More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0369 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4375  peptide chain release factor 3  68.25 
 
 		 539 aa  733    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.607928  normal  0.322908 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4612  peptide chain release factor 3  89.56 
 
 		 527 aa  986    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472275  normal  0.461934 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1321  peptide chain release factor 3  75.34 
 
 		 525 aa  822    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1359  peptide chain release factor 3  73.69 
 
 		 525 aa  797    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1063  peptide chain release factor 3  76.31 
 
 		 525 aa  827    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438262  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0417  peptide chain release factor 3  62.14 
 
 		 527 aa  655    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317239 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4347  peptide chain release factor 3  89.75 
 
 		 527 aa  988    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433833  normal  0.342451 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3762  peptide chain release factor 3  67.62 
 
 		 539 aa  729    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0113142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2027  peptide chain release factor 3  68.07 
 
 		 539 aa  723    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5540  peptide chain release factor 3  70.31 
 
 		 537 aa  749    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.073692  normal  0.0734795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4181  peptide chain release factor 3  69.83 
 
 		 539 aa  744    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.832628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1002  peptide chain release factor 3  72.23 
 
 		 504 aa  774    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3159  peptide chain release factor 3  68.08 
 
 		 541 aa  728    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2944  peptide chain release factor 3  68 
 
 		 539 aa  721    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0217278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2307  peptide chain release factor 3  70.31 
 
 		 540 aa  746    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2337  peptide chain release factor 3  67.88 
 
 		 541 aa  728    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.707548  normal  0.274882 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0369  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 527 aa  1082    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1680  peptide chain release factor 3  68.85 
 
 		 539 aa  728    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0890826  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4059  peptide chain release factor 3  78.01 
 
 		 532 aa  856    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4261  peptide chain release factor 3  69.58 
 
 		 539 aa  739    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2527  peptide chain release factor 3  67.88 
 
 		 541 aa  723    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0244653  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3555  peptide chain release factor 3  85.01 
 
 		 527 aa  939    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1193  peptide chain release factor 3  68.73 
 
 		 525 aa  726    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3016  peptide chain release factor 3  68.51 
 
 		 530 aa  729    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4851  peptide chain release factor 3  68.25 
 
 		 539 aa  733    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.354411 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2092  peptide chain release factor 3  54.84 
 
 		 528 aa  602  1.0000000000000001e-171  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.429177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0698  peptide chain release factor 3  58.35 
 
 		 526 aa  600  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.286373  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0882  peptide chain release factor 3  56.25 
 
 		 558 aa  592  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168442 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3801  peptide chain release factor 3  56.07 
 
 		 527 aa  589  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  0.0495277 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1678  peptide chain release factor 3  53.13 
 
 		 533 aa  583  1.0000000000000001e-165  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0068133  normal  0.55837 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  53.79 
 
 		 530 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2537  peptide chain release factor 3  51.52 
 
 		 534 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478101  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0690  peptide chain release factor 3  56.25 
 
 		 507 aa  565  1e-160  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.217398  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5127  peptide chain release factor 3  54.72 
 
 		 521 aa  566  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.166056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1196  peptide chain release factor 3  51.52 
 
 		 534 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101228 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1986  peptide chain release factor 3  51.61 
 
 		 534 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.339407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1245  peptide chain release factor 3  55.62 
 
 		 533 aa  564  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236346  normal  0.0221222 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0922  peptide chain release factor 3  52.37 
 
 		 531 aa  564  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.763827  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2646  peptide chain release factor 3  54.81 
 
 		 535 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0754  peptide chain release factor 3  54.12 
 
 		 549 aa  559  1e-158  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1807  peptide chain release factor 3  52.37 
 
 		 562 aa  558  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0541486 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1336  peptide chain release factor 3  51.13 
 
 		 535 aa  552  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0751595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1203  peptide chain release factor 3  50.37 
 
 		 545 aa  545  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0909  peptide chain release factor 3  53.24 
 
 		 542 aa  545  1e-154  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.212809  normal  0.0162662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0872  peptide chain release factor 3  49.14 
 
 		 527 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0807  peptide chain release factor 3  49.53 
 
 		 527 aa  531  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.986611  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4306  peptide chain release factor 3  49.33 
 
 		 527 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.546945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0916  peptide chain release factor 3  49.33 
 
 		 527 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0920838  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  50.28 
 
 		 539 aa  533  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13410  peptide chain release factor 3  49.15 
 
 		 527 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.898041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0902  peptide chain release factor 3  49.14 
 
 		 541 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.779467  normal  0.296207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  50.28 
 
 		 539 aa  533  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1202  peptide chain release factor 3  48.77 
 
 		 527 aa  531  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  49.72 
 
 		 530 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4253  peptide chain release factor 3  49.06 
 
 		 527 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.995333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12250  peptide chain release factor 3  49.71 
 
 		 527 aa  531  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.882878  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4579  peptide chain release factor 3  48.3 
 
 		 527 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  50.76 
 
 		 543 aa  526  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0792  peptide chain release factor 3  48.77 
 
 		 527 aa  527  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.735214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  50.86 
 
 		 524 aa  525  1e-148  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1011  peptide chain release factor 3  49.14 
 
 		 528 aa  528  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  48.57 
 
 		 542 aa  525  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  49.16 
 
 		 534 aa  523  1e-147  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  47.74 
 
 		 531 aa  524  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  49.34 
 
 		 526 aa  519  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  49.43 
 
 		 526 aa  518  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3858  peptide chain release factor 3  49.15 
 
 		 547 aa  518  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  48.48 
 
 		 524 aa  521  1e-146  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  48.39 
 
 		 536 aa  520  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  47.83 
 
 		 530 aa  521  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  49.53 
 
 		 534 aa  520  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3219  peptide chain release factor 3  49.62 
 
 		 538 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.76683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  48.49 
 
 		 527 aa  515  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3808  peptide chain release factor 3  49.06 
 
 		 538 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  48.97 
 
 		 531 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0384  peptide chain release factor 3  48.2 
 
 		 526 aa  515  1.0000000000000001e-145  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  48.97 
 
 		 531 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  49.9 
 
 		 535 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  48.02 
 
 		 533 aa  513  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  49.33 
 
 		 529 aa  512  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  49.15 
 
 		 524 aa  514  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  47.17 
 
 		 533 aa  514  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2046  peptide chain release factor 3  48.1 
 
 		 531 aa  512  1e-144  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.840556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  48.59 
 
 		 524 aa  513  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  49.24 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  49.24 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  47.99 
 
 		 529 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  49.05 
 
 		 529 aa  510  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  48.18 
 
 		 529 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  48.66 
 
 		 535 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  48.18 
 
 		 529 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0806  peptide chain release factor 3  47.16 
 
 		 528 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794725  hitchhiker  0.00323143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>