More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9608 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9608  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  100 
 
 		 420 aa  864    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.793955  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3218  2-isopropylmalate synthase  28.14 
 
 		 507 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0859  2-isopropylmalate synthase  26.2 
 
 		 515 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1190  2-isopropylmalate synthase  26.85 
 
 		 503 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  29.18 
 
 		 525 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0014  pyruvate carboxyltransferase  27.16 
 
 		 398 aa  116  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2593  2-isopropylmalate synthase  24.82 
 
 		 515 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0190  pyruvate carboxyltransferase  27.71 
 
 		 393 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1743  2-isopropylmalate synthase  27.43 
 
 		 510 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.461114  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1485  2-isopropylmalate synthase  27.76 
 
 		 524 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.221108 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  27.11 
 
 		 509 aa  109  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1459  2-isopropylmalate synthase  26.26 
 
 		 511 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.281807 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  26.92 
 
 		 376 aa  107  3e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0903  2-isopropylmalate synthase  28.3 
 
 		 513 aa  106  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3715  2-isopropylmalate synthase  25.95 
 
 		 516 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000112658  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0595  2-isopropylmalate synthase  26.43 
 
 		 532 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000207046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  25.19 
 
 		 517 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  26.81 
 
 		 507 aa  104  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1609  2-isopropylmalate synthase  27 
 
 		 508 aa  103  4e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.192076  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0285  2-isopropylmalate synthase  25.56 
 
 		 505 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2777  2-isopropylmalate synthase  24.38 
 
 		 511 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  27.18 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1791  2-isopropylmalate synthase  26.17 
 
 		 514 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265436 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0596  2-isopropylmalate synthase  26.02 
 
 		 532 aa  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  24.67 
 
 		 393 aa  101  2e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1265  2-isopropylmalate synthase  25.45 
 
 		 512 aa  101  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000029461  decreased coverage  0.00000000000565514 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1598  2-isopropylmalate synthase  24.94 
 
 		 529 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.292541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3330  2-isopropylmalate synthase  25.38 
 
 		 524 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3741  2-isopropylmalate synthase  22.85 
 
 		 386 aa  101  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  25.61 
 
 		 503 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2742  2-isopropylmalate synthase  26.79 
 
 		 515 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2516  2-isopropylmalate synthase  25.98 
 
 		 511 aa  100  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2041  2-isopropylmalate synthase  28.09 
 
 		 511 aa  100  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2032  2-isopropylmalate synthase  25.07 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1703  trans-homoaconitate synthase  27.89 
 
 		 381 aa  100  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  25.06 
 
 		 380 aa  100  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  25.66 
 
 		 386 aa  100  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3171  2-isopropylmalate synthase  24.18 
 
 		 505 aa  100  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1938  trans-homoaconitate synthase  26.93 
 
 		 383 aa  99.8  7e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00360416  unclonable  0.0000000147263 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2918  2-isopropylmalate synthase  23.61 
 
 		 407 aa  99.8  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.447422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1005  2-isopropylmalate synthase  23.6 
 
 		 529 aa  99.8  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3235  2-isopropylmalate synthase  25.5 
 
 		 521 aa  99.8  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2259  2-isopropylmalate synthase  25.13 
 
 		 524 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.044795  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2330  2-isopropylmalate synthase  23.36 
 
 		 529 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0588  (R)-citramalate synthase  27.4 
 
 		 516 aa  99  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.404702  normal  0.8161 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1499  2-isopropylmalate synthase  26.53 
 
 		 515 aa  99.4  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5897  pyruvate carboxyltransferase  26.65 
 
 		 379 aa  99  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.277778  normal  0.176603 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  25.46 
 
 		 504 aa  98.2  2e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  28.87 
 
 		 503 aa  98.2  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  28.83 
 
 		 390 aa  98.2  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1229  homocitrate synthase  26.57 
 
 		 381 aa  97.8  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4071  homocitrate synthase  28.99 
 
 		 413 aa  97.4  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00164533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6044  2-isopropylmalate synthase  25.81 
 
