More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0409 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0409  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  640    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.610294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0868  fhu operon transcriptional regulator  41.4 
 
 		 321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0741  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 321 aa  105  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  27.8 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.72 
 
 		 295 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  27.8 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.17 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.39 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.54 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 285 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  32.84 
 
 		 294 aa  100  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 292 aa  99.8  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 309 aa  98.2  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  28.09 
 
 		 299 aa  96.7  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.97 
 
 		 295 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 294 aa  96.3  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0001  LysR substrate binding domain protein  33.53 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000100891 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 293 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 316 aa  94.7  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0263  putative transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 292 aa  92.8  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 317 aa  92.4  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 294 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3140  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.21 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  29.5 
 
 		 298 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.34 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  25.72 
 
 		 294 aa  90.9  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.97 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  90.5  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.69 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 316 aa  90.1  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 375 aa  90.1  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.68 
 
 		 302 aa  90.1  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 303 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0835  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 282 aa  89.7  5e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  29.34 
 
 		 308 aa  90.1  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 335 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 310 aa  89.4  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 303 aa  89  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.13 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.69 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  28.3 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.22 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.62 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 315 aa  87  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>