More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7254 on replicon NC_010679
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  100 
 
 
430 aa  901    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  37.21 
 
 
417 aa  281  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  36.69 
 
 
439 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  36.87 
 
 
440 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  35.49 
 
 
440 aa  272  9e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.38 
 
 
446 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.38 
 
 
433 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.29 
 
 
443 aa  238  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.45 
 
 
443 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.45 
 
 
443 aa  229  7e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.55 
 
 
445 aa  228  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  36.22 
 
 
437 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  32.74 
 
 
438 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  35.2 
 
 
406 aa  218  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  33.42 
 
 
437 aa  211  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  32.42 
 
 
452 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  32.42 
 
 
452 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  31.91 
 
 
438 aa  209  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  32.17 
 
 
452 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.89 
 
 
434 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  32.21 
 
 
422 aa  205  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  32.66 
 
 
440 aa  204  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.79 
 
 
417 aa  202  7e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  33.77 
 
 
436 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.44 
 
 
448 aa  196  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  29.63 
 
 
412 aa  192  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  27.68 
 
 
484 aa  164  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.14 
 
 
410 aa  163  5.0000000000000005e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  29.02 
 
 
454 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  27.97 
 
 
431 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.29 
 
 
408 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.29 
 
 
408 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.45 
 
 
449 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  30.65 
 
 
392 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  29.93 
 
 
470 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  27.69 
 
 
398 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.07 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.53 
 
 
519 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  35.33 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.36 
 
 
358 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.33 
 
 
364 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  32.69 
 
 
315 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  35.26 
 
 
327 aa  101  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  28.88 
 
 
380 aa  99.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  32.16 
 
 
376 aa  95.5  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2305  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.91 
 
 
352 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.560893  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2297  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.91 
 
 
352 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.125012  normal  0.643759 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2258  Rieske (2Fe-2S) region  37.91 
 
 
352 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.236496  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.65 
 
 
341 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1867  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.52 
 
 
388 aa  93.2  8e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.687816 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.93 
 
 
338 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.58 
 
 
450 aa  90.1  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  25 
 
 
341 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  26.32 
 
 
346 aa  90.1  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4330  vanillate monooxygenase  29.94 
 
 
366 aa  88.6  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0440139 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.51 
 
 
364 aa  87  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1649  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.84 
 
 
370 aa  87  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4419  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  28.29 
 
 
367 aa  87  6e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.257041  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.44 
 
 
337 aa  86.7  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0175  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  33.71 
 
 
363 aa  86.7  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0127  Rieske (2Fe-2S) protein  33.1 
 
 
355 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1235  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.22 
 
 
349 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1442  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.45 
 
 
324 aa  85.1  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000193123  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.28 
 
 
353 aa  84.7  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1812  Rieske (2Fe-2S) region  30.3 
 
 
383 aa  84.3  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0372125 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  30.77 
 
 
367 aa  84.7  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4861  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.34 
 
 
365 aa  84  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.641783  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5029  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.09 
 
 
359 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.773131 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0481  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  32.65 
 
 
353 aa  84.3  0.000000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0971818  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0132  Rieske (2Fe-2S) protein  30.56 
 
 
343 aa  84  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.19 
 
 
321 aa  84  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0113839  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1535  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.57 
 
 
331 aa  83.6  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3396  vanillate monooxygenase  31.36 
 
 
348 aa  83.2  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00111775  normal  0.0140003 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2725  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.52 
 
 
354 aa  83.2  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0149406 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  35.71 
 
 
369 aa  82.4  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2310  vanillate monooxygenase  30.43 
 
 
362 aa  82.8  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0218143 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1056  Rieske (2Fe-2S) region  34.51 
 
 
499 aa  82.8  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00144994  hitchhiker  0.000116875 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5693  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.87 
 
 
352 aa  82.8  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1676  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.89 
 
 
349 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.945696  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2074  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.76 
 
 
217 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.12491  normal  0.0463704 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4340  Rieske (2Fe-2S) region  29.94 
 
 
350 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2500  Rieske (2Fe-2S) region  35.9 
 
 
359 aa  82  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.455012 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  27.54 
 
 
345 aa  81.6  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.9 
 
 
359 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0547  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.57 
 
 
324 aa  82  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000394367  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  32.77 
 
 
492 aa  82.4  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  33.14 
 
 
353 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3124  Rieske (2Fe-2S) region  25.9 
 
 
359 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.439622  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.14 
 
 
356 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4591  vanillate monooxygenase  25.9 
 
 
373 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1370  vanillate monooxygenase  31.69 
 
 
363 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25.23 
 
 
347 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0195459 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2979  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.57 
 
 
367 aa  81.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3574  Rieske (2Fe-2S) region  28.99 
 
 
349 aa  81.3  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0630  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  25.39 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.14 
 
 
356 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  25.89 
 
 
350 aa  80.9  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  28.28 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4593  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30 
 
 
353 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.743349  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1241  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.73 
 
 
217 aa  80.9  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.635525  normal  0.124818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>