More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5548 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  100 
 
 
439 aa  921    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  64.32 
 
 
440 aa  598  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  62.73 
 
 
440 aa  587  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  39.61 
 
 
417 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.69 
 
 
430 aa  281  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.71 
 
 
433 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  36.88 
 
 
406 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.8 
 
 
446 aa  259  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  37.22 
 
 
437 aa  239  9e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  36 
 
 
452 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  36.21 
 
 
452 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  34.12 
 
 
452 aa  227  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.56 
 
 
443 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  32.64 
 
 
412 aa  225  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  36.47 
 
 
422 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.64 
 
 
448 aa  223  6e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  33.1 
 
 
440 aa  222  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  35.17 
 
 
438 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.12 
 
 
443 aa  221  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.12 
 
 
443 aa  221  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  33.66 
 
 
438 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.26 
 
 
445 aa  211  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  31.42 
 
 
437 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
417 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  31.02 
 
 
484 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.81 
 
 
434 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  37.37 
 
 
470 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.02 
 
 
408 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.02 
 
 
408 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  33 
 
 
431 aa  173  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  31.13 
 
 
436 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.18 
 
 
449 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  30.88 
 
 
392 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  29.98 
 
 
454 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.21 
 
 
410 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  28.54 
 
 
398 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.26 
 
 
519 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.84 
 
 
358 aa  113  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.22 
 
 
380 aa  107  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  36.97 
 
 
327 aa  106  9e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  29.52 
 
 
334 aa  100  5e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.12 
 
 
450 aa  100  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.21 
 
 
364 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0132  Rieske (2Fe-2S) protein  25.59 
 
 
343 aa  97.8  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.54 
 
 
352 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.54 
 
 
352 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  33.54 
 
 
352 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.64 
 
 
315 aa  95.5  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1307  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.13 
 
 
355 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.992701  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1336  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.13 
 
 
355 aa  93.2  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4835  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2494  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.13 
 
 
355 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0319  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.13 
 
 
355 aa  93.2  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1234  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.13 
 
 
355 aa  93.2  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1004  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  30.49 
 
 
353 aa  92.8  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.413289  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1649  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.05 
 
 
370 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3570  Rieske (2Fe-2S) region  24.3 
 
 
355 aa  92.8  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0161982  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1676  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.05 
 
 
349 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.945696  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0595  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.13 
 
 
355 aa  92.8  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0958903  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  31.79 
 
 
347 aa  92.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.13 
 
 
355 aa  92.8  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1001  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit A  30.49 
 
 
349 aa  92.4  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  29.59 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.97 
 
 
388 aa  90.5  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1235  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.71 
 
 
349 aa  90.1  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  32.62 
 
 
350 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  30.23 
 
 
345 aa  89.4  1e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.33 
 
 
364 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30 
 
 
338 aa  88.2  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1501  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.26 
 
 
355 aa  88.2  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5422  oxidoreductase protein  34.43 
 
 
230 aa  87.8  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  33.72 
 
 
492 aa  87.4  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  31.33 
 
 
363 aa  87.4  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.58 
 
 
356 aa  87  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  32.74 
 
 
351 aa  86.3  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2074  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.53 
 
 
217 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.12491  normal  0.0463704 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3567  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.88 
 
 
344 aa  86.3  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4139  Vanillate monooxygenase  32.39 
 
 
347 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105569  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2239  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.23 
 
 
350 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1389  putative oxygenase  32.34 
 
 
359 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1067  vanillate monooxygenase  38.1 
 
 
359 aa  84.7  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.535746  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  31.35 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5789  Rieske (2Fe-2S) region  33.91 
 
 
349 aa  84.3  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.68 
 
 
367 aa  83.6  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  30.64 
 
 
369 aa  83.6  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0481  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  28.9 
 
 
353 aa  83.6  0.000000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0971818  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  29.84 
 
 
350 aa  83.2  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1442  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
324 aa  82.4  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193123  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4510  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.65 
 
 
355 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1241  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.27 
 
 
217 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.635525  normal  0.124818 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4642  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.65 
 
 
355 aa  83.2  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.0329483 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0963  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  29.26 
 
 
350 aa  82.8  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
321 aa  82.4  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0113839  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1535  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.66 
 
 
331 aa  81.6  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4233  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.58 
 
 
362 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1448  Rieske (2Fe-2S) protein  31.61 
 
 
359 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3621  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.72 
 
 
377 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  31.55 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  25.81 
 
 
346 aa  81.6  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.6 
 
 
372 aa  81.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3671  oxidoreductase alpha subunit  31.67 
 
 
407 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0725789  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>