More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4958 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
443 aa  924    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
443 aa  924    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  88.49 
 
 
443 aa  808    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  76.46 
 
 
417 aa  650    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  76.25 
 
 
445 aa  666    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  78.62 
 
 
438 aa  684    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  39.11 
 
 
417 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  36.92 
 
 
422 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.13 
 
 
430 aa  238  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  36.61 
 
 
439 aa  233  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  37.13 
 
 
452 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  35.73 
 
 
406 aa  225  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  35.92 
 
 
440 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  36.17 
 
 
452 aa  222  8e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  35.26 
 
 
440 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  35.89 
 
 
452 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  35.1 
 
 
437 aa  219  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.78 
 
 
434 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.9 
 
 
446 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  32.4 
 
 
412 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  35.68 
 
 
438 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  34.01 
 
 
440 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.17 
 
 
433 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.55 
 
 
448 aa  201  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  34.38 
 
 
436 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  33.18 
 
 
437 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  32.71 
 
 
484 aa  186  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  33.25 
 
 
431 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  31 
 
 
392 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.41 
 
 
449 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.2 
 
 
410 aa  166  5e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31 
 
 
408 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31 
 
 
408 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  31.6 
 
 
454 aa  160  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  30.71 
 
 
470 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  27.74 
 
 
398 aa  131  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.37 
 
 
519 aa  121  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.55 
 
 
380 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.41 
 
 
315 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  28.81 
 
 
334 aa  95.1  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.5 
 
 
327 aa  93.2  8e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  27.34 
 
 
492 aa  92.8  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2687  Rieske (2Fe-2S) protein  32.93 
 
 
356 aa  89.4  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  34.62 
 
 
376 aa  88.2  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.03 
 
 
450 aa  87.4  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.53 
 
 
358 aa  87.4  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  29.63 
 
 
380 aa  85.1  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0463  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.7 
 
 
334 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1220  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.7 
 
 
334 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0507919  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2607  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.7 
 
 
334 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1112  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.7 
 
 
334 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.624843  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  24.83 
 
 
347 aa  84  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0187  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.7 
 
 
334 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.531075  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1377  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.7 
 
 
334 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1464  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  32.85 
 
 
326 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.134829  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  25.99 
 
 
345 aa  82.4  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.74 
 
 
363 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  26.48 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4245  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.07 
 
 
371 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1530  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.12 
 
 
450 aa  80.9  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.72 
 
 
364 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.87 
 
 
364 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1557  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.64 
 
 
450 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0276963  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.91 
 
 
356 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  27.59 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1649  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.77 
 
 
370 aa  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0595  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.82 
 
 
355 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0958903  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.82 
 
 
355 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0576  Rieske (2Fe-2S) region  29.67 
 
 
323 aa  76.6  0.0000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.94 
 
 
356 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.22 
 
 
362 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  28.43 
 
 
350 aa  76.3  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.55 
 
 
356 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1336  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.82 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4835  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1234  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.82 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4233  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.26 
 
 
362 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2494  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.82 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1307  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.82 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.992701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0319  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.82 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2825  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  25.81 
 
 
358 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000971916  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1056  Rieske (2Fe-2S) region  31.07 
 
 
499 aa  74.7  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00144994  hitchhiker  0.000116875 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.94 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2688  Rieske (2Fe-2S) protein  37.96 
 
 
352 aa  74.7  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  31.13 
 
 
346 aa  74.7  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26228  predicted protein  31.91 
 
 
668 aa  74.3  0.000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.281249  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4419  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  29.86 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.257041  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  31.76 
 
 
369 aa  73.9  0.000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1501  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.1 
 
 
355 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  23.72 
 
 
359 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09481  Rieske iron-sulfur protein 2Fe-2S subunit  27.41 
 
 
448 aa  72.4  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.056748  hitchhiker  0.0000260646 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2074  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.21 
 
 
217 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.12491  normal  0.0463704 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1105  Rieske (2Fe-2S) protein  25.55 
 
 
358 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.080608  normal  0.368914 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0436  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.48 
 
 
326 aa  72.8  0.00000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0807  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30.18 
 
 
331 aa  72.8  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  27.96 
 
 
340 aa  72.8  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  32 
 
 
347 aa  72.8  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.29 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1676  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.02 
 
 
349 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.945696  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  31.45 
 
 
407 aa  71.6  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  29.41 
 
 
348 aa  71.2  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>