More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0645 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0645  peptide deformylase  100 
 
 		 166 aa  337  4e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.732467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0874  formylmethionine deformylase  72.56 
 
 		 167 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2534  peptide deformylase  70.73 
 
 		 167 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271867  normal  0.93917 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0150  peptide deformylase  67.68 
 
 		 167 aa  245  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2578  formylmethionine deformylase  70.3 
 
 		 165 aa  242  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0624462  hitchhiker  0.00000631642 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0180  peptide deformylase  70.06 
 
 		 168 aa  242  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.155528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0468  formylmethionine deformylase  60.62 
 
 		 164 aa  199  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.855253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  47.59 
 
 		 177 aa  158  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  47.59 
 
 		 177 aa  158  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  48.5 
 
 		 177 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  43.9 
 
 		 174 aa  149  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  43.64 
 
 		 174 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  45.56 
 
 		 173 aa  144  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  43.45 
 
 		 171 aa  143  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  43.45 
 
 		 171 aa  143  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  41.92 
 
 		 187 aa  140  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  42.86 
 
 		 171 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  41.21 
 
 		 167 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  41.21 
 
 		 167 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  41.21 
 
 		 167 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  41.21 
 
 		 167 aa  137  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  41.21 
 
 		 167 aa  137  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  40 
 
 		 175 aa  137  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  40.61 
 
 		 181 aa  136  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  41.21 
 
 		 167 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  40 
 
 		 175 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  40 
 
 		 175 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  40.24 
 
 		 167 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  39.63 
 
 		 167 aa  134  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0309  peptide deformylase  39.63 
 
 		 167 aa  133  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  41.67 
 
 		 171 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  40 
 
 		 175 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  41.98 
 
 		 170 aa  131  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  40 
 
 		 167 aa  131  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  40 
 
 		 167 aa  131  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  40 
 
 		 196 aa  131  5e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  41.98 
 
 		 170 aa  131  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  40.61 
 
 		 179 aa  130  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  40 
 
 		 179 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  41.36 
 
 		 173 aa  130  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  43.75 
 
 		 177 aa  130  9e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  40 
 
 		 179 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  40 
 
 		 167 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  40 
 
 		 179 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  40 
 
 		 216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  38.32 
 
 		 174 aa  128  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  41.57 
 
 		 170 aa  129  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  41.88 
 
 		 168 aa  128  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  40.36 
 
 		 177 aa  128  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  40 
 
 		 169 aa  128  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  38.46 
 
 		 171 aa  127  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  40 
 
 		 171 aa  127  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  37.58 
 
 		 173 aa  127  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  40.12 
 
 		 175 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  40.61 
 
 		 167 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002057  peptide deformylase  42.42 
 
 		 172 aa  126  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  37.65 
 
 		 168 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  40.72 
 
 		 171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  38.01 
 
 		 175 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  41.57 
 
 		 169 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  37.95 
 
 		 168 aa  125  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  38.1 
 
 		 172 aa  125  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  41.21 
 
 		 169 aa  125  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  38.29 
 
 		 187 aa  125  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  38.96 
 
 		 169 aa  125  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  37.87 
 
 		 171 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  40.37 
 
 		 170 aa  125  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0078  peptide deformylase  38.79 
 
 		 167 aa  125  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  37.65 
 
 		 168 aa  124  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  37.35 
 
 		 168 aa  124  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  38.79 
 
 		 169 aa  124  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  40.12 
 
 		 173 aa  124  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  41.82 
 
 		 172 aa  124  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  40.62 
 
 		 168 aa  124  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  37.29 
 
 		 193 aa  124  8.000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  37.35 
 
 		 168 aa  123  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  38.18 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  36.14 
 
 		 168 aa  123  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3789  peptide deformylase  39.16 
 
 		 170 aa  122  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.156401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0394  peptide deformylase  38.55 
 
 		 191 aa  122  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  43.45 
 
 		 173 aa  122  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3968  peptide deformylase  38.55 
 
 		 170 aa  122  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  41.82 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0283  peptide deformylase  38.79 
 
 		 170 aa  122  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.01475 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  36.75 
 
 		 168 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  40.61 
 
 		 170 aa  121  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  39.52 
 
 		 177 aa  121  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  40.61 
 
 		 170 aa  121  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  40.61 
 
 		 170 aa  121  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  38.18 
 
 		 171 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  38.89 
 
 		 178 aa  120  7e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  40 
 
 		 170 aa  120  7e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  40 
 
 		 170 aa  120  7e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  37.28 
 
 		 170 aa  120  7e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  38.27 
 
 		 169 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3350  peptide deformylase  41.32 
 
 		 172 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.954138  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  36.69 
 
 		 170 aa  119  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1032  peptide deformylase  38.04 
 
 		 163 aa  119  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.209609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  37.58 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0142  peptide deformylase  39.38 
 
 		 173 aa  119  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00942793  normal  0.794986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>