More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3356 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  100 
 
 
171 aa  349  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  98.83 
 
 
171 aa  345  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  89.88 
 
 
169 aa  310  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  80.61 
 
 
168 aa  281  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  78.79 
 
 
167 aa  279  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  82.1 
 
 
167 aa  277  6e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  78.79 
 
 
167 aa  276  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  79.39 
 
 
181 aa  276  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  78.18 
 
 
167 aa  275  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  80 
 
 
168 aa  275  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  78.18 
 
 
167 aa  274  6e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  78.18 
 
 
167 aa  273  9e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  78.18 
 
 
167 aa  273  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  77.58 
 
 
216 aa  271  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  77.58 
 
 
179 aa  271  3e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  77.58 
 
 
167 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  77.58 
 
 
167 aa  271  4.0000000000000004e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  77.58 
 
 
179 aa  270  7e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  77.58 
 
 
179 aa  270  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  77.58 
 
 
179 aa  270  8.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  77.58 
 
 
167 aa  269  1e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0309  peptide deformylase  77.78 
 
 
167 aa  266  7e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  76.54 
 
 
167 aa  264  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  71.35 
 
 
171 aa  256  1e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  67.84 
 
 
171 aa  247  5e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  70.06 
 
 
169 aa  243  9.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0283  peptide deformylase  69.64 
 
 
170 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.01475 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  70.83 
 
 
167 aa  238  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  68.67 
 
 
171 aa  234  4e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  67.65 
 
 
177 aa  231  3e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  67.06 
 
 
173 aa  229  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  67.07 
 
 
170 aa  228  3e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  67.07 
 
 
170 aa  228  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0187  peptide deformylase  66.67 
 
 
167 aa  226  8e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  65.66 
 
 
173 aa  225  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  61.9 
 
 
168 aa  222  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  61.9 
 
 
168 aa  218  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  62.65 
 
 
169 aa  216  8.999999999999998e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  60.71 
 
 
168 aa  216  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  63.25 
 
 
173 aa  216  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  62.42 
 
 
168 aa  215  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0394  peptide deformylase  65.45 
 
 
191 aa  215  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  60.12 
 
 
168 aa  215  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  60.61 
 
 
168 aa  214  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  65.48 
 
 
167 aa  213  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  58.93 
 
 
168 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  61.21 
 
 
170 aa  213  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  61.82 
 
 
168 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  58.93 
 
 
168 aa  210  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  58.93 
 
 
168 aa  210  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  58.93 
 
 
168 aa  209  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  59.52 
 
 
172 aa  208  2e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0833  peptide deformylase  65.87 
 
 
170 aa  209  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  58.28 
 
 
176 aa  201  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  57.74 
 
 
169 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  61.96 
 
 
177 aa  198  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  60.49 
 
 
169 aa  198  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  59.39 
 
 
169 aa  197  7e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  58.02 
 
 
184 aa  197  7e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  57.14 
 
 
169 aa  196  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  196  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  195  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  195  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  195  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  195  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  58.79 
 
 
169 aa  195  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  195  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  195  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  58.79 
 
 
169 aa  194  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  58.18 
 
 
169 aa  193  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  56.17 
 
 
184 aa  193  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3718  peptide deformylase  57.58 
 
 
169 aa  193  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.042334  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  57.41 
 
 
170 aa  192  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  57.41 
 
 
170 aa  192  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  57.41 
 
 
170 aa  192  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  57.58 
 
 
169 aa  191  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3789  peptide deformylase  56.79 
 
 
170 aa  191  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.156401  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  58.33 
 
 
169 aa  189  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002057  peptide deformylase  56.97 
 
 
172 aa  189  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  56.97 
 
 
172 aa  189  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0195  peptide deformylase  64.29 
 
 
178 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  56.97 
 
 
178 aa  188  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0017  peptide deformylase  52.35 
 
 
181 aa  188  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.746118  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  55.76 
 
 
170 aa  187  5e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  57.58 
 
 
170 aa  187  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3968  peptide deformylase  55.56 
 
 
170 aa  187  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  57.06 
 
 
167 aa  186  9e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  53.94 
 
 
169 aa  184  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  54.17 
 
 
167 aa  184  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  51.52 
 
 
171 aa  184  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  53.01 
 
 
167 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0041  peptide deformylase  52.05 
 
 
170 aa  181  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0024  peptide deformylase  53.33 
 
 
170 aa  180  9.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0027  peptide deformylase  52.98 
 
 
168 aa  179  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0851581 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  56.21 
 
 
178 aa  179  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0035  peptide deformylase  52.98 
 
 
168 aa  179  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000196537 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>