More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4297 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  100 
 
 
392 aa  801    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  38.87 
 
 
398 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  36.14 
 
 
454 aa  219  7.999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  38.54 
 
 
470 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.64 
 
 
519 aa  199  6e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  34.69 
 
 
436 aa  193  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  31.2 
 
 
440 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.76 
 
 
410 aa  188  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  32.75 
 
 
438 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.59 
 
 
408 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.27 
 
 
448 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.82 
 
 
408 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  34.99 
 
 
431 aa  182  7e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  29.73 
 
 
452 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  28.75 
 
 
452 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  30.84 
 
 
452 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  30.45 
 
 
417 aa  173  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  28.99 
 
 
437 aa  166  5.9999999999999996e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  30.48 
 
 
484 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  30.88 
 
 
439 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.73 
 
 
443 aa  163  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.5 
 
 
443 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.5 
 
 
443 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.88 
 
 
449 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  29.6 
 
 
438 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  30.83 
 
 
440 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  30.25 
 
 
422 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  29.59 
 
 
440 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.49 
 
 
446 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.65 
 
 
430 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.31 
 
 
417 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.57 
 
 
445 aa  143  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  28.61 
 
 
412 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  29.52 
 
 
406 aa  136  5e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.71 
 
 
434 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  30.2 
 
 
437 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.53 
 
 
433 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.69 
 
 
380 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  32.54 
 
 
334 aa  103  6e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1501  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.1 
 
 
355 aa  99.4  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.2 
 
 
358 aa  96.3  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1336  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.5 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4835  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2494  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.5 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1234  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.5 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0319  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.5 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.456896  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1307  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.5 
 
 
355 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.992701  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.76 
 
 
356 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0972  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.5 
 
 
355 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0595  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  26.5 
 
 
355 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0958903  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  26.96 
 
 
345 aa  94.7  3e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  31.28 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.64 
 
 
364 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.4 
 
 
338 aa  93.6  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.24 
 
 
356 aa  92.8  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.49 
 
 
356 aa  92.8  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1105  Rieske (2Fe-2S) protein  26.18 
 
 
358 aa  91.3  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.080608  normal  0.368914 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.86 
 
 
363 aa  90.9  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.9 
 
 
364 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  32.45 
 
 
492 aa  90.5  5e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4709  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.98 
 
 
356 aa  89.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3658  Rieske (2Fe-2S) region  25.98 
 
 
356 aa  89.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.85 
 
 
315 aa  89.4  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.98 
 
 
356 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4233  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.07 
 
 
362 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.22 
 
 
337 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3570  Rieske (2Fe-2S) region  26.74 
 
 
355 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0161982  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.77 
 
 
450 aa  83.6  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4642  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.3 
 
 
355 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.44027  normal  0.0329483 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4510  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.3 
 
 
355 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  30.29 
 
 
346 aa  81.6  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.9 
 
 
352 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.9 
 
 
352 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  33.9 
 
 
352 aa  80.5  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  31.52 
 
 
355 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1056  Rieske (2Fe-2S) region  29.85 
 
 
499 aa  79.3  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00144994  hitchhiker  0.000116875 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0807  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  31.52 
 
 
331 aa  79.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2013  Rieske (2Fe-2S) family oxidoreductase large subunit  31.34 
 
 
348 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0132  Rieske (2Fe-2S) protein  26.19 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  29.55 
 
 
423 aa  79  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2688  Rieske (2Fe-2S) protein  30.3 
 
 
352 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.7 
 
 
373 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3266  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.72 
 
 
353 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1649  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.27 
 
 
370 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0795  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29 
 
 
497 aa  76.3  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.266613  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0769  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29 
 
 
497 aa  76.6  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  27.46 
 
 
350 aa  76.3  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0867  Rieske (2Fe-2S) region  25.31 
 
 
357 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2164  cell death suppressor protein Lls1-like  29.69 
 
 
461 aa  76.3  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.909867  normal  0.138548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4174  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.96 
 
 
440 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000409814  normal  0.0305498 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0535  Rieske (2Fe-2S) region  31.02 
 
 
460 aa  75.5  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35 
 
 
372 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.65 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  29.83 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0852  Rieske (2Fe-2S) region  25.14 
 
 
355 aa  75.5  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.467283  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.53 
 
 
353 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  30.86 
 
 
362 aa  74.7  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0418  Rieske (2Fe-2S) protein  36.7 
 
 
353 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.842278  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  31.85 
 
 
376 aa  74.7  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3952  Rieske (2Fe-2S) protein  29.19 
 
 
340 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.112958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  29.71 
 
 
347 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>