More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2337 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4261  peptide chain release factor 3  69.9 
 
 		 539 aa  744    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1002  peptide chain release factor 3  62.88 
 
 		 504 aa  662    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0369  peptide chain release factor 3  67.88 
 
 		 527 aa  728    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1063  peptide chain release factor 3  66.73 
 
 		 525 aa  709    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438262  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2307  peptide chain release factor 3  68.77 
 
 		 540 aa  743    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2027  peptide chain release factor 3  88.13 
 
 		 539 aa  973    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2527  peptide chain release factor 3  94.81 
 
 		 541 aa  1047    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0244653  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4375  peptide chain release factor 3  69.16 
 
 		 539 aa  738    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.607928  normal  0.322908 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5540  peptide chain release factor 3  69.04 
 
 		 537 aa  743    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.073692  normal  0.0734795 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1321  peptide chain release factor 3  66.35 
 
 		 525 aa  707    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3555  peptide chain release factor 3  68.65 
 
 		 527 aa  724    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3159  peptide chain release factor 3  94.45 
 
 		 541 aa  1048    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2944  peptide chain release factor 3  89.46 
 
 		 539 aa  980    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0217278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1193  peptide chain release factor 3  68.45 
 
 		 525 aa  720    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2337  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 541 aa  1096    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.707548  normal  0.274882 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1680  peptide chain release factor 3  87.57 
 
 		 539 aa  969    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0890826  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4347  peptide chain release factor 3  67.12 
 
 		 527 aa  714    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433833  normal  0.342451 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4059  peptide chain release factor 3  70.34 
 
 		 532 aa  750    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4612  peptide chain release factor 3  67.31 
 
 		 527 aa  715    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472275  normal  0.461934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4181  peptide chain release factor 3  69.35 
 
 		 539 aa  748    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.832628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3762  peptide chain release factor 3  87.57 
 
 		 539 aa  975    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0113142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4851  peptide chain release factor 3  69.16 
 
 		 539 aa  738    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.354411 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1359  peptide chain release factor 3  65.19 
 
 		 525 aa  696    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3016  peptide chain release factor 3  66.85 
 
 		 530 aa  705    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0417  peptide chain release factor 3  62.73 
 
 		 527 aa  674    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  58.72 
 
 		 530 aa  630  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1678  peptide chain release factor 3  56.44 
 
 		 533 aa  619  1e-176  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0068133  normal  0.55837 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0698  peptide chain release factor 3  60.11 
 
 		 526 aa  617  1e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.286373  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2092  peptide chain release factor 3  57.73 
 
 		 528 aa  612  9.999999999999999e-175  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.429177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3801  peptide chain release factor 3  58.38 
 
 		 527 aa  614  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  0.0495277 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0882  peptide chain release factor 3  56.59 
 
 		 558 aa  602  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168442 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5127  peptide chain release factor 3  57.61 
 
 		 521 aa  592  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.166056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2646  peptide chain release factor 3  58.78 
 
 		 535 aa  592  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1203  peptide chain release factor 3  54.98 
 
 		 545 aa  593  1e-168  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2537  peptide chain release factor 3  55.56 
 
 		 534 aa  589  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478101  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1986  peptide chain release factor 3  55.36 
 
 		 534 aa  591  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.339407 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1196  peptide chain release factor 3  55.56 
 
 		 534 aa  589  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101228 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0690  peptide chain release factor 3  56.89 
 
 		 507 aa  583  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.217398  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1336  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0751595 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1807  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 562 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0541486 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0922  peptide chain release factor 3  56.31 
 
 		 531 aa  582  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.763827  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0754  peptide chain release factor 3  55.74 
 
 		 549 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0909  peptide chain release factor 3  54.91 
 
 		 542 aa  561  1.0000000000000001e-159  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.212809  normal  0.0162662 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1245  peptide chain release factor 3  55.72 
 
 		 533 aa  561  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236346  normal  0.0221222 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0613  peptide chain release factor 3  52.46 
 
 		 526 aa  546  1e-154  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  51.81 
 
 		 534 aa  542  1e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1828  peptide chain release factor 3  51.52 
 
 		 544 aa  543  1e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  51.71 
 
 		 529 aa  538  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  50.93 
 
 		 539 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  51.98 
 
 		 524 aa  541  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  50.93 
 
 		 539 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  51.05 
 
 		 534 aa  539  9.999999999999999e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  52 
 
 		 529 aa  536  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  48.86 
 
 		 535 aa  536  1e-151  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  50.56 
 
 		 543 aa  535  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  50.95 
 
 		 542 aa  537  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  50.67 
 
 		 528 aa  535  1e-151  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  51.31 
 
 		 530 aa  536  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  52.95 
 
 		 528 aa  535  1e-151  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  50.47 
 
 		 535 aa  534  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  534  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  534  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  534  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  51.33 
 
 		 526 aa  534  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  50.85 
 
 		 526 aa  528  1e-149  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  50.47 
 
 		 533 aa  528  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3466  peptide chain release factor 3  50.28 
 
 		 529 aa  531  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  50.48 
 
 		 524 aa  529  1e-149  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  51.14 
 
 		 524 aa  530  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0384  peptide chain release factor 3  50.67 
 
 		 526 aa  530  1e-149  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0997  peptide chain release factor 3  50.19 
 
 		 526 aa  528  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0156098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  50.47 
 
 		 531 aa  528  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0968  peptide chain release factor 3  51.33 
 
 		 528 aa  530  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.463155  decreased coverage  0.000218803 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3382  peptide chain release factor 3  50.19 
 
 		 526 aa  530  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00211559  hitchhiker  0.00272137 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  51.25 
 
 		 526 aa  526  1e-148  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  49.81 
 
 		 529 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1111  peptide chain release factor 3  50.1 
 
 		 526 aa  525  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  50.29 
 
 		 530 aa  527  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  50.28 
 
 		 531 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1140  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 525 aa  526  1e-148  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 527 aa  526  1e-148  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  49.35 
 
 		 535 aa  528  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  50.86 
 
 		 527 aa  525  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2820  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 526 aa  526  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0200081  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  49.14 
 
 		 531 aa  526  1e-148  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3235  peptide chain release factor 3  50.67 
 
 		 523 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.458258  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4019  peptide chain release factor 3  49.71 
 
 		 526 aa  525  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5160199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2046  peptide chain release factor 3  48.77 
 
 		 531 aa  525  1e-148  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.840556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 529 aa  527  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  50.28 
 
 		 531 aa  526  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3053  peptide chain release factor 3  49.81 
 
 		 526 aa  527  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00432214  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0877  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 525 aa  526  1e-148  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0453  peptide chain release factor 3  50 
 
 		 529 aa  528  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.267512  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  50 
 
 		 529 aa  525  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  49.81 
 
 		 529 aa  524  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2968  peptide chain release factor 3  50.29 
 
 		 533 aa  521  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.720802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>