More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001963 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 311 aa  647    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  90.23 
 
 		 308 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.74 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 314 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 309 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 327 aa  88.6  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  25.81 
 
 		 316 aa  86.3  7e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  27.17 
 
 		 310 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 308 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  28.5 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 313 aa  82.4  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 344 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0334  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 323 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04895  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3530  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 345 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5360  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 345 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516631  normal  0.350489 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3896  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 345 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590324  normal  0.42297 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3624  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 345 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0663919  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  30.26 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  22.35 
 
 		 313 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  24.29 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 305 aa  79  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 243 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  24.84 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.98 
 
 		 321 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 309 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 320 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  27.59 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  24.19 
 
 		 308 aa  75.9  0.0000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3988  putative transcriptional regulator SyrB  24.05 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.859636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 330 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  28.96 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  28.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  28.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  28.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1118  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 298 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  24.67 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  28.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  28.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  28.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.7 
 
 		 310 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  28.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 331 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  26.69 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 309 aa  73.9  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  26.69 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  26.69 
 
 		 341 aa  74.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  26.69 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  26.69 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>