More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05613 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  100 
 
 		 873 aa  1785    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  51.12 
 
 		 908 aa  840    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  47.77 
 
 		 824 aa  728    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  42.87 
 
 		 891 aa  612  9.999999999999999e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  47.5 
 
 		 815 aa  592  1e-167  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  46.18 
 
 		 814 aa  587  1e-166  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  45.95 
 
 		 816 aa  562  1e-158  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  45.52 
 
 		 808 aa  535  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  41.29 
 
 		 822 aa  498  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  53.26 
 
 		 574 aa  488  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  52.94 
 
 		 574 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  49.72 
 
 		 585 aa  476  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  52.84 
 
 		 574 aa  477  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  52.74 
 
 		 587 aa  477  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  45.68 
 
 		 860 aa  459  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  49.02 
 
 		 505 aa  424  1e-117  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  47.97 
 
 		 495 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  46.88 
 
 		 633 aa  398  1e-109  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  43.97 
 
 		 523 aa  367  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  43.97 
 
 		 508 aa  366  1e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  41.88 
 
 		 568 aa  342  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  34.35 
 
 		 809 aa  338  2.9999999999999997e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  43.27 
 
 		 495 aa  333  1e-89  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  33.6 
 
 		 810 aa  332  2e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  33.28 
 
 		 814 aa  324  4e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  36.75 
 
 		 871 aa  323  8e-87  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  41.68 
 
 		 494 aa  321  5e-86  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  41.86 
 
 		 501 aa  321  5e-86  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  32.11 
 
 		 847 aa  319  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  33.39 
 
 		 799 aa  316  9.999999999999999e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  32.5 
 
 		 810 aa  316  9.999999999999999e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  38.6 
 
 		 523 aa  315  2.9999999999999996e-84  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  41.67 
 
 		 526 aa  314  4.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  40.51 
 
 		 504 aa  313  7.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  41.91 
 
 		 506 aa  312  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  40.52 
 
 		 505 aa  311  5e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  39.96 
 
 		 527 aa  309  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  41.65 
 
 		 499 aa  307  5.0000000000000004e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  34.01 
 
 		 827 aa  306  9.000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  40 
 
 		 498 aa  304  5.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  39.19 
 
 		 500 aa  303  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  32.6 
 
 		 808 aa  303  1e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  39.16 
 
 		 496 aa  300  9e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  39.39 
 
 		 498 aa  300  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  32.47 
 
 		 799 aa  296  2e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  31.05 
 
 		 856 aa  295  3e-78  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  31.45 
 
 		 814 aa  295  3e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  37.56 
 
 		 499 aa  291  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  37.44 
 
 		 499 aa  286  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  39.38 
 
 		 527 aa  286  2.0000000000000002e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  29.26 
 
 		 863 aa  282  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  29.03 
 
 		 910 aa  282  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  32.91 
 
 		 862 aa  281  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  33.02 
 
 		 855 aa  281  3e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  29.02 
 
 		 863 aa  278  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  36.68 
 
 		 516 aa  276  1.0000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  37.76 
 
 		 526 aa  275  3e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  37.36 
 
 		 503 aa  272  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  37.36 
 
 		 508 aa  272  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  31.37 
 
 		 853 aa  271  2.9999999999999997e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  35.53 
 
 		 520 aa  270  8e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  36.86 
 
 		 505 aa  270  8e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  35.53 
 
 		 520 aa  270  8e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  35.53 
 
 		 513 aa  270  1e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  36.36 
 
 		 680 aa  268  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  35.44 
 
 		 522 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  35.38 
 
 		 523 aa  266  1e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  35.32 
 
 		 493 aa  265  3e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.69 
 
 		 508 aa  265  3e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  42.4 
 
 		 554 aa  263  8e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  31.41 
 
 		 874 aa  263  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  34.83 
 
 		 522 aa  263  2e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  35.15 
 
 		 527 aa  262  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  35.59 
 
 		 511 aa  262  2e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  34.07 
 
 		 547 aa  261  3e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  36.93 
 
 		 708 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  34.19 
 
 		 522 aa  256  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  36.78 
 
 		 504 aa  256  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  34.09 
 
 		 492 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  35.88 
 
 		 518 aa  254  6e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  32.86 
 
 		 547 aa  253  7e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  33.84 
 
 		 516 aa  252  2e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  36.4 
 
 		 528 aa  252  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  37.21 
 
 		 525 aa  251  3e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  34.58 
 
 		 518 aa  250  6e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  34.58 
 
 		 518 aa  250  6e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  34.38 
 
 		 518 aa  249  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  34.38 
 
 		 518 aa  249  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  33.81 
 
 		 547 aa  244  7e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  34.69 
 
 		 525 aa  242  2e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  36.18 
 
 		 505 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  32.32 
 
 		 537 aa  241  4e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  35.34 
 
 		 496 aa  236  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  33.84 
 
 		 498 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.84 
 
 		 497 aa  234  6e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0019  N-6 DNA methylase  32.82 
 
 		 501 aa  232  2e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00151011 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  34.58 
 
 		 544 aa  233  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  31.58 
 
 		 544 aa  231  3e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  32.6 
 
 		 501 aa  231  5e-59  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  31.86 
 
 		 540 aa  231  6e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>