54.57 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395198  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1705  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  45.62 
 
 		 340 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.402619 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003418  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  42.48 
 
 		 342 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.49248  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02361  hypothetical protein  42.48 
 
 		 350 aa  273  3e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4484  extracellular solute-binding protein  46.65 
 
 		 335 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3923  putative amino-acid ABC transporter, substrate-binding protein  43.53 
 
 		 338 aa  269  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1760  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.31 
 
 		 341 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2549  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  42.48 
 
 		 350 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216585  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1072  extracellular solute-binding protein  40.88 
 
 		 342 aa  268  8e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1406  extracellular solute-binding protein  43.45 
 
 		 339 aa  268  8.999999999999999e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2324  extracellular solute-binding protein  43.32 
 
 		 344 aa  268  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2625  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 		 347 aa  268  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2984  extracellular solute-binding protein  44.71 
 
 		 367 aa  267  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47136 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1563  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.01 
 
 		 341 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.519908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2946  extracellular solute-binding protein family 3  45.89 
 
 		 344 aa  266  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0948  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.37 
 
 		 339 aa  264  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0890  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.37 
 
 		 339 aa  264  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6377  extracellular solute-binding protein family 3  42.04 
 
 		 337 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2071  extracellular solute-binding protein  41.69 
 
 		 344 aa  265  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0757625  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2558  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  42.18 
 
 		 338 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0975  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.41 
 
 		 342 aa  264  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0561977  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7860  extracellular solute-binding protein family 3  40.3 
 
 		 341 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1255  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.29 
 
 		 342 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2057  general L-amino acid-binding periplasmic protein precursor  42.09 
 
 		 342 aa  263  3e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1004  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  41.61 
 
 		 340 aa  263  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.670148  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2557  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.4 
 
 		 343 aa  262  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.584097  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1529  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 		 346 aa  261  8.999999999999999e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.202985 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2551  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  43.49 
 
 		 341 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1108  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40 
 
 		 341 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.417319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1602  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.74 
 
 		 336 aa  259  5.0000000000000005e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.499841  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_004310  BR0741  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.4 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0736  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.4 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0973  extracellular solute-binding protein  40.47 
 
 		 343 aa  258  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.846042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3560  extracellular solute-binding protein  39.71 
 
 		 342 aa  258  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.801082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1297  general amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.18 
 
 		 342 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0904  extracellular solute-binding protein  41.49 
 
 		 342 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.700259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2579  extracellular solute-binding protein  43.75 
 
 		 336 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.171917  normal  0.200935 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5870  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.59 
 
 		 340 aa  256  3e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.297557 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4428  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 		 342 aa  255  7e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.78571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2832  extracellular solute-binding protein family 3  39.83 
 
 		 353 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2818  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  41.01 
 
 		 337 aa  255  8e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4552  extracellular solute-binding protein  40.37 
 
 		 342 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2822  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  40.62 
 
 		 337 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3606  extracellular solute-binding protein  43.22 
 
 		 345 aa  253  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020858 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14100  putative amino acid-binding protein  41.19 
 
 		 341 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.111954  normal  0.0628834 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0229  extracellular solute-binding protein family 3  40.54 
 
 		 341 aa  252  7e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3652  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.62 
 
 		 341 aa  252  8.000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3707  extracellular solute-binding protein  40.3 
 
 		 341 aa  250  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.371845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4587  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.62 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2912  extracellular solute-binding protein  42.19 
 
 		 337 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.392971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3563  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.62 
 
 		 341 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3462  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.62 
 
 		 341 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117773  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3754  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.62 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.248765  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0438  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 		 341 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.503691 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2136  extracellular solute-binding protein  41.9 
 
 		 339 aa  250  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204406 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0233  extracellular solute-binding protein family 3  40.24 
 
 		 341 aa  248  8e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3857  extracellular solute-binding protein family 3  40.84 
 
 		 343 aa  246  4e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.164094  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3701  extracellular solute-binding protein family 3  40.54 
 
 		 343 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4546  extracellular solute-binding protein  40.48 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.922143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2503  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.47 
 
 		 338 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0120  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1113  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  38.21 
 
 		 340 aa  241  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03126  predicted amino-acid transporter subunit  41.31 
 
 		 305 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03077  hypothetical protein  41.31 
 
 		 305 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0793  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  39.56 
 
 		 341 aa  240  2.9999999999999997e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4094  extracellular solute-binding protein  38.76 
 
 		 339 aa  239  4e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0267267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1253  putative amino acid-binding protein  40.25 
 
 		 341 aa  238  8e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0393  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.18 
 
 		 338 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0323019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3988  extracellular solute-binding protein family 3  39.56 
 
 		 350 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1747  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, periplasmic substrate-binding protein  39.88 
 
 		 338 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.913718  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4005  extracellular solute-binding protein  41.93 
 
 		 389 aa  236  3e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4179  extracellular solute-binding protein family 3  39.25 
 
 		 350 aa  236  4e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0338  extracellular solute-binding protein family 3  39.57 
 
 		 389 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000810551  normal  0.021176 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0439  extracellular solute-binding protein  40.71 
 
 		 364 aa  233  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1640  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 337 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.521048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0627  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  37.69 
 
 		 338 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.452411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1454  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 		 389 aa  230  2e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.758875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3587  extracellular solute-binding protein  39.03 
 
 		 345 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0949603 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0715  extracellular solute-binding protein family 3  40.06 
 
 		 362 aa  229  4e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.337122 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14271  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 353 aa  228  8e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0614  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 353 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.11305  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0246  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 		 359 aa  227  2e-58  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12321  ABC transporter for amino acids, substrate binding protein  37.18 
 
 		 349 aa  228  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0921639  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4667  extracellular solute-binding protein family 3  39.23 
 
 		 364 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.144935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2051  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1168  extracellular solute-binding protein  36.93 
 
 		 349 aa  223  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1998  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4393  extracellular solute-binding protein  39.42 
 
 		 341 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2415  extracellular solute-binding protein  39.69 
 
 		 365 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.19296 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0740  extracellular solute-binding protein  36.9 
 
 		 356 aa  220  3e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4673  extracellular solute-binding protein  37.66 
 
 		 341 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.562067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1809  extracellular solute-binding protein  35.52 
 
 		 353 aa  215  7e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0318  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transporter  39.17 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.762797 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12151  ABC transporter for amino acids, substrate binding protein  35.07 
 
 		 349 aa  212  7e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4382  extracellular solute-binding protein  37.99 
 
 		 341 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.98504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0705  general L-amino acid-binding periplasmic protein  35.71 
 
 		 345 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2522  family 1 extracellular solute-binding protein  36.75 
 
 		 355 aa  211  2e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3679  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 		 345 aa  209  6e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0779  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 		 350 aa  209  7e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>