More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00508 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  640    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  90.23 
 
 		 311 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 327 aa  97.4  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 321 aa  96.3  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 314 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  24.51 
 
 		 313 aa  89.7  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.35 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  26.36 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.98 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  24.51 
 
 		 316 aa  87  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 308 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 307 aa  85.9  9e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 308 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 243 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  26.02 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 332 aa  82.8  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  26.33 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3624  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 345 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0663919  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0334  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 351 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3896  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 345 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590324  normal  0.42297 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5360  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516631  normal  0.350489 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  26.55 
 
 		 321 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 344 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3530  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 345 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  28.36 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 320 aa  79  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  30.98 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 315 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  21.68 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.33 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  25.56 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  23.95 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  26.49 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  24.55 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 307 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>