More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2400 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2400  ribosome small subunit-dependent GTPase A  100 
 
 		 319 aa  652    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0329  GTPase EngC  64.24 
 
 		 319 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000202541  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0351  GTPase EngC  61.06 
 
 		 332 aa  383  1e-105  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00346768  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0387  ribosome small subunit-dependent GTPase A  59.18 
 
 		 318 aa  378  1e-104  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000179584  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2071  ribosome small subunit-dependent GTPase A  58.33 
 
 		 322 aa  380  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0137612  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1859  ribosome small subunit-dependent GTPase A  59.03 
 
 		 316 aa  365  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2058  ribosome small subunit-dependent GTPase A  58.58 
 
 		 319 aa  362  4e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.834521  normal  0.0277453 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2354  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.85 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.559987  normal  0.113412 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2327  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.47 
 
 		 319 aa  212  5.999999999999999e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549322 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0429  ribosome-associated GTPase  37.58 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1702  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.19 
 
 		 319 aa  206  6e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2475  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.8 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.818864  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3806  ribosome-associated GTPase  40.19 
 
 		 306 aa  198  9e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0558  ribosome-associated GTPase  35.83 
 
 		 337 aa  195  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.806165  normal  0.213457 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3482  ribosome-associated GTPase  39.78 
 
 		 342 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.845882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4632  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000257441  normal  0.0538401 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4746  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0249922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4767  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.686105  normal  0.0608058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4627  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000117674  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4710  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.516507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4618  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766996  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04031  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000932419  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4718  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000781883  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03993  hypothetical protein  38.1 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5677  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000100514  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4693  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000151742  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4404  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  6e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3829  ribosome small subunit-dependent GTPase A  38.1 
 
 		 350 aa  192  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101292  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3849  ribosome-associated GTPase  38.1 
 
 		 350 aa  192  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00200701  hitchhiker  0.0000985996 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0475  ribosome-associated GTPase  36.42 
 
 		 349 aa  191  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.84986  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3718  ribosome-associated GTPase  33.65 
 
 		 354 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3901  ribosome-associated GTPase  33.65 
 
 		 354 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.047373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3198  ribosome-associated GTPase  37.5 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4951  hypothetical protein  37.63 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3548  ribosome-associated GTPase  34.92 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.814958  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3775  ribosome-associated GTPase  33.33 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0597624  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0550  ribosome-associated GTPase  33.65 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00144595  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1078  ribosome-associated GTPase  40.77 
 
 		 289 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3336  ribosome-associated GTPase  34.62 
 
 		 347 aa  186  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.14191  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07390  ribosome-associated GTPase  36.98 
 
 		 315 aa  186  4e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0563  ribosome-associated GTPase  37.2 
 
 		 343 aa  185  8e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0386  ribosome-associated GTPase  35.14 
 
 		 349 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1117  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.38 
 
 		 293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1013  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.38 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4955  ribosome-associated GTPase  37.2 
 
 		 343 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626637 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3595  ribosome small subunit-dependent GTPase A  34.78 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4903  ribosome-associated GTPase  37.2 
 
 		 343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4779  ribosome-associated GTPase  37.2 
 
 		 343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4179  ribosome-associated GTPase  35.48 
 
 		 352 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1099  ribosome-associated GTPase  36.98 
 
 		 350 aa  182  6e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000548544  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3033  ribosome-associated GTPase  33.97 
 
 		 351 aa  182  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1748  ribosome small subunit-dependent GTPase A  42.66 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000167014  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0513  ribosome-associated GTPase  35.05 
 
 		 325 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1449  GTPase YjeQ  37.66 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0590  ribosome-associated GTPase  33.65 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155455 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3440  ribosome-associated GTPase  33.65 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0589  ribosome-associated GTPase  33.33 
 
 		 354 aa  179  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235355 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2639  ribosome-associated GTPase  38.52 
 
 		 344 aa  180  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.014804  hitchhiker  0.000000658007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0789  ribosome-associated GTPase  34.84 
 
 		 352 aa  179  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.106685  hitchhiker  0.00135027 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09970  ribosome small subunit-dependent GTPase A  33.88 
 
 		 282 aa  179  7e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0591  ribosome-associated GTPase  33.02 
 
 		 354 aa  178  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1907  ribosome small subunit-dependent GTPase A  41.06 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000047717  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0514  ribosome-associated GTPase  34.8 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4694  ribosome-associated GTPase  36.18 
 
 		 343 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3004  ribosome-associated GTPase  35.33 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587446  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07460  ribosome-associated GTPase  37.02 
 
 		 343 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3754  ribosome-associated GTPase  36.1 
 
 		 349 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2727  ribosome-associated GTPase  37.42 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.853912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00550  ribosome-associated GTPase  37.17 
 
 		 347 aa  176  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2777  ribosome-associated GTPase  34.25 
 
 		 351 aa  176  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0630  GTPase EngC  35.6 
 
 		 340 aa  175  8e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000140785  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3932  ribosome-associated GTPase  36.1 
 
 		 349 aa  175  8e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0709  ribosome-associated GTPase  35.11 
 
 		 350 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.547116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3809  ribosome-associated GTPase  35.11 
 
 		 350 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000110208  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0355  ribosome-associated GTPase  38.06 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3662  ribosome-associated GTPase  35.11 
 
 		 350 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000216302  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3288  ribosome-associated GTPase  33.02 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0347  ribosome-associated GTPase  37.22 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0044619  unclonable  0.00000256254 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1068  ribosome-associated GTPase  35.92 
 
 		 293 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0423  ribosome-associated GTPase  34.5 
 
 		 349 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000942768  hitchhiker  0.000000790004 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1715  ribosome small subunit-dependent GTPase A  32.35 
 
 		 292 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3154  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.53 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000496758 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0913  GTPase EngC  37.86 
 
 		 290 aa  172  5e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000815657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1668  ribosome-associated GTPase  36.72 
 
 		 316 aa  173  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34029  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2303  ribosome small subunit-dependent GTPase A  33.33 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.304027  hitchhiker  0.000198831 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2784  ribosome-associated GTPase  35.05 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3318  ribosome-associated GTPase  33.65 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00153777  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1505  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.57 
 
 		 288 aa  171  2e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5830  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.58 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.700319 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2227  ribosome-associated GTPase  36.72 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.915652  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1900  ribosome-associated GTPase  35.13 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.830511 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3213  ribosome-associated GTPase  32.8 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106203  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2970  ribosome-associated GTPase  37.58 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.106971 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00113  ribosome-associated GTPase  36.08 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2677  putative GTPase  34.31 
 
 		 343 aa  166  4e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0811  ribosome-associated GTPase  36.51 
 
 		 315 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2910  ribosome-associated GTPase  36.27 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2850  ribosome-associated GTPase  36.27 
 
 		 314 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2960  ribosome-associated GTPase  36.27 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.804771  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1475  ribosome-associated GTPase  33.99 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.389799  normal  0.245969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>