More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0180 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0180  peptide deformylase  100 
 
 		 168 aa  340  4e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.155528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2578  formylmethionine deformylase  73.49 
 
 		 165 aa  248  3e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0624462  hitchhiker  0.00000631642 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0645  peptide deformylase  70.06 
 
 		 166 aa  242  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.732467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0874  formylmethionine deformylase  65.48 
 
 		 167 aa  229  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2534  peptide deformylase  65.48 
 
 		 167 aa  228  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271867  normal  0.93917 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0150  peptide deformylase  63.1 
 
 		 167 aa  225  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0468  formylmethionine deformylase  60.98 
 
 		 164 aa  202  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.855253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  46.24 
 
 		 174 aa  155  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  48.54 
 
 		 177 aa  154  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  45.03 
 
 		 177 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  45.03 
 
 		 177 aa  149  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  42.11 
 
 		 174 aa  140  9e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  40.24 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  40.35 
 
 		 175 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  40.24 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  43.53 
 
 		 173 aa  134  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  40.46 
 
 		 175 aa  133  9e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  40.94 
 
 		 175 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  41.42 
 
 		 172 aa  131  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  39.05 
 
 		 171 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  40.24 
 
 		 187 aa  128  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  37.43 
 
 		 175 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  41.42 
 
 		 171 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  39.02 
 
 		 168 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  39.05 
 
 		 174 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  39.02 
 
 		 168 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  40.24 
 
 		 175 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  39.53 
 
 		 196 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  38.32 
 
 		 168 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  39.87 
 
 		 169 aa  124  7e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  40.24 
 
 		 178 aa  123  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  38.92 
 
 		 168 aa  123  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  39.02 
 
 		 167 aa  123  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  39.05 
 
 		 175 aa  123  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  40.24 
 
 		 187 aa  122  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  40.12 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  38.92 
 
 		 168 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  38.92 
 
 		 168 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3350  peptide deformylase  41.32 
 
 		 172 aa  122  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.954138  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  38.92 
 
 		 168 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  38.32 
 
 		 171 aa  121  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  38.51 
 
 		 177 aa  121  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  120  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  120  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  37.13 
 
 		 168 aa  120  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  38.92 
 
 		 168 aa  120  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  36.47 
 
 		 171 aa  120  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  36.52 
 
 		 193 aa  119  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  38.46 
 
 		 177 aa  120  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  37.13 
 
 		 168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  37.5 
 
 		 187 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  40.12 
 
 		 169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  37.5 
 
 		 187 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  39.26 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  36.53 
 
 		 168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  39.88 
 
 		 169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  35.88 
 
 		 171 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  36.9 
 
 		 175 aa  118  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  38.18 
 
 		 169 aa  118  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  38.79 
 
 		 184 aa  119  3e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  39.88 
 
 		 170 aa  119  3e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  41.46 
 
 		 177 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  39.39 
 
 		 167 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  40.48 
 
 		 178 aa  118  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  39.29 
 
 		 170 aa  118  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  117  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  117  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  38.18 
 
 		 184 aa  117  6e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  36.9 
 
 		 171 aa  117  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  37.2 
 
 		 181 aa  117  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  38.41 
 
 		 179 aa  117  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  35.58 
 
 		 167 aa  117  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  37.28 
 
 		 172 aa  117  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  37.21 
 
 		 167 aa  117  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0029  peptide deformylase  39.26 
 
 		 168 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.948652  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0027  peptide deformylase  39.26 
 
 		 168 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0851581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0035  peptide deformylase  39.26 
 
 		 168 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196537 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  38.41 
 
 		 179 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  38.41 
 
 		 179 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  38.41 
 
 		 216 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0309  peptide deformylase  35.58 
 
 		 167 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  42.01 
 
 		 173 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  39.88 
 
 		 167 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  38.41 
 
 		 179 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  39.26 
 
 		 170 aa  115  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  40.49 
 
 		 169 aa  115  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  36.2 
 
 		 167 aa  115  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0031  peptide deformylase  38.79 
 
 		 170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922598 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0628  peptide deformylase  39.63 
 
 		 168 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.50576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0032  peptide deformylase  38.79 
 
 		 170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0031  peptide deformylase  38.79 
 
 		 170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000164435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0027  peptide deformylase  38.79 
 
 		 170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0514  peptide deformylase  41.61 
 
 		 172 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.312606  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  39.02 
 
 		 169 aa  114  5e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  39.26 
 
 		 170 aa  114  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  39.26 
 
 		 170 aa  114  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>