More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3565 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  100 
 
 		 168 aa  338  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  86.31 
 
 		 168 aa  300  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  82.1 
 
 		 169 aa  276  9e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  80 
 
 		 171 aa  275  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  79.39 
 
 		 171 aa  273  9e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  74.7 
 
 		 179 aa  257  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  73.49 
 
 		 181 aa  258  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  73.49 
 
 		 167 aa  254  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  73.49 
 
 		 167 aa  254  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  73.49 
 
 		 216 aa  254  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  73.49 
 
 		 179 aa  254  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  74.07 
 
 		 167 aa  254  5e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  72.29 
 
 		 167 aa  254  6e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  71.69 
 
 		 167 aa  253  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  72.29 
 
 		 167 aa  253  8e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  73.49 
 
 		 167 aa  253  9e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  71.69 
 
 		 167 aa  253  9e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  73.49 
 
 		 179 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  73.49 
 
 		 179 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  71.69 
 
 		 167 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  71.69 
 
 		 167 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  71.6 
 
 		 167 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0309  peptide deformylase  71.6 
 
 		 167 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  67.27 
 
 		 171 aa  240  7e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  72.73 
 
 		 177 aa  238  2e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  70.91 
 
 		 167 aa  239  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  64.85 
 
 		 171 aa  233  7e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  66.87 
 
 		 169 aa  231  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0187  peptide deformylase  69.46 
 
 		 167 aa  228  3e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  67.88 
 
 		 173 aa  224  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  67.27 
 
 		 171 aa  224  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  66.87 
 
 		 170 aa  223  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  66.87 
 
 		 170 aa  223  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0283  peptide deformylase  65.45 
 
 		 170 aa  221  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.01475 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  62.87 
 
 		 168 aa  216  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  65.64 
 
 		 173 aa  216  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  63.03 
 
 		 169 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  61.68 
 
 		 168 aa  214  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  62.58 
 
 		 168 aa  211  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  60.48 
 
 		 168 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  59.88 
 
 		 168 aa  210  9e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  60.24 
 
 		 168 aa  210  9e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  61.96 
 
 		 168 aa  209  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  63.19 
 
 		 173 aa  209  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  60.49 
 
 		 170 aa  209  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  60.61 
 
 		 169 aa  208  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  59.28 
 
 		 168 aa  207  7e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  60.61 
 
 		 169 aa  206  1e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  59.28 
 
 		 168 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  63.64 
 
 		 167 aa  205  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0394  peptide deformylase  60.71 
 
 		 191 aa  205  3e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  59.28 
 
 		 168 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  59.88 
 
 		 176 aa  205  3e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  59.28 
 
 		 168 aa  204  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  61.96 
 
 		 177 aa  202  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  57.23 
 
 		 172 aa  199  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0833  peptide deformylase  65.64 
 
 		 170 aa  199  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  59.17 
 
 		 169 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  59.64 
 
 		 170 aa  195  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  60.49 
 
 		 169 aa  194  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  58.58 
 
 		 169 aa  193  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  58.58 
 
 		 169 aa  193  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  58.58 
 
 		 169 aa  193  7e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  58.58 
 
 		 169 aa  193  7e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  58.58 
 
 		 169 aa  193  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  58.58 
 
 		 169 aa  193  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  58.58 
 
 		 169 aa  193  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  59.88 
 
 		 169 aa  193  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  59.88 
 
 		 169 aa  193  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  59.88 
 
 		 169 aa  193  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  59.88 
 
 		 169 aa  193  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  59.88 
 
 		 169 aa  193  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  55.69 
 
 		 184 aa  192  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  57.99 
 
 		 169 aa  192  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  59.26 
 
 		 170 aa  192  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  57.99 
 
 		 169 aa  192  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  58.43 
 
 		 169 aa  192  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  59.26 
 
 		 170 aa  192  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  55.69 
 
 		 184 aa  192  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  59.26 
 
 		 170 aa  192  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  59.26 
 
 		 169 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0195  peptide deformylase  63.86 
 
 		 178 aa  191  4e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3718  peptide deformylase  57.4 
 
 		 169 aa  191  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.042334  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3789  peptide deformylase  58.02 
 
 		 170 aa  191  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.156401  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  56.29 
 
 		 178 aa  190  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  58.18 
 
 		 169 aa  188  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002057  peptide deformylase  58.64 
 
 		 172 aa  188  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  57.41 
 
 		 170 aa  187  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  57.49 
 
 		 178 aa  187  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  51.2 
 
 		 171 aa  186  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3968  peptide deformylase  56.79 
 
 		 170 aa  186  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0017  peptide deformylase  53.09 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.746118  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0075  peptide deformylase  58.71 
 
 		 169 aa  185  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  58.02 
 
 		 172 aa  184  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  54.55 
 
 		 167 aa  183  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  57.59 
 
 		 167 aa  182  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3585  peptide deformylase  53.01 
 
 		 170 aa  178  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0078  peptide deformylase  52.73 
 
 		 167 aa  177  5.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0041  peptide deformylase  54.32 
 
 		 170 aa  176  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  54.76 
 
 		 170 aa  176  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>