More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3968 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3968  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
360 aa  756    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0886212  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1261  hypothetical protein  58.62 
 
 
340 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0803695 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2037  Rieske (2Fe-2S) domain protein  57.14 
 
 
357 aa  428  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.950553  normal  0.781731 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1718  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  56.86 
 
 
357 aa  426  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.187317  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1096  Rieske (2Fe-2S) domain protein  56.86 
 
 
357 aa  426  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0810231  normal  0.184537 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  57.93 
 
 
341 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  57.64 
 
 
341 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2013  Rieske (2Fe-2S) family oxidoreductase large subunit  57.47 
 
 
348 aa  388  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  43.27 
 
 
337 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.24 
 
 
338 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4244  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.9 
 
 
352 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5685  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.01 
 
 
353 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0319041  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  28.32 
 
 
351 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2034  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.61 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.967449  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  27.96 
 
 
345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  27.85 
 
 
380 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  28.37 
 
 
334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.8 
 
 
364 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3567  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.05 
 
 
344 aa  108  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.69 
 
 
358 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4245  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.54 
 
 
371 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0630  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.8 
 
 
353 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.494266  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1389  putative oxygenase  26.27 
 
 
359 aa  97.1  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  28.64 
 
 
376 aa  96.3  8e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  28.99 
 
 
355 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  25 
 
 
315 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0807  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  26.52 
 
 
331 aa  94.4  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2687  Rieske (2Fe-2S) protein  27.17 
 
 
356 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.42 
 
 
352 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  32.42 
 
 
352 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.42 
 
 
352 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.52 
 
 
364 aa  90.5  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1442  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.92 
 
 
324 aa  90.5  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193123  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.92 
 
 
321 aa  90.5  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0113839  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  32 
 
 
492 aa  90.1  5e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0630  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  24.37 
 
 
330 aa  88.2  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1687  vanillate monooxygenase  30.29 
 
 
338 aa  88.2  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  23.97 
 
 
363 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.61 
 
 
449 aa  87  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  27.08 
 
 
327 aa  86.7  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1501  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.16 
 
 
355 aa  86.3  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3160  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.67 
 
 
347 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.86 
 
 
356 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2688  Rieske (2Fe-2S) protein  31.14 
 
 
352 aa  85.1  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  23.32 
 
 
363 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.44 
 
 
356 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  27.44 
 
 
437 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.44 
 
 
373 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1234  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.16 
 
 
355 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1336  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.16 
 
 
355 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4835  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0319  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.16 
 
 
355 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2494  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.16 
 
 
355 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  32.02 
 
 
440 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  31.11 
 
 
347 aa  83.6  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1307  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.16 
 
 
355 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.992701  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.64 
 
 
367 aa  83.6  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  32.18 
 
 
347 aa  83.2  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0595  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.16 
 
 
355 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0958903  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.16 
 
 
355 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1105  Rieske (2Fe-2S) protein  25.22 
 
 
358 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.080608  normal  0.368914 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3658  Rieske (2Fe-2S) region  24.85 
 
 
356 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4709  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.85 
 
 
356 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.15 
 
 
356 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3681  Rieske (2Fe-2S) region  24.92 
 
 
346 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4233  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.2 
 
 
362 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3967  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.36 
 
 
347 aa  81.3  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  24.85 
 
 
356 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.96 
 
 
358 aa  80.9  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  30.86 
 
 
452 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0436  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.78 
 
 
326 aa  80.9  0.00000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0964  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.8 
 
 
341 aa  80.5  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  31.43 
 
 
452 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0535  Rieske (2Fe-2S) region  30.89 
 
 
460 aa  79.7  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.58 
 
 
388 aa  79.7  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.99 
 
 
353 aa  79.7  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  29.89 
 
 
440 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2244  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.29 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.937061  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2931  Pheophorbide a oxygenase  29.69 
 
 
477 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2331  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.64 
 
 
326 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2888  PrnD  25.84 
 
 
370 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.942193  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2050  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  39.29 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  30.11 
 
 
437 aa  79.3  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2736  PrnD  25.84 
 
 
370 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2105  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  39.29 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886658  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  25.62 
 
 
407 aa  78.2  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  24.48 
 
 
417 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1118  PrnD  25.84 
 
 
346 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4895  Vanillate monooxygenase  27.35 
 
 
336 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  28.25 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0336  Rieske (2Fe-2S) protein  23.58 
 
 
370 aa  78.2  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2516  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.35 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00793645  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  23.88 
 
 
347 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.88 
 
 
372 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2825  iron-sulfur cluster-binding protein, Rieske family  33.33 
 
 
358 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000971916  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4516  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.21 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  31.07 
 
 
438 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.49 
 
 
446 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.82 
 
 
448 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.31 
 
 
353 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1686  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.44 
 
 
357 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>