More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4179 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0789  ribosome-associated GTPase  89.17 
 
 
352 aa  663    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.106685  hitchhiker  0.00135027 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4179  ribosome-associated GTPase  100 
 
 
352 aa  727    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0589  ribosome-associated GTPase  79.89 
 
 
354 aa  591  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00235355 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0591  ribosome-associated GTPase  79.6 
 
 
354 aa  589  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0590  ribosome-associated GTPase  79.32 
 
 
354 aa  588  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155455 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0558  ribosome-associated GTPase  82.2 
 
 
337 aa  589  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.806165  normal  0.213457 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3288  ribosome-associated GTPase  79.32 
 
 
354 aa  585  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3440  ribosome-associated GTPase  79.04 
 
 
354 aa  586  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3548  ribosome-associated GTPase  77.68 
 
 
354 aa  584  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.814958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3718  ribosome-associated GTPase  78.19 
 
 
354 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3775  ribosome-associated GTPase  78.47 
 
 
354 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0597624  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3901  ribosome-associated GTPase  78.19 
 
 
354 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.047373  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3033  ribosome-associated GTPase  76.07 
 
 
351 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.148404  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0550  ribosome-associated GTPase  77.58 
 
 
340 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00144595  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3318  ribosome-associated GTPase  75.43 
 
 
353 aa  556  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00153777  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3213  ribosome-associated GTPase  75.43 
 
 
353 aa  551  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106203  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00550  ribosome-associated GTPase  59.24 
 
 
347 aa  438  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3336  ribosome-associated GTPase  56.29 
 
 
347 aa  417  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.14191  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4380  ribosome-associated GTPase  56.82 
 
 
352 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0386  ribosome-associated GTPase  56.03 
 
 
349 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2784  ribosome-associated GTPase  55.04 
 
 
351 aa  402  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002251  ribosome small subunit-stimulated GTPase EngC  56.45 
 
 
354 aa  401  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00154868  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0475  ribosome-associated GTPase  56.61 
 
 
349 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.84986  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3482  ribosome-associated GTPase  56.89 
 
 
342 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.845882  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00113  ribosome-associated GTPase  55.27 
 
 
372 aa  398  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0709  ribosome-associated GTPase  55.52 
 
 
350 aa  397  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.547116  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3809  ribosome-associated GTPase  55.52 
 
 
350 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000110208  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0423  ribosome-associated GTPase  54.89 
 
 
349 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000942768  hitchhiker  0.000000790004 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3662  ribosome-associated GTPase  55.52 
 
 
350 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000216302  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04031  ribosome-associated GTPase  54.52 
 
 
350 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000932419  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3829  ribosome small subunit-dependent GTPase A  54.24 
 
 
350 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101292  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4632  ribosome-associated GTPase  54.52 
 
 
350 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000257441  normal  0.0538401 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03993  hypothetical protein  54.52 
 
 
350 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000592  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4718  ribosome-associated GTPase  54.52 
 
 
350 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000781883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3849  ribosome-associated GTPase  54.24 
 
 
350 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00200701  hitchhiker  0.0000985996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3754  ribosome-associated GTPase  55.81 
 
 
349 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3932  ribosome-associated GTPase  55.52 
 
 
349 aa  388  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5677  ribosome-associated GTPase  54.52 
 
 
350 aa  390  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000100514  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4404  ribosome-associated GTPase  54.52 
 
 
350 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234943  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4693  ribosome-associated GTPase  54.52 
 
 
350 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000151742  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2742  ribosome-associated GTPase  54.73 
 
 
353 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201123  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1099  ribosome-associated GTPase  53.01 
 
 
350 aa  384  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000548544  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4618  ribosome-associated GTPase  52.82 
 
 
350 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766996  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4627  ribosome-associated GTPase  52.82 
 
 
350 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000117674  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4746  ribosome-associated GTPase  52.54 
 
 
350 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0249922  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4710  ribosome-associated GTPase  52.82 
 
 
350 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.516507  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4767  ribosome-associated GTPase  52.82 
 
 
350 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.686105  normal  0.0608058 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0347  ribosome-associated GTPase  53.11 
 
