More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3212 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  100 
 
 
341 aa  715    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  93.84 
 
 
341 aa  677    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2013  Rieske (2Fe-2S) family oxidoreductase large subunit  73.96 
 
 
348 aa  529  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1261  hypothetical protein  60.24 
 
 
340 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0803695 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1096  Rieske (2Fe-2S) domain protein  60.24 
 
 
357 aa  427  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0810231  normal  0.184537 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2037  Rieske (2Fe-2S) domain protein  59.94 
 
 
357 aa  426  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.950553  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1718  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  59.94 
 
 
357 aa  424  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3968  Rieske (2Fe-2S) domain protein  57.64 
 
 
360 aa  411  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0886212  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.43 
 
 
337 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.79 
 
 
338 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  31.45 
 
 
380 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.86 
 
 
364 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  30.7 
 
 
351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4244  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.63 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  31.5 
 
 
334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3567  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.99 
 
 
344 aa  125  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3681  Rieske (2Fe-2S) region  30.22 
 
 
346 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30 
 
 
358 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5685  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.72 
 
 
353 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0319041  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.08 
 
 
372 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1389  putative oxygenase  28.7 
 
 
359 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  28 
 
 
345 aa  113  5e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.72 
 
 
356 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0807  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.62 
 
 
331 aa  112  9e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.46 
 
 
373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1105  Rieske (2Fe-2S) protein  28.38 
 
 
358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.080608  normal  0.368914 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  27.36 
 
 
340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.05 
 
 
356 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3658  Rieske (2Fe-2S) region  28.05 
 
 
356 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4245  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.27 
 
 
371 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.78 
 
 
364 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4709  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.05 
 
 
356 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  27.57 
 
 
363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1501  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.62 
 
 
355 aa  109  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.72 
 
 
356 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.05 
 
 
356 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.62 
 
 
355 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0595  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.62 
 
 
355 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0958903  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1307  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.62 
 
 
355 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.992701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0319  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.62 
 
 
355 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1336  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.62 
 
 
355 aa  106  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4835  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1234  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.62 
 
 
355 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2494  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  28.62 
 
 
355 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0964  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.62 
 
 
341 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  36.52 
 
 
407 aa  105  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2687  Rieske (2Fe-2S) protein  36.99 
 
 
356 aa  104  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  29.39 
 
 
367 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4233  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.97 
 
 
362 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.22 
 
 
352 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.22 
 
 
352 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  27.22 
 
 
352 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2688  Rieske (2Fe-2S) protein  35.22 
 
 
352 aa  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.56 
 
 
353 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  32.05 
 
 
492 aa  100  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3160  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.8 
 
 
347 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  25.15 
 
 
315 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28 
 
 
449 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.53 
 
 
358 aa  96.3  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  32.79 
 
 
376 aa  96.3  8e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4642  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.84 
 
 
355 aa  96.3  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.0329483 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4510  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.84 
 
 
355 aa  96.3  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3570  Rieske (2Fe-2S) region  25.78 
 
 
355 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0161982  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.08 
 
 
365 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  29.39 
 
 
388 aa  92.8  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0547  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.54 
 
 
324 aa  92.8  8e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000394367  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.85 
 
 
353 aa  92.4  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  34.07 
 
 
347 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  23.93 
 
 
346 aa  91.7  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  31.82 
 
 
349 aa  92.4  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  34.52 
 
 
359 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  25.86 
 
 
327 aa  90.9  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  32.63 
 
 
353 aa  90.9  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2888  PrnD  34.3 
 
 
370 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.942193  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6709  Rieske (2Fe-2S) protein  34.88 
 
 
373 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25 
 
 
430 aa  90.1  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1812  Rieske (2Fe-2S) region  31.34 
 
 
383 aa  89.7  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0372125 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  25.29 
 
 
357 aa  89.7  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2034  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.45 
 
 
400 aa  89.7  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.967449  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2736  PrnD  33.72 
 
 
370 aa  89.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1118  PrnD  33.72 
 
 
346 aa  89.4  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  35.39 
 
 
353 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5267  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.91 
 
 
370 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4729  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.48 
 
 
370 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  34.03 
 
 
349 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3967  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.84 
 
 
347 aa  88.6  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  33.33 
 
 
355 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  31.18 
 
 
338 aa  87.4  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0630  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  29.41 
 
 
330 aa  87.8  3e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5126  vanillate monooxygenase  35.03 
 
 
352 aa  86.3  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.46 
 
 
353 aa  86.3  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  25.36 
 
 
363 aa  85.9  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0795  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.08 
 
 
497 aa  85.9  9e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.266613  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6986  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.14 
 
 
374 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.529476  normal  0.476808 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0535  Rieske (2Fe-2S) region  29.58 
 
 
460 aa  85.5  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  33.9 
 
 
351 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  35.44 
 
 
350 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2105  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  46.81 
 
 
332 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886658  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2244  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  46.81 
 
 
332 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.937061  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2050  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  46.81 
 
 
332 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  32.58 
 
 
348 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>