More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4261 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0369  peptide chain release factor 3  69.58 
 
 		 527 aa  739    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2307  peptide chain release factor 3  87.41 
 
 		 540 aa  969    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1063  peptide chain release factor 3  73.19 
 
 		 525 aa  794    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438262  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4851  peptide chain release factor 3  96.66 
 
 		 539 aa  1068    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.354411 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1193  peptide chain release factor 3  76.15 
 
 		 525 aa  813    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5540  peptide chain release factor 3  90.72 
 
 		 537 aa  1001    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.073692  normal  0.0734795 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2027  peptide chain release factor 3  70.63 
 
 		 539 aa  758    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2092  peptide chain release factor 3  59.92 
 
 		 528 aa  640    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.429177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0417  peptide chain release factor 3  62.98 
 
 		 527 aa  652    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317239 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3555  peptide chain release factor 3  71.73 
 
 		 527 aa  767    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3016  peptide chain release factor 3  75.89 
 
 		 530 aa  820    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4375  peptide chain release factor 3  96.66 
 
 		 539 aa  1068    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.607928  normal  0.322908 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3762  peptide chain release factor 3  69.64 
 
 		 539 aa  741    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0113142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4261  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 539 aa  1097    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3159  peptide chain release factor 3  69.79 
 
 		 541 aa  746    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2944  peptide chain release factor 3  69.59 
 
 		 539 aa  742    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0217278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2337  peptide chain release factor 3  69.9 
 
 		 541 aa  744    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.707548  normal  0.274882 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1680  peptide chain release factor 3  70.82 
 
 		 539 aa  764    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0890826  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4612  peptide chain release factor 3  69.96 
 
 		 527 aa  744    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472275  normal  0.461934 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1002  peptide chain release factor 3  69.58 
 
 		 504 aa  747    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2527  peptide chain release factor 3  70.21 
 
 		 541 aa  744    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0244653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4059  peptide chain release factor 3  74.62 
 
 		 532 aa  793    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1359  peptide chain release factor 3  70.27 
 
 		 525 aa  756    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1321  peptide chain release factor 3  73.19 
 
 		 525 aa  790    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4181  peptide chain release factor 3  87.55 
 
 		 539 aa  969    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.832628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4347  peptide chain release factor 3  69.77 
 
 		 527 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433833  normal  0.342451 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3801  peptide chain release factor 3  60.89 
 
 		 527 aa  631  1e-180  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  0.0495277 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1678  peptide chain release factor 3  57.85 
 
 		 533 aa  631  1e-179  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0068133  normal  0.55837 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0698  peptide chain release factor 3  59.7 
 
 		 526 aa  623  1e-177  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.286373  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5127  peptide chain release factor 3  59.62 
 
 		 521 aa  623  1e-177  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.166056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  57.25 
 
 		 530 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0882  peptide chain release factor 3  57.31 
 
 		 558 aa  595  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168442 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0690  peptide chain release factor 3  57.75 
 
 		 507 aa  587  1e-166  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.217398  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1196  peptide chain release factor 3  53.73 
 
 		 534 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101228 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2646  peptide chain release factor 3  56.33 
 
 		 535 aa  585  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2537  peptide chain release factor 3  53.73 
 
 		 534 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478101  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1807  peptide chain release factor 3  54.81 
 
 		 562 aa  578  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0541486 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1986  peptide chain release factor 3  53.73 
 
 		 534 aa  580  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.339407 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0922  peptide chain release factor 3  55 
 
 		 531 aa  579  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.763827  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  54.02 
 
 		 543 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1203  peptide chain release factor 3  56 
 
 		 545 aa  575  1.0000000000000001e-163  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0754  peptide chain release factor 3  57.47 
 
 		 549 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  52.58 
 
 		 535 aa  571  1e-161  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  54.21 
 
 		 524 aa  566  1e-160  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  52.88 
 
 		 526 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  52.3 
 
 		 535 aa  564  1.0000000000000001e-159  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1336  peptide chain release factor 3  53.54 
 
 		 535 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0751595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  52.51 
 
 		 524 aa  559  1e-158  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  53.05 
 
 		 530 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3858  peptide chain release factor 3  50 
 
 		 547 aa  561  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  51.62 
 
 		 524 aa  557  1e-157  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  52.37 
 
 		 533 aa  557  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  52.22 
 
 		 524 aa  556  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  51.83 
 
 		 536 aa  556  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  50.85 
 
 		 539 aa  551  1e-156  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  50.85 
 
 		 539 aa  551  1e-156  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  50.66 
 
 		 531 aa  553  1e-156  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  52.04 
 
 		 531 aa  551  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1828  peptide chain release factor 3  51.45 
 
 		 544 aa  549  1e-155  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  53.17 
 
 		 529 aa  550  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0384  peptide chain release factor 3  52 
 
 		 526 aa  548  1e-155  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  52.66 
 
 		 529 aa  551  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4287  peptide chain release factor 3  51.45 
 
 		 533 aa  547  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0015  peptide chain release factor 3  52.69 
 
 		 517 aa  548  1e-154  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  51.53 
 
 		 530 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  51.34 
 
 		 531 aa  546  1e-154  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6925  peptide chain release factor 3  51.25 
 
 		 533 aa  548  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.209121  normal  0.303865 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3808  peptide chain release factor 3  50.85 
 
 		 538 aa  546  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2968  peptide chain release factor 3  51.45 
 
 		 533 aa  545  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.720802 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0909  peptide chain release factor 3  54.91 
 
 		 542 aa  547  1e-154  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.212809  normal  0.0162662 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  545  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  51.41 
 
 		 533 aa  544  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0935  peptide chain release factor 3  50.1 
 
 		 526 aa  541  1e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  51.99 
 
 		 531 aa  544  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1245  peptide chain release factor 3  53.82 
 
 		 533 aa  543  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236346  normal  0.0221222 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  52.11 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  52.11 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  52.11 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  51.99 
 
 		 531 aa  544  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  51.8 
 
 		 529 aa  543  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  51.03 
 
 		 535 aa  542  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  50.1 
 
 		 527 aa  543  1e-153  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2046  peptide chain release factor 3  49.35 
 
 		 531 aa  539  9.999999999999999e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.840556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  50 
 
 		 542 aa  539  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02787  peptide chain release factor 3  52.21 
 
 		 529 aa  539  9.999999999999999e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0613  peptide chain release factor 3  52.21 
 
 		 526 aa  538  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  53.05 
 
 		 526 aa  538  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  51.42 
 
 		 527 aa  541  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>