 		 523 aa  97.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1329  2-isopropylmalate synthase  25.3 
 
 		 527 aa  97.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0739  2-isopropylmalate synthase  27.25 
 
 		 524 aa  97.1  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3071  2-isopropylmalate synthase  24.18 
 
 		 513 aa  96.7  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000941582 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3626  2-isopropylmalate synthase  24.71 
 
 		 512 aa  96.7  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0093  2-isopropylmalate synthase  26.13 
 
 		 521 aa  96.7  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  24.61 
 
 		 514 aa  96.3  9e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1721  2-isopropylmalate synthase  28.53 
 
 		 522 aa  95.9  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.455277 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0602  2-isopropylmalate synthase  28.15 
 
 		 522 aa  96.3  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0391  2-isopropylmalate synthase  26 
 
 		 509 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0953  2-isopropylmalate synthase  25.53 
 
 		 520 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  25.07 
 
 		 385 aa  95.9  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1906  2-isopropylmalate synthase  24.87 
 
 		 512 aa  95.5  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00355798  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  24.61 
 
 		 514 aa  95.1  2e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0832  2-isopropylmalate synthase  26.28 
 
 		 536 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2112  2-isopropylmalate synthase  24.87 
 
 		 524 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  28.44 
 
 		 509 aa  95.5  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  26.18 
 
 		 390 aa  95.1  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0740  2-isopropylmalate synthase  26.08 
 
 		 537 aa  95.1  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.33125  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0860  2-isopropylmalate synthase  26.28 
 
 		 536 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.872251 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1874  2-isopropylmalate synthase  26.61 
 
 		 522 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315845 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  23.82 
 
 		 383 aa  94.4  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0505  2-isopropylmalate synthase  24.48 
 
 		 515 aa  94.7  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_734  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthase  25.46 
 
 		 505 aa  94.7  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.368888  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3325  2-isopropylmalate synthase  25.76 
 
 		 519 aa  94.4  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  23.85 
 
 		 372 aa  94.4  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0596  2-isopropylmalate synthase  24.94 
 
 		 525 aa  94.4  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0711  (R)-citramalate synthase  25.68 
 
 		 485 aa  94  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0918  2-isopropylmalate synthase  24.63 
 
 		 513 aa  94  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.711845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3424  pyruvate carboxyltransferase  23.8 
 
 		 387 aa  94  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0602877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0385  2-isopropylmalate synthase  23.75 
 
 		 514 aa  94  5e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0388632  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0217  (R)-citramalate synthase  26.97 
 
 		 483 aa  94  5e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.172429  normal  0.053126 
 
 
-
 
NC_002936  DET0830  2-isopropylmalate synthase  25.46 
 
 		 505 aa  93.6  6e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.141095  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  23.97 
 
 		 378 aa  93.6  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1126  2-isopropylmalate synthase  26.17 
 
 		 536 aa  93.6  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1723  2-isopropylmalate synthase  24.07 
 
 		 409 aa  93.6  6e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1391  2-isopropylmalate synthase  25.2 
 
 		 511 aa  93.2  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2101  2-isopropylmalate synthase  24.63 
 
 		 513 aa  93.2  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0462257  normal  0.390804 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2072  2-isopropylmalate synthase  24.88 
 
 		 513 aa  93.2  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  23.9 
 
 		 514 aa  93.2  8e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2666  2-isopropylmalate synthase  25.07 
 
 		 521 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.390091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  24.23 
 
 		 377 aa  92.4  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2715  2-isopropylmalate synthase  25.5 
 
 		 520 aa  92.4  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2796  2-isopropylmalate synthase  25.06 
 
 		 520 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.731216 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3761  2-isopropylmalate synthase  25.95 
 
 		 522 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.211233 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4236  2-isopropylmalate synthase  25.95 
 
 		 522 aa  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0749  2-isopropylmalate synthase  25.33 
 
 		 505 aa  92  2e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2901  2-isopropylmalate synthase  23.92 
 
 		 520 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.162698 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>