More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6182 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6182  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1919  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3111  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.08 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3275  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0115346  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5902  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202203  normal  0.230241 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 318 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5135  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 296 aa  92.4  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2373  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0629728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3116  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.341096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 296 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  30.41 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.03 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3891  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 305 aa  85.5  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.314742  normal  0.132364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0863  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 322 aa  85.1  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.267188 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.03 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  28.12 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  28.03 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1029  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.850278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.62 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.62 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.62 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.62 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  28.12 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.78 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0720  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1678  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2294  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 331 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.97 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4418  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.22 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  31.29 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.14 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.25 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  27.83 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4535  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7100  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  25.38 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3239  DNA-binding transcriptional activator TdcA  23.68 
 
 		 312 aa  79  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02985  DNA-binding transcriptional activator  23.68 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0585  transcriptional regulator, LysR family  23.68 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1380  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.306362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3592  DNA-binding transcriptional activator TdcA  23.68 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  23.68 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  23.68 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3306  DNA-binding transcriptional activator TdcA  23.68 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180291  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  31.52 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4431  DNA-binding transcriptional activator TdcA  23.68 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0908114 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02936  hypothetical protein  23.68 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4520  Transcriptional regulator-like protein  30.07 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.629454 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5943  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.180862 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0541  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.693212  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.92 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5247  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 323 aa  77.4  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0614606  normal  0.32448 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  36 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 320 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1324  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  33.64 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.11 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.99 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  33.64 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4734  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897259 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>