More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1687 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
449 aa  939    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  61.34 
 
 
431 aa  556  1e-157  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.2 
 
 
410 aa  277  2e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.88 
 
 
408 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.6 
 
 
408 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  34.1 
 
 
452 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  33.25 
 
 
452 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  32.56 
 
 
452 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.31 
 
 
448 aa  186  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  30.56 
 
 
440 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  31.66 
 
 
437 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.66 
 
 
443 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  30.79 
 
 
438 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.52 
 
 
380 aa  169  9e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  30.83 
 
 
436 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  32.18 
 
 
439 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.35 
 
 
443 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.35 
 
 
443 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  30.59 
 
 
417 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  31.88 
 
 
392 aa  159  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  29.53 
 
 
440 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  28.79 
 
 
422 aa  157  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  28.03 
 
 
454 aa  157  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  28.67 
 
 
440 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  31.68 
 
 
470 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  30.17 
 
 
438 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.45 
 
 
430 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  37.69 
 
 
484 aa  144  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.98 
 
 
519 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.43 
 
 
445 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.41 
 
 
433 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  27.06 
 
 
412 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.78 
 
 
434 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.49 
 
 
417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  32.5 
 
 
437 aa  131  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  28.53 
 
 
398 aa  130  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  26.77 
 
 
406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.75 
 
 
446 aa  124  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  32.47 
 
 
492 aa  99  1e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  30.18 
 
 
334 aa  98.2  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  28 
 
 
341 aa  97.1  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.95 
 
 
358 aa  94.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28 
 
 
341 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  31.58 
 
 
340 aa  94  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
338 aa  93.2  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.67 
 
 
315 aa  91.3  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4419  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  34.76 
 
 
367 aa  91.3  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.257041  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5422  oxidoreductase protein  30.06 
 
 
230 aa  90.5  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  33.14 
 
 
351 aa  90.9  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.99 
 
 
450 aa  90.5  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011700  PHATRDRAFT_50613  Tic55 component of chloroplast import machinery  29.27 
 
 
498 aa  90.1  7e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  31.98 
 
 
345 aa  89.4  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  29.07 
 
 
346 aa  88.6  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.35 
 
 
353 aa  88.2  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26228  predicted protein  29.57 
 
 
668 aa  87.4  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.281249  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  31.08 
 
 
350 aa  87.4  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3968  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.61 
 
 
360 aa  87  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0886212  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0769  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.25 
 
 
497 aa  87  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4245  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.42 
 
 
371 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2013  Rieske (2Fe-2S) family oxidoreductase large subunit  28.96 
 
 
348 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.16 
 
 
373 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  28.98 
 
 
366 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2239  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.83 
 
 
350 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  35.38 
 
 
369 aa  85.5  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1220  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0507919  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2285  vanillate monooxygenase  30 
 
 
367 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.138524 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2607  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1464  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
326 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134829  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.95 
 
 
363 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1377  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1112  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.624843  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0463  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0187  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.04 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.531075  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.81 
 
 
364 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2979  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.66 
 
 
367 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.74 
 
 
337 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.41 
 
 
364 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.25 
 
 
356 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  28.32 
 
 
353 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4244  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.53 
 
 
352 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2074  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.75 
 
 
217 aa  84  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.12491  normal  0.0463704 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  27.08 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.8 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  28.35 
 
 
407 aa  83.6  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  32.8 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.8 
 
 
352 aa  83.6  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0795  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.11 
 
 
497 aa  83.2  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.266613  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.13 
 
 
372 aa  83.2  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1241  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.44 
 
 
217 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.635525  normal  0.124818 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2958  pheophorbide a oxygenase  30.99 
 
 
442 aa  82.8  0.00000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0467803  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  29.12 
 
 
355 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.82 
 
 
362 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
374 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  30.81 
 
 
367 aa  82  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  28.99 
 
 
327 aa  82.4  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0132  Rieske (2Fe-2S) protein  29.49 
 
 
343 aa  82  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  28.9 
 
 
338 aa  82  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  26.64 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3387  Rieske (2Fe-2S) region  29.59 
 
 
369 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.662042  normal  0.0218971 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3116  Pheophorbide a oxygenase  28.42 
 
 
442 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>