More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6297 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6297  GTPase EngC  100 
 
 		 335 aa  660    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.928344  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30770  ribosome small subunit-dependent GTPase A  75 
 
 		 333 aa  495  1e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.117356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3589  GTPase EngC  64.74 
 
 		 343 aa  408  1e-113  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0185345  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1096  GTPase EngC  67.19 
 
 		 330 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4696  GTPase EngC  64.31 
 
 		 326 aa  386  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.117505 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1361  GTPase EngC  65.56 
 
 		 326 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1379  GTPase EngC  65.56 
 
 		 326 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1770  GTPase EngC  66.03 
 
 		 326 aa  373  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.557548 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1395  GTPase EngC  64.9 
 
 		 326 aa  373  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.50736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1383  GTPase EngC  59.48 
 
 		 343 aa  370  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0287781 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3715  GTPase EngC  62.99 
 
 		 331 aa  369  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.229624  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5193  ribosome small subunit-dependent GTPase A  59.76 
 
 		 339 aa  362  4e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8329  GTPase-like protein  59.01 
 
 		 350 aa  359  4e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7891  GTPase EngC  58.81 
 
 		 349 aa  355  5.999999999999999e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0543  hypothetical protein  58.38 
 
 		 353 aa  355  7.999999999999999e-97  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13257  hypothetical protein  62.05 
 
 		 330 aa  352  5e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2928  ribosome small subunit-dependent GTPase A  59.76 
 
 		 351 aa  349  3e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09460  predicted GTPase  58.33 
 
 		 344 aa  349  3e-95  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.131219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4100  GTPase EngC  60.99 
 
 		 334 aa  347  2e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.450418 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3719  GTPase EngC  60.59 
 
 		 374 aa  347  2e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1208  GTPase EngC  59.76 
 
 		 369 aa  345  6e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.0713532 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1206  GTPase EngC  58.57 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3772  GTPase EngC  60 
 
 		 328 aa  340  2.9999999999999998e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.069208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4196  ribosome small subunit-dependent GTPase A  59.88 
 
 		 348 aa  338  8e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.868104  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3783  ribosome small subunit-dependent GTPase A  59.57 
 
 		 338 aa  333  2e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  0.835777 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19480  predicted GTPase  55.94 
 
 		 355 aa  331  1e-89  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18990  predicted GTPase  58.41 
 
 		 339 aa  329  5.0000000000000004e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.131008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0957  ribosome small subunit-dependent GTPase A  55.98 
 
 		 355 aa  320  3e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.574399  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1262  GTPase EngC  57.86 
 
 		 334 aa  316  4e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal  0.125783 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2654  GTPase EngC  50.27 
 
 		 371 aa  315  6e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00449365  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0534  GTPase EngC  55.93 
 
 		 336 aa  315  9e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.1145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2387  GTPase EngC  50.96 
 
 		 371 aa  313  2.9999999999999996e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000087211 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1813  GTPase EngC  52.75 
 
 		 366 aa  313  2.9999999999999996e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1699  GTPase EngC  58.84 
 
 		 337 aa  305  5.0000000000000004e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2495  GTPase EngC  54.8 
 
 		 368 aa  301  8.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.630842  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07680  ribosome small subunit-dependent GTPase A  51.01 
 
 		 366 aa  280  2e-74  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0723849  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2327  ribosome small subunit-dependent GTPase A  37.59 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549322 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2677  putative GTPase  34.02 
 
 		 343 aa  136  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2400  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.33 
 
 		 319 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4903  ribosome-associated GTPase  40 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4955  ribosome-associated GTPase  40 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626637 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1702  ribosome small subunit-dependent GTPase A  37.91 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4779  ribosome-associated GTPase  40 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0329  GTPase EngC  36.9 
 
 		 319 aa  133  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000202541  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00113  ribosome-associated GTPase  37.96 
 
