More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2268 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  70.87 
 
 
438 aa  668    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  93.14 
 
 
452 aa  890    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  100 
 
 
452 aa  944    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  79.2 
 
 
448 aa  771    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  68.05 
 
 
440 aa  655    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  81.86 
 
 
452 aa  798    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  60.18 
 
 
437 aa  566  1e-160  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  55.08 
 
 
484 aa  512  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  36.95 
 
 
436 aa  261  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  38 
 
 
417 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  34.12 
 
 
439 aa  227  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  33.66 
 
 
440 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  33.66 
 
 
440 aa  223  7e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.76 
 
 
443 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.76 
 
 
443 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.42 
 
 
430 aa  210  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  34.5 
 
 
406 aa  208  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  33.5 
 
 
422 aa  207  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.96 
 
 
445 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  33.9 
 
 
431 aa  204  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.64 
 
 
443 aa  203  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.58 
 
 
446 aa  201  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  33.66 
 
 
438 aa  195  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.43 
 
 
433 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.56 
 
 
449 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.81 
 
 
410 aa  186  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  31.5 
 
 
454 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  31.44 
 
 
470 aa  181  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.91 
 
 
434 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  28.75 
 
 
392 aa  177  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.73 
 
 
408 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.73 
 
 
408 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.98 
 
 
417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  28.97 
 
 
412 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  30.75 
 
 
437 aa  171  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  30.51 
 
 
398 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.25 
 
 
519 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.92 
 
 
380 aa  123  7e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  34.27 
 
 
327 aa  114  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.27 
 
 
358 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  34.36 
 
 
315 aa  102  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2687  Rieske (2Fe-2S) protein  34.76 
 
 
356 aa  97.4  5e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.64 
 
 
364 aa  95.9  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  30.41 
 
 
334 aa  92.8  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  31.14 
 
 
380 aa  92  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1442  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.07 
 
 
324 aa  91.3  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193123  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.1 
 
 
321 aa  90.5  5e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0113839  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  31.84 
 
 
376 aa  90.5  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26228  predicted protein  33.89 
 
 
668 aa  87.8  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.281249  normal  0.273766 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1557  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.48 
 
 
450 aa  87.8  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0276963  normal 
 
 
-
 
NC_011700  PHATRDRAFT_50613  Tic55 component of chloroplast import machinery  29.82 
 
 
498 aa  87.4  5e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1530  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.48 
 
 
450 aa  87.4  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  29.52 
 
 
345 aa  87  7e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0436  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.66 
 
 
326 aa  86.7  7e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.12 
 
 
337 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4568  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.16 
 
 
356 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.380862  hitchhiker  0.000303241 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.89 
 
 
363 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.75 
 
 
364 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3570  Rieske (2Fe-2S) region  25.72 
 
 
355 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0161982  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0769  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.89 
 
 
497 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0795  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.89 
 
 
497 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.266613  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1541  vanillate monooxygenase  30.64 
 
 
423 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00031597  hitchhiker  0.00167065 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  29.7 
 
 
355 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.61 
 
 
356 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  27.14 
 
 
367 aa  84  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  31.4 
 
 
492 aa  83.6  0.000000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0627  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.51 
 
 
361 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.59 
 
 
352 aa  83.2  0.000000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1056  Rieske (2Fe-2S) region  35.29 
 
 
499 aa  83.2  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00144994  hitchhiker  0.000116875 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.59 
 
 
352 aa  83.2  0.000000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.81 
 
 
338 aa  83.2  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  30.59 
 
 
352 aa  83.2  0.000000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0659  Rieske (2Fe-2S) domain protein  26.49 
 
 
361 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.210033 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0547  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  23.37 
 
 
324 aa  82.8  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000394367  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0648  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.49 
 
 
361 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.149026 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4278  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.03 
 
 
362 aa  82.4  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.844018 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1303  Rieske (2Fe-2S) region  31.03 
 
 
443 aa  82  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.418357  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  30 
 
 
388 aa  82.4  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.61 
 
 
356 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1105  Rieske (2Fe-2S) protein  25.41 
 
 
358 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.080608  normal  0.368914 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2688  Rieske (2Fe-2S) protein  34.59 
 
 
352 aa  81.3  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3658  Rieske (2Fe-2S) region  25.61 
 
 
356 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4709  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.61 
 
 
356 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4419  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  30.46 
 
 
367 aa  81.3  0.00000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.257041  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1501  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  25.68 
 
 
355 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3968  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.86 
 
 
360 aa  80.9  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0886212  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  27.03 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0964  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.71 
 
 
468 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.1498 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.38 
 
 
450 aa  80.9  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.23 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3621  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.06 
 
 
377 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0573672 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4233  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.34 
 
 
362 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.34 
 
 
356 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2500  Rieske (2Fe-2S) region  28.85 
 
 
359 aa  79.3  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.455012 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.82 
 
 
372 aa  79.3  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  35.66 
 
 
369 aa  79  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3116  Pheophorbide a oxygenase  30.29 
 
 
442 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2494  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  24.86 
 
 
355 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1872  Rieske (2Fe-2S) protein  28.49 
 
 
356 aa  78.2  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171768  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0576  Rieske (2Fe-2S) region  35.88 
 
 
323 aa  79  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>