More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3968 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3968  peptide deformylase  100 
 
 		 168 aa  348  2e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00347079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4054  peptide deformylase  98.21 
 
 		 168 aa  342  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4385  peptide deformylase  73.21 
 
 		 168 aa  259  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.699073  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3456  polypeptide deformylase  71.6 
 
 		 169 aa  255  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3553  formylmethionine deformylase  69.05 
 
 		 168 aa  251  3e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0187724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3513  peptide deformylase  69.46 
 
 		 168 aa  249  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.145382  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0528  peptide deformylase  69.82 
 
 		 169 aa  246  8e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2534  polypeptide deformylase  55.76 
 
 		 167 aa  195  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0438  polypeptide deformylase  48.81 
 
 		 167 aa  167  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0600  peptide deformylase  48.81 
 
 		 167 aa  167  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2031  peptide deformylase  48.78 
 
 		 166 aa  162  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00573318  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3495  peptide deformylase  42.77 
 
 		 177 aa  149  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0019  polypeptide deformylase  42.26 
 
 		 167 aa  141  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0895  peptide deformylase  39.64 
 
 		 169 aa  141  4e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00298433  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0020  peptide deformylase  42.26 
 
 		 167 aa  141  4e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133709 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0147  peptide deformylase  41.98 
 
 		 170 aa  139  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.48044  normal  0.567274 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0725  peptide deformylase  43.98 
 
 		 185 aa  137  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  39.29 
 
 		 171 aa  137  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0514  peptide deformylase  44.1 
 
 		 172 aa  136  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.312606  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3305  peptide deformylase  44.65 
 
 		 172 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0514769  normal  0.598206 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3338  peptide deformylase  42.94 
 
 		 167 aa  135  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0762  peptide deformylase  43.37 
 
 		 185 aa  135  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100795  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  42.26 
 
 		 178 aa  135  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  40.88 
 
 		 175 aa  135  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0818  peptide deformylase  43.56 
 
 		 171 aa  134  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0768  peptide deformylase  42.77 
 
 		 185 aa  134  5e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0336972  normal  0.920717 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0492  peptide deformylase  39.02 
 
 		 164 aa  133  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0762  peptide deformylase  42.77 
 
 		 185 aa  133  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.458132  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  39.29 
 
 		 167 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  39.64 
 
 		 177 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  42.86 
 
 		 169 aa  131  5e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  43.45 
 
 		 177 aa  130  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  41.67 
 
 		 167 aa  130  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  39.66 
 
 		 193 aa  129  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0142  peptide deformylase  42.41 
 
 		 173 aa  129  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00942793  normal  0.794986 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0015  peptide deformylase  38.41 
 
 		 167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  40.48 
 
 		 178 aa  128  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0648  peptide deformylase  43.56 
 
 		 172 aa  129  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.69456e-25 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0897  peptide deformylase  44.81 
 
 		 155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0279496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  43.45 
 
 		 177 aa  127  6e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0634  peptide deformylase  42.94 
 
 		 172 aa  127  8.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00220243  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  40.72 
 
 		 177 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  40.72 
 
 		 177 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  39.41 
 
 		 175 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0857  peptide deformylase  42.33 
 
 		 154 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0129  polypeptide deformylase  42.94 
 
 		 182 aa  125  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  39.52 
 
 		 172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  38.1 
 
 		 169 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  38.82 
 
 		 175 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  37.87 
 
 		 174 aa  124  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3881  peptide deformylase  43.51 
 
 		 156 aa  124  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000146602 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  38.99 
 
 		 175 aa  123  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2519  peptide deformylase  43.51 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000745148  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  38.82 
 
 		 175 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  37.87 
 
 		 187 aa  123  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  38.46 
 
 		 171 aa  123  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  39.18 
 
 		 170 aa  123  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1319  peptide deformylase  37.43 
 
 		 182 aa  122  2e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  42.77 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  37.87 
 
 		 175 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  39.77 
 
 		 170 aa  122  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3910  peptide deformylase  42.86 
 
 		 156 aa  122  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3608  peptide deformylase  42.86 
 
 		 156 aa  122  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3626  peptide deformylase  42.86 
 
 		 156 aa  122  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0022378  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  122  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0542  peptide deformylase  41.51 
 
 		 176 aa  122  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3915  peptide deformylase  42.86 
 
 		 156 aa  122  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000407704  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  35.5 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  35.5 
 
 		 187 aa  121  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2314  peptide deformylase  39.24 
 
 		 164 aa  121  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.566498  hitchhiker  0.000541845 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  36.69 
 
 		 175 aa  121  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3718  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  121  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.042334  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0018  peptide deformylase  40.12 
 
 		 171 aa  121  5e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  38.92 
 
 		 177 aa  121  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  40.83 
 
 		 167 aa  121  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3216  peptide deformylase  41.57 
 
 		 166 aa  121  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0170058  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2233  peptide deformylase  40.24 
 
 		 173 aa  120  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1039  peptide deformylase  41.56 
 
 		 166 aa  120  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  37.5 
 
 		 169 aa  120  7e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  42.14 
 
 		 173 aa  120  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  39.05 
 
 		 171 aa  120  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  39.05 
 
 		 171 aa  120  9e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1501  peptide deformylase  38.75 
 
 		 174 aa  119  9.999999999999999e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.965854  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  35.5 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  40.83 
 
 		 167 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  36.31 
 
 		 170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  36.31 
 
 		 169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>