 		 372 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0429  ribosome-associated GTPase  31.6 
 
 		 311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00550  ribosome-associated GTPase  34.96 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4694  ribosome-associated GTPase  39.09 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0549  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.8 
 
 		 375 aa  130  3e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002251  ribosome small subunit-stimulated GTPase EngC  37.96 
 
 		 354 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00154868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2777  ribosome-associated GTPase  37.5 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0810  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.19 
 
 		 374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0254422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1014  ribosome-associated GTPase  34.95 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3595  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.93 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4767  ribosome-associated GTPase  36.55 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.686105  normal  0.0608058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4710  ribosome-associated GTPase  36.55 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.516507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4627  ribosome-associated GTPase  36.55 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000117674  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1859  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.21 
 
 		 316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3809  ribosome-associated GTPase  33.93 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000110208  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4746  ribosome-associated GTPase  36.55 
 
 		 350 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0249922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0709  ribosome-associated GTPase  33.93 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.547116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3662  ribosome-associated GTPase  33.93 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000216302  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4951  hypothetical protein  35.71 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4618  ribosome-associated GTPase  36.55 
 
 		 350 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2784  ribosome-associated GTPase  34.57 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0630  GTPase EngC  32.71 
 
 		 340 aa  126  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000140785  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2639  ribosome-associated GTPase  36.36 
 
 		 344 aa  126  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.014804  hitchhiker  0.000000658007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0563  ribosome-associated GTPase  35.71 
 
 		 343 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3336  ribosome-associated GTPase  32.47 
 
 		 347 aa  126  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.14191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2970  ribosome-associated GTPase  34.42 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.106971 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4380  ribosome-associated GTPase  33.64 
 
 		 352 aa  125  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0514  ribosome-associated GTPase  37.27 
 
 		 343 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07460  ribosome-associated GTPase  38.64 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3033  ribosome-associated GTPase  35.14 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04031  ribosome-associated GTPase  35.34 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000932419  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4404  ribosome-associated GTPase  35.34 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234943  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5677  ribosome-associated GTPase  35.34 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000100514  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03993  hypothetical protein  35.34 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000592  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4693  ribosome-associated GTPase  35.34 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000151742  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1341  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.68 
 
 		 288 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.85094  normal  0.38449 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4718  ribosome-associated GTPase  35.34 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000781883  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3829  ribosome small subunit-dependent GTPase A  34.94 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101292  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3849  ribosome-associated GTPase  34.94 
 
 		 350 aa  124  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00200701  hitchhiker  0.0000985996 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3198  ribosome-associated GTPase  31.2 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0711  GTPase EngC  31.73 
 
 		 313 aa  123  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.197217  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2727  ribosome-associated GTPase  31.42 
 
 		 307 aa  123  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.853912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4632  ribosome-associated GTPase  34.94 
 
 		 350 aa  122  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000257441  normal  0.0538401 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1992  ribosome-associated GTPase  34.2 
 
 		 314 aa  122  9e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.481604  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3548  ribosome-associated GTPase  33.33 
 
 		 354 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.814958  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2742  ribosome-associated GTPase  36.89 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201123  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3154  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.78 
 
 		 346 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000496758 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2058  ribosome small subunit-dependent GTPase A  33.09 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.834521  normal  0.0277453 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0423  ribosome-associated GTPase  35.1 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000942768  hitchhiker  0.000000790004 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1715  ribosome small subunit-dependent GTPase A  32.09 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1735  GTPase EngC  34.89 
 
 		 367 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.216603  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4179  ribosome-associated GTPase  32.88 
 
 		 352 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0626  ribosome-associated GTPase  36.84 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1553  putative sigma-54 interacting protein  35.61 
 
 		 367 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000818297  normal  0.17654 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3806  ribosome-associated GTPase  32.06 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2303  ribosome small subunit-dependent GTPase A  30.77 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.304027  hitchhiker  0.000198831 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>