 
358 aa  366  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0044619  unclonable  0.00000256254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4694  ribosome-associated GTPase  48.54 
 
 
343 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4955  ribosome-associated GTPase  48.54 
 
 
343 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.626637 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4903  ribosome-associated GTPase  48.54 
 
 
343 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4779  ribosome-associated GTPase  48.54 
 
 
343 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07460  ribosome-associated GTPase  46.09 
 
 
343 aa  319  6e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2639  ribosome-associated GTPase  46.82 
 
 
344 aa  317  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.014804  hitchhiker  0.000000658007 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0514  ribosome-associated GTPase  47.08 
 
 
343 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0563  ribosome-associated GTPase  46.2 
 
 
343 aa  309  5e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4951  hypothetical protein  45.61 
 
 
343 aa  305  7e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2777  ribosome-associated GTPase  45.85 
 
 
351 aa  299  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0626  ribosome-associated GTPase  46.78 
 
 
343 aa  294  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65420  ribosome-associated GTPase  49.02 
 
 
339 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.672753  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5681  ribosome-associated GTPase  48.69 
 
 
334 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2677  putative GTPase  42.41 
 
 
343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1269  ribosome-associated GTPase  47.52 
 
 
340 aa  277  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2668  hypothetical protein  40.42 
 
 
325 aa  247  2e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2799  hypothetical protein  40.12 
 
 
325 aa  243  3.9999999999999997e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1078  ribosome-associated GTPase  44.64 
 
 
289 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0630  GTPase EngC  41.31 
 
 
340 aa  229  6e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000140785  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1735  GTPase EngC  40.35 
 
 
367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.216603  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0711  GTPase EngC  38.44 
 
 
313 aa  220  3e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.197217  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0537  hypothetical protein  39.1 
 
 
299 aa  219  5e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1553  putative sigma-54 interacting protein  40.21 
 
 
367 aa  219  7e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000818297  normal  0.17654 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1503  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.14 
 
 
334 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.439289  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0810  ribosome small subunit-dependent GTPase A  34.22 
 
 
374 aa  218  2e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0254422  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3154  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39 
 
 
346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000496758 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1702  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.46 
 
 
319 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3004  ribosome-associated GTPase  39.73 
 
 
289 aa  213  5.999999999999999e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587446  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1992  ribosome-associated GTPase  38.08 
 
 
314 aa  211  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.481604  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2327  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.08 
 
 
319 aa  207  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00549322 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3595  ribosome small subunit-dependent GTPase A  37.84 
 
 
306 aa  202  9e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1475  ribosome-associated GTPase  38.54 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.389799  normal  0.245969 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2354  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.72 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.559987  normal  0.113412 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2475  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.02 
 
 
296 aa  195  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.818864  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1568  ribosome small subunit-dependent GTPase A  37.29 
 
 
321 aa  194  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0882  ribosome-associated GTPase  37.42 
 
 
315 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.493781 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0394  ribosome-associated GTPase  35.96 
 
 
314 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10588  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0910  ribosome-associated GTPase  35.96 
 
 
314 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0513  ribosome-associated GTPase  34.81 
 
 
325 aa  192  1e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0237  ribosome-associated GTPase  35.96 
 
 
314 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0811  ribosome-associated GTPase  37.42 
 
 
315 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2537  ribosome-associated GTPase  35.96 
 
 
314 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.394286  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1859  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.34 
 
 
316 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4190  ribosome-associated GTPase  36.3 
 
 
313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.503952  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0549  ribosome small subunit-dependent GTPase A  37.38 
 
 
375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.938885  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0776  ribosome-associated GTPase  37.54 
 
 
317 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0940  ribosome-associated GTPase  38.74 
 
 
318 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0176411 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0597  ribosome-associated GTPase  35.96 
 
 
313 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1076  ribosome-associated GTPase  35.96 
 
 
313 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1697  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.42 
 
 
302 aa  189  8e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2960  ribosome-associated GTPase  35.96 
 
 
314 aa  188  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.804771  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1035  ribosome-associated GTPase  35.96 
 
 
313 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>