More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2025 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2025  peptide deformylase  100 
 
 		 166 aa  344  3e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2070  peptide deformylase  61.54 
 
 		 164 aa  202  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1867  peptide deformylase  61.15 
 
 		 164 aa  190  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0630073  normal  0.10208 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1032  peptide deformylase  50.31 
 
 		 163 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.209609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0521  peptide deformylase  52.76 
 
 		 165 aa  165  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0628  peptide deformylase  49.38 
 
 		 168 aa  162  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.50576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2092  peptide deformylase  46.25 
 
 		 165 aa  151  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0454  peptide deformylase  50.64 
 
 		 164 aa  148  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3105  peptide deformylase  51.59 
 
 		 166 aa  140  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.402286  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6691  peptide deformylase  44.94 
 
 		 165 aa  134  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  38.46 
 
 		 175 aa  123  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  39.87 
 
 		 175 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  39.24 
 
 		 187 aa  122  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6172  peptide deformylase  42.96 
 
 		 165 aa  120  8e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  37.97 
 
 		 175 aa  120  9e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3949  peptide deformylase  39.24 
 
 		 176 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.806261  normal  0.501161 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  37.06 
 
 		 177 aa  119  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4424  peptide deformylase  42.48 
 
 		 171 aa  118  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.27842  normal  0.377454 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  36.65 
 
 		 172 aa  117  7e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  36.31 
 
 		 187 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  36.31 
 
 		 187 aa  115  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  35.71 
 
 		 175 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  35.98 
 
 		 168 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4570  peptide deformylase  36.6 
 
 		 173 aa  114  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  35.98 
 
 		 168 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  35.98 
 
 		 168 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  35.98 
 
 		 168 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  36.31 
 
 		 175 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  34.97 
 
 		 188 aa  114  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  36.94 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  36.77 
 
 		 175 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  37.58 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  37.58 
 
 		 171 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  38.31 
 
 		 171 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  34.84 
 
 		 175 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4317  peptide deformylase  39.87 
 
 		 176 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.063232  normal  0.241213 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0018  peptide deformylase  33.73 
 
 		 171 aa  110  7.000000000000001e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0372  peptide deformylase  34.59 
 
 		 169 aa  110  1.0000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  34.76 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  37.28 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  34.76 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  38.27 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  37.28 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  35.22 
 
 		 168 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  35.22 
 
 		 168 aa  108  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1174  peptide deformylase  34.84 
 
 		 162 aa  107  6e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.234676  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  34.86 
 
 		 193 aa  107  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  39.13 
 
 		 173 aa  107  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2840  peptide deformylase  36.75 
 
 		 170 aa  107  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  36.48 
 
 		 167 aa  105  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  35.5 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  36.77 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0049  peptide deformylase  36.91 
 
 		 178 aa  105  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.84969  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  38.75 
 
 		 178 aa  105  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  37.06 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3968  peptide deformylase  36.09 
 
 		 168 aa  104  5e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00347079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4054  peptide deformylase  35.5 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  36.97 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  35.33 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  34.59 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  35.29 
 
 		 177 aa  102  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  34.78 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  36.25 
 
 		 196 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2534  peptide deformylase  36.36 
 
 		 167 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271867  normal  0.93917 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  31.87 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0150  peptide deformylase  34.42 
 
 		 167 aa  101  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0346  peptide deformylase  34.36 
 
 		 179 aa  101  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0716574  normal  0.0241659 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  31.87 
 
 		 171 aa  101  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3456  polypeptide deformylase  35.12 
 
 		 169 aa  101  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  33.12 
 
 		 174 aa  101  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0874  formylmethionine deformylase  35.06 
 
 		 167 aa  101  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  35.98 
 
 		 174 aa  100  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  34.76 
 
 		 169 aa  100  8e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  34.97 
 
 		 171 aa  100  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  36.53 
 
 		 171 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  34.73 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2578  formylmethionine deformylase  34.18 
 
 		 165 aa  100  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0624462  hitchhiker  0.00000631642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  33.73 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  34.16 
 
 		 167 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  35.81 
 
 		 188 aa  99.4  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  35.8 
 
 		 178 aa  99.8  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0020  peptide deformylase  35.4 
 
 		 167 aa  99.8  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133709 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0019  polypeptide deformylase  35.4 
 
 		 167 aa  99.8  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  36.65 
 
 		 177 aa  99.4  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0392  peptide deformylase  31.58 
 
 		 186 aa  99.4  2e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  36.59 
 
 		 171 aa  99  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  33.33 
 
 		 167 aa  98.6  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4385  peptide deformylase  34.55 
 
 		 168 aa  97.8  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.699073  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  36.42 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  33.33 
 
 		 167 aa  97.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  37.72 
 
 		 170 aa  97.8  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  37.72 
 
 		 170 aa  97.8  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  33.33 
 
 		 181 aa  97.8  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  33.33 
 
 		 167 aa  97.4  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  34.81 
 
 		 177 aa  97.8  7e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  33.33 
 
 		 167 aa  97.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  33.33 
 
 		 167 aa  97.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0180  peptide deformylase  33.13 
 
 		 168 aa  97.4  8e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.155528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  32.52 
 
 		 182 aa  97.1  9e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  32.08